付了立功人员的奖赏。到这时特地归还给他土地房屋，他都分送给了族间的侄，惟独留下一幢祠堂，以便祭祀祖先。平定王世充后，萧瑀因参与制定军事谋略的功劳，增封收纳两千租税，授予尚书右仆官职。朝廷内外官员政绩的考工作全给他主持，掌财政经济，他是百官的指导，众多的政务由他统。萧瑀看待事有时片面，执行法令又很严，当时的舆论很是鄙视。

萧瑀曾向祖推荐封，祖任命封为尚书令。太宗登位，改任萧瑀为尚书左仆，封为尚书右仆。封一向怀着凶险不正的念，跟萧瑀商量确定禀奏的事，在太宗面前却都任意更改。这时房玄龄、杜如晦开始主持政务，疏远萧瑀亲近封，萧瑀心里不满，于是呈递密封的奏章行抨击，但内容空。太宗由于房玄龄等人都有大功劳，因此认为萧瑀违背旨意，让他免职回家。很快又任命他为特、太少师。没过多久，恢复了尚书左仆官职，赐给收纳六百租税的实封。

太宗曾问萧瑀：“我想让孙长久继承帝位，天下永远安宁，究竟该怎样办呢？”萧瑀回答说：“我观察前代圣贤使得国运久长的办法，不如分封诸侯来使政权固若磐石。秦朝统一六国，废除诸侯设置郡县，两代就灭亡了；汉朝夺取天下，既设郡县又封诸侯，国运也有四百多年；曹魏、晋朝废除了诸侯，又不能长久。分封诸侯的制度，实在应该遵照执行。”太宗认为正确，开始商议分封国公刺史。不久因与侍中陈叔达在太宗面前愤怒争执，声调脸非常严厉，就以不尊重皇上为由免去萧瑀的职务。年底，任命为晋州都督。第二年，调回朝廷任左光禄大夫，兼任御史大夫，跟宰相们一起参与商议朝政。萧瑀经常争辩，有的意见，房玄龄等人也不能抗衡，心里明知是正确的，但不采纳，萧瑀更是怏怏不乐。房玄龄、魏征、温彦博曾犯小错误，萧瑀上表弹劾，但竟然没有追究，反给自己造成损害。为这事罢免了御史大夫，任命为太少傅，不再参与朝政。贞观六年(632)，授予特这个闲散官衔，行使太常卿职务。贞观八年(634)，任河南巡省大使，有个应当审问判罪的犯人不肯待犯罪情节，于是放在铜格上用火烤，用绳索捆绑吊打，一直整死了，太宗特地免于分。贞观九年(635)，调回朝廷任命为特官衔，又让他参与朝政。

太宗曾经亲切随和地对房玄龄说：“萧瑀在隋朝大业年间，劝阻炀帝征讨丽，被赶京城任河池郡太守。本应陪同炀帝遭到杀之祸，反而遇上了平安的机会，这真是翁失，祸福无常啊。”萧瑀听到这番议论，对着太宗叩谢。太宗又说：“武德六年以后，太上皇有废除建成立我为太的想法又拿不定主意，在这期间，我不被建成、元吉宽容，确实产生了功劳丰伟而得不到奖赏的忧虑。萧瑀这人不被他们的丰厚财所引诱，不被他们的严酷威胁所吓倒，真是个关系国家安危的大臣。”接着写诗赐给萧瑀说：“疾风知劲草，版识诚臣。”又对萧瑀说：“您守志不移刚正不阿，古代圣贤也不能超过。但是善恶分得太仔细了，也有失去分寸的时候。”萧瑀拜了两拜谢说：“我特蒙皇上教导，又肯定了我的忠诚，虽然到了快死的年龄，却如新生一样。”魏征对太宗说“：有违背众人心愿而持法度的臣，圣明的君主因为忠诚而原谅他；有孤立无援而持节的臣，圣明的君主因为刚正而原谅他。从前听到有关他的传闻，如今见到他的实际情况，萧瑀不是遇到圣明的君主，必然遭受祸患！”太宗对魏征的话很兴趣。

贞观十七年(643)，萧瑀同长孙无忌等二十四人一起绘制肖像陈列在专为表彰功臣而建造的凌烟阁。当年，立晋王李治为太，任命萧瑀为太太保，仍旧参与朝廷政务。太宗御驾亲征丽时，因为洛是军事通要地，关隘、黄河环绕，就安排萧瑀担任洛留守。太宗从辽东回朝后，批准萧瑀的请求免去太太保职务，保留同中书门下职位。太宗因为萧瑀喜佛学，曾赐给他一幅彩丝绣成的佛像，并把萧瑀的形象绣在佛像旁边，作为供奉的样。又赐给王褒书写的《大品般若经》一，同时赐给袈裟，作为讲述佛经的服装。

萧瑀曾说：“自房玄龄以下的同中书门下的朝臣们，全都结党营私排斥异己，不是以至诚之心事奉皇上。”连续多次地单独禀奏说：“这帮人一块主持朝政，如胶似漆般地结成死党，陛下并不了解底细，他们只是还没有造反而已。”太宗对萧瑀说：“作为国君，要善于使用优异人才，真诚地对待下级官吏，您的话不是说得太严重了吗，哪里会到这样！”太宗一连几天对萧瑀说：“没有谁比国君更了解臣，对别人不能够求全责备，应当忽略他的不足，运用他的特长。我的才能虽然谈不上聪慧明智，但是在善恶的品评方面不能模糊不清。”还多次向萧瑀表明信他的忠诚。萧瑀已到失意，太宗也长久地怨恨他，到底是因为萧瑀的忠诚贞占主导地位而没有抛弃他。

恰好萧瑀申请家当和尚，太宗对他说“：非常了解您一向喜僧人，现在不能违背您的心愿。”萧瑀转之间又禀奏说：“我近来考虑，不能家。”太宗因为对朝臣们宣布了这事而最后的结果相反，心里很不满意。萧瑀不久又声称脚生病，却经常到百官理事的朝堂里来，又不拜见太宗，太宗对边的臣说：“萧瑀难没有得到合适的位置吗，竟不知足到这地步？”于是亲手写诏书说：