事、假黄钺。又任命西中郎将袁真都督司、冀、并三州诸军事，北中郎将瘦希都督青州诸军事。癸卯，慕容暐攻陷密城，荥太守刘远逃往江陵。秋七月，张天锡弑凉州刺史、西平公张玄靓，从称大将军、护羌校尉、凉州牧、西平公。丁酉日，葬章皇太妃。八月，有彗星二宿星区，天市。九月壬戌日，大司桓温率领军队北伐。癸亥日，因为皇生，大赦天下。冬十月甲申，立陈留王的世曹恢为王。十一月，姚襄原来的将领张骏杀死江州督护赵毗，焚烧武昌城，抢劫了官府官府的仓库反叛，江州刺史桓冲讨讨伐并杀了张骏。这一年，慕容暐将领慕容尘在升平攻打陈留太守袁披。汝南太守朱斌乘虚袭击许昌成功。

二年二月庚寅，江陵地震。慕容暐的将领慕容评袭击许昌，颍川太守李福战死。幕容评侵汝南，太守朱斌逃往寿。幕容评又兵围攻陈郡，太守朱辅环城固守。桓温派江夏相刘岵击退幕容评。改左军将军为游击将军，罢除右军、前军、后军将军五校三将官。癸卯日，皇帝亲自下田劳动以发展农业。三月庚戌初一，大规模地查人数，严历法令，称为庚戌制。辛未日，皇帝病重。皇帝平素喜长生不老之术，不吃五谷，专吃长生药，服过多，于是中了毒，不能治理国政，崇德太后再次上朝摄政。夏四月甲申，慕容暐派他的将领李洪侵许昌，官军大败于悬瓠，朱斌逃往淮南，朱辅退保彭城。桓温派西中郎将袁真、江夏相刘岵等凿仪用以运输，温率领军驻在合，慕容尘再次驻许昌。五月，把陈郡人迁到陆以躲避幕容氏。戊辰日，任命扬州刺史王述为尚书令、卫将军。任命桓温为扬州牧、录尚书事。壬申日，朝廷派人宣召桓温朝当宰相，桓温不同意。秋七月丁卯，再次下圣旨招桓温朝。八月，桓温到了赭圻，就筑城居住在那里。苻队侵河南，慕容暐侵犯洛。九月，冠军将军陈祐留下长史沈劲守卫洛，自已带队逃往新城。

三年正月庚申，皇后王氏去世。二月乙未，任命右将军桓豁监荆州扬州的义城和雍州的京兆诸军事、领南蛮校尉、荆州刺史；桓冲监江州荆州之江夏随郡豫州和汝南西新蔡颍川六郡诸军事、南中郎将、江州刺史，领南蛮校尉，都授节。丙申日，皇帝在西堂去世，当时二十五岁。葬在安平陵。

废皇帝名司奕，字延龄，是哀帝的同母兄弟。咸康八年封为东海王。永和八年授散骑常侍，不久加授镇军将军；升平四年授车骑将军。五年，改封琅邪王。隆和初年，转任侍中、骠骑大将军、开府仪同三司。

兴宁三年二月丙申，哀帝去世，没有儿。丁酉日，皇太后下诏说：“皇帝竟然患病不治，祸难频繁降临，哀家的心情很难受。琅邪王司奕，德完，是德才兼备的亲属，应当继承皇位，宜敬奉祖宗，继承皇统。请迅速准备好即位，以让人神安宁。”于是百官到琅邪府去迎奉琅邪王。当天即皇帝位，大赦天下。三月壬申，把哀皇帝安葬在安平陵。癸酉日，散骑常侍、河间司王钦去世。丙日，慕容暐的将慕容恪攻陷洛，宁朔将军竺瑶逃往襄，冠军长史、扬武将军沈劲战死。夏六月戊，使持节、都督益宁二州诸军事、镇西将军、益州刺史、建城公周抚去世。秋七月，匈左贤王卫辰、右贤王曹谷率领军队二万侵苻的杏城。己酉日，改封会稽王司昱为琅邪王。壬日，立皇后庾氏。封琅邪王司昱的儿司昌明为会稽王。冬十月，梁州刺史司勋反叛，自称成都王。十一月，司勋率领军队剑阁，攻打涪城，西夷校尉毌丘暐弃城逃跑。乙卯日，司勋在成都围攻益州刺史周楚，桓温派江夏相朱序救援周楚。十二月戊戌，任命会稽内史王彪之为尚书仆。

太和元年二月己丑，任命凉州刺史张天锡为大将军、都督陇右关中诸军事、西平郡公。丙申日，任命宣城内史桓秘为持节、监梁益二州征讨伐诸军事。三月辛亥，新蔡王司邈去世。荆州刺史桓豁派督护桓罴攻南郑，魏兴人毕钦率领军队策应桓豁。夏四月，旱。五月戊寅，皇后庾氏去世。朱序在成都攻打司勋，司勋的军队溃败，朱序俘获了司勋并杀了他。秋七月癸酉，把孝皇后安葬在敬平陵。九月甲午，特赦梁、益二州。冬十月辛丑，苻的将领王猛、杨安攻打南乡，荆州刺史桓豁救去救援，军队驻在新野，王猛、杨安退却。任命会稽王司昱为丞相。十二月，南人赵弘、赵忆等战据宛城谋反，太守桓澹逃到新野固守。慕容暐的将领慕容厉攻陷鲁郡、平。

二年正月，北中郎将庾希犯了罪，逃到海上。夏四月，慕容暐的将领慕容尘侵犯竟陵，太守罗崇打败了他们。苻的将领王猛侵犯寇凉州，张天锡打击他们，王猛的军队被打得大败。五月，右将军桓豁攻打赵忆，赵忆逃跑，恒豁攻，俘获了慕容暐的将领赵槃，押送到京师。秋九月，任命会稽内史郗愔为都督徐兖青幽四州诸军事、平北将军、徐州刺史。冬十月乙巳，彭城王司玄去世。