到破坏，佞谄媚的人充朝廷，贿赂公行，士兵悲愁，百姓怨愤，盗贼不时发生，灾祸怪异多次现，灾荒饥馑重新又来。邪小人互相引荐，人人都得以满足自己的私，惟有陛下一无所得，而且独自承受这些弊端的祸害。”皇帝听后动不已，脸都改变了。朱熹所奏的一共七件事，亲自书写其中的一、二件事以防秘密。

朱熹刚接受任命，就写信到其他州郡，招募米商，免除税钱，等朱熹到任时，外地船只运来的大米已汇集到这里了。朱熹每天外调查访问百姓的疾苦，走遍浙东全境，单人独车，不带随从，所到之，人们都不知他来过。州县官吏害怕他的严峻的作风，有些人甚至自行离职而去，他所辖的地区风纪肃然，下崇敬他。凡是丁钱、和买、役法、榷酤这一类政事，有不方便而祸害百姓的地方，全加以改正和革除。在救济灾荒之余，他都据实际情况谋划理，必定长久的打算。有人攻击朱熹，说他不尽心而疏略于政事，皇上对王淮说：“朱熹治理政务的确有很可观的政绩。”

朱熹因为前后几次奏请多数被搁置，侥幸得到采用的，也都拖延迟缓耽误了时间，蝗虫旱灾相互频繁现，他不胜忧愤，又上奏疏说：“为现在打算，只有决断自皇上自己的意志，迅速发布诏令，责备自己并征求直言，然后君臣互相告诫，痛下决心反省改正。其次，拿内库全钱财，把供给帝王大礼的费用改为收籴粮的本钱，诏令免征百姓所欠旧债，诏令转运使据条例检查放免百姓租税，诏令宰相大臣淘汰受灾路地区的州、军监司、地方官吏中没有政绩的人，审慎选贤能之士，责成他们实施救济灾荒的政策，这样也许还能下结民心，消除灾民乘灾荒之际叛的打算。不这样的话，我恐怕所忧虑的不止于饥饿死的人，而将在于叛的盗贼；蒙受其害的不仅仅是官吏，而且要涉及到危害上面的国家政权了。”

台州知州唐仲友和王淮是同乡并结为亲家，吏尚书郑丙、侍御史张大经一起推荐他，迁升为江西提刑，还没有上任。朱熹巡行视察到台州，控告唐仲友的人很多，朱熹调查到事实，三次上奏章弹劾唐仲友，王淮把朱熹的奏章隐藏起来不报告给皇上。朱熹更加致力弹劾他，唐仲友也上奏章为自己辩解，王淮才把朱熹的奏章呈给皇上，皇帝命令宰相大臣们详细审查，都司陈庸等人要求下令浙西提刑委派清廉能的官员去追查实，仍旧命令朱熹迅速赶往遭受旱灾侵害的州郡视察。朱熹当时留在台州没有走，不久接到这诏令，愈加上奏章弹劾唐仲友，前后上了六奏章，王淮迫不得已，取消唐仲友的江西提刑的新任命转授给朱熹，朱熹拒绝不接受，于是回乡，并且要求一个观闲职。

当时郑丙上疏诋毁程氏的学说来败坏朱熹，王淮又提太府寺丞陈贾为监察御史。陈贾在与皇上面对面地论说时，首先论说近日士大夫中有所谓“学”之人，大多是借助学之名来宣传骗人的学说，希望朝廷考察这些人，清除他们不再任用。大概指的是朱熹。淳熙十年(1183)，诏因朱熹多次请求祠观，可以派遣他主台州崇观，不久接连主云台观、鸿庆观达五年时间。淳熙十四年(1187)，周必大任宰相，任命朱熹为提江南西路刑狱公事，朱熹因生病辞谢任命，朝廷没有同意，他于是赴任。

