同时被朝廷召见，朱熹以生病辞谢了。

孝宗即皇帝位，下诏要求朝臣直言朝政得失。朱熹陈上密封的奏章说“：皇上虽没有过失，但为帝王的学问却不可以不熟讲。朝政虽没有缺误，但修明朝政、抵御外敌的大计却不可不早日决定。利害忧乐虽不可能全面列举，但事关国家的本问题却不可以不加留意。陛下在培养自己品德的初期，亲自批阅文献奏疏，不过是诵读诗文章句，咏情，又特别留意家、佛教的书籍。记诵诗文的词藻，并不能够探讨事发展的渊源而制定治国之；家的虚无和佛家的寂灭，并不能够贯穿万的始终而建立适当的大中之。帝王的学问，必须先穷究事的本原而获得知识，以便透彻地认识事的变化，使世间万的理，都能存在于心中，对事的纤细微末之全都看得透彻，就会自然意念真诚，心地端正，而可以治理好天下的事情。”其次说：“修明朝政，抵御外敌的方针之所以不能及时制定，是被讲和的论调给耽误了。金人是宋朝不共天的仇敌，不可能和好是很明显的了。我希望据公、正义果断地决定，封闭关隘，断绝和约。任用贤明能的人才，确立国家法度，纯洁士风民俗。几年以后，国家富足，军队大，据我国力量的弱，观察金人内裂痕的浅，慢慢起兵设法打败他们。”再接着说：“全国的利害，在于百姓的快乐与忧虑，百姓的安危忧乐，在于地方官员是否贤明。监司机构是监督地方官员的主要机关，而朝廷是委任监司机构官员的本之地。要想让百姓安居乐业，各得其所，源也在于朝廷了。现在的监司机构及其官员，狼狈为，贪赃枉法，大肆地掳掠、害民的官员，主要就是宰相、台谏的亲戚、故旧、门生、朋友。他们中失去了权势的人，曾经他们所得的私利情况而罢逐了他们；还在当权的那些人，难没有谋私利的吗？敬请陛下亲自去了解。”

隆兴元年(1163)，又被朝廷召见。朝奏对治策，其中第一说：“大学的理在于穷究事的本原而获得知识。陛下虽然有生而知之的天，优秀于普通人的行为，但没有能够照事的发展变化来观察治世的理，照这个理以适应国事的治理。这是因为在采取治国措施的过程中还有疑问而犹豫不决，而听从臣僚的意见时又不免有欺骗隐瞒的地方，所以治国平天下的效果不是很明显。”第二说“：君主父皇的仇耻与金人不共天。现在所应该的，就是不同金人作战就不能复仇