败了他们。九月戊寅，桓温裨将邓遐、朱序在林渚遭遇慕容暐的将领傅末波，又大败他们。戊日，桓温到达枋。丙申日，因为粮草运输接不上，焚烧了舟船后返回。辛丑日，慕容垂在襄邑追上并击败了桓温的后军。冬十月，有彗星向西飞落，有雷鸣般的声音。己巳日，桓温招招集散兵，屯兵在山。豫州刺史袁真率寿反叛。十一月辛丑日，桓温从山到涂中和会稽王司昱会晤，准备谋划日后的行动。十二月，在广陵建城居住。

五年正月己亥，袁真的儿袁双之、袁之害死梁国内史朱宪、汝南内史朱斌。二月癸酉，袁袁真死，陈郡太守朱辅立袁真的儿袁瑾继嗣，向慕容暐求救。夏四月辛未，桓温将竺瑶在武丘打败袁瑾。秋七月癸酉初一，日。八月癸丑，桓温在寿击败袁瑾。九月，苻的将领王猛攻打慕容暐，攻陷上党。广汉妖贼李弘和益州妖贼李金聚集人造**，李弘自称为圣王，有一万多人，梓潼太守周虓讨伐平定了他们。冬十月，王猛大破在潞川大败慕容暐的将领慕容评于潞川。十一月，王猛攻克邺，俘获了慕容暐，全占有了他的领地。

六年正月，苻派将领王鉴救援袁瑾，将军桓伊迎击，大败王鉴。丁亥日，桓温攻克寿，斩袁瑾。三月壬辰，监益宁二州诸军事、冠军将军、益州刺史、建城公周楚去世。夏四月戊午，大赦，赐贫苦和老年无的人粮，每人五斛。苻的将领苻雅攻打仇池，仇池公杨纂投降。六月，京都和丹、晋陵、吴郡、吴兴、临海都大。秋八月，任命前宁州刺史周仕孙为假节、监益梁二州诸军事、益州刺史。冬十月壬，密王司俊去世。十一月癸卯，桓温从广陵到白石屯驻。丁未日，谋划废黜当今皇帝，另立新皇帝，并放传闻说皇帝在封国时早就有痿的疾病，他的人相龙、计好、朱灵宝等参于内室之事，使得他的两位人田氏、孟氏生三病人个儿，想受到分封立位，当时人们都很疑惑，桓温于是用伊尹、霍光的事迹委婉地劝说太后。己酉日，在朝堂里聚集百官，宣示崇德太后的令说：“王室艰难，穆帝、哀帝福运短暂，没来得及养育后代，无法立太。琅邪王司奕亲属来说是皇帝的同母弟弟，所以让他继皇位。没有想到他不建立德行，竟然到了这地步，昏昧悖，违犯礼法。生了这三个孽障，不知是谁的儿。人之丧失，丑恶的名声远扬。司奕既不能谨守社稷，敬承祖宗，又极为昏悖孽，却想立太封藩王。欺骗祖宗，动摇皇室基业，是可忍，孰不可忍！现在废黜司奕为东海王，以东海王的份返回宅第，供奉守卫的标准，都和汉朝昌邑王一样。这是我的不幸，遭逢了这么多的忧患，想起生者和死者，心如刀割。社稷大计，大义没有得以伸张。对着纸悲伤绝，怎么还能说话。”于是百官太极前殿，即日桓温让散骑侍郎刘享收回皇帝的玺绶。皇帝穿着白帢帽和单衣，走下西堂，乘坐车驶神兽门。群臣恭敬地告别，无不觑欷叹息。侍御史、殿中监率领一百名士兵护送到东海府第。

当初，桓温有夺取帝位的野心，打算先在河朔立功，以得到世人的瞩目和声望。到了枋失败后，威名顿时受损，就秘密地策划废除皇帝立新帝，以此来增加威势权力。但是又害怕皇帝恪守正，担心这么会招来议论。因为阐闺之中的事情隐秘，床笫间的事情容易诬灭，就放话说皇帝是没有能力的人。于是行了废黜。最初，皇帝也经常担心桓温，曾经召来术士扈谦下筮，卦象来以后，扈谦说：“晋皇室像磐石一样稳固，陛下有离开廷的微象。”结果竟然和扈谦说的一样。

咸安二年正月，降封皇帝为海西县公。四月，徙居吴县，敕命吴国内史刁彝防卫，又派御史顾允监督。十一月，妖贼卢悚派弟殿中监许龙大清早到海西县公大门前，称说有太后密诏，奉迎海西县公回去恢复皇位。皇帝开始想听从许龙，听取了集中统一的规谏后作罢。许龙说曰：“大事就要成功了，怎么还听女人的话呢？”皇帝说：“我犯了这样的罪，幸而承蒙宽宥，怎么敢轻举妄动呢！而且太后如果有诏令，就应该派自己的心腹来，为什么偏偏是你呢？你一定是作。”就呼喝侍从们绑了他，许龙惊慌逃走。皇帝知皇位不能再得，很担心遭来横祸，就对世事不闻不门，无忧无虑，终日饮酒作乐，沉溺于内之中，不抚育自己的儿，希望能保住自。当时的人们哀怜他，给他唱赞歌。朝廷因为皇帝安于屈辱不再担忧他东山再起。太元十一年十月甲申，皇帝在吴国去世，当时四十五岁。

史臣曰：孝宗年幼，由母亲摄政，中外无事，安定了十多年。用武安君那样的雄才，在疆场开拓；用周文王那样的风化，施行到了江汉，那么这就是孔所说的没有非议了。哀皇帝宽厚仁惠，可以国君，但是祭祀祈福于上天，德行蒙受污损。海西公拒绝许龙让他恢复皇位，屈于放逐之臣，正所谓是柔弱胜刚，能够享尽天年的人。