淳熙十五年(1188)，王淮罢相，于是朱熹奏，首先论说近年来刑罚理不得当，狱官应该选择合适的人担任。其次接着说经制钱、总制钱损害百姓，以及江西路各州县摊派课罚的弊端。奏章最后说“：陛下即位已经二十七年，因循守旧而时间渐移，没有一尺一寸的功效可以回报陛下自己的志向。我曾经反复考虑这件事，莫非是宴饮闲谈于之中，没有表明待人接的心地，天理有些不纯正，人的望有些没有止境，因此好的事情不能到底，铲除恶事不能断它的，一闪念之间，公与私、邪与正、是与非、得与失同时替现于思想之中。因此，陛下以礼相待大臣并非不厚，然而阿谀逢迎谄媚讨好的近臣小人也能得到陛下寄托心腹的重任；陛下日夜追求英豪之士并非不迫切，然而柔弱邪平庸乖谬之辈也能够长久地窃掌朝廷大权。并非陛下不乐于听取公平正直的议论，然而有时不能容纳这议论的存在；并不是陛下不憎恨谗言恶行，然而不免误听偏信；并不是陛下不想为祖宗报仇，然而不免畏惧怯懦而图一时安逸；并不是陛下不护和培养百姓的财力，然而不免要发叹息产生愁怨。希望陛下从今以后，对于一闪之念必须谨慎对待仔细审察；这是天理呢？还是人呢？果然是天理，就慎重地对它加以扩充，而不让它受到一蒙蔽阻；如果真是人，就慎重地克制这个念，而不让它在自己的脑中稍有滞留。把它推广到一言一行之间，用人事之际，没有不用这一标准加以衡量，那么陛下的圣心就能通达，朝廷内外合透彻，没有一丝一毫的私利望可以隐于两者之间，而天下的事情将只据陛下所想的行，没有什么事会不合乎陛下的志向心愿。”朱熹这次赴京，有人在路上拦住他，认为“正心诚意”这论调皇帝很讨厌听到，告诫他不要说这话。朱熹说“：我平生一辈所学习的，只有这四个字，怎么可以隐瞒不说以欺骗皇帝呢？”等到他上奏时，皇帝说“：很久没有见到你了，浙东的事情，我已经知，现在应该安排你一个尚而重要的职务，不再用州县的琐事来麻烦你了。”

当时曾觌已经死了，王扌卞也被驱逐，只有内侍甘。。还在任职，朱熹极力弹劾他。孝宗说“：甘。。是德寿(宗)举荐的，说他有才能。”朱熹说：“小人没有才能，怎么能够打动皇帝。”第二天，任命朱熹为兵郎官，朱熹以脚病请求祠观的职务，兵侍郎林栗曾经和朱熹讨论《周易》、《西铭》，两人意见不合，这时他弹劾朱熹说“：朱熹本来没有什么学问，只会窃取张载、程颐的残余东西，称之为‘学’。朱熹所到之都带上门人学生数十人，妄想仰慕孔、孟经历几次聘任的风尚，要挟索求价，不肯就任朝廷任命的职务，他的这虚伪不可掩盖。”孝宗说“：林栗的话好像太过分了。”周必大说朱熹上任的那天，脚病没有痊愈，勉登殿答对。孝宗说“：我也见到他走路一跛一曳的。”左补阙薛叔似也上奏声援朱熹，于是让他仍旧担任原来的职务江西提刑。太常博士叶适上疏与林栗辩论，说林栗的话没有一句是事实“，称之为学”这句话，尤其没有事实据，过去王淮和台谏官里外呼应，谋废弃正直君，正是用的这办法。孝宗下诏说：“朱熹昨天答对，所谈论的都是新任职务的事情，我相信他的诚意，再次听从他的请求，他可以迅速赴任就职。”恰逢胡晋臣任侍御史，首先抨击林栗固执拗戾不通，喜与自己意见相同的人，憎恨与自己意见不同的人，没有事实据指责学者结党营私，于是罢黜林栗，让他担任泉州知州。朱熹再次辞谢任命，孝宗委任他直宝文阁，主西京嵩山崇福。没有一个月再次召他赴任，朱熹又推辞了。

当初，朱熹曾认为用述上陈的方法不能把自己的想法和意见全说来，要求密封奏事向皇帝报告自己的想法和意见。到这时朱熹把自己密封的奏章投至朝廷设置的匦中，里面写：

“现在国家的主要形势，好比人有重病，内从心腹开始，外面达到手脚四肢，没有一汗一发不生病的。暂且以天下的本和当今的急务，试为陛下陈说：国家的本，就是陛下的心；当务之急就是辅育培养太，选任用大臣，整顿政纲严肃法纪，改变士风民俗，惜培养民力，整饬清明军政事务，这六事而已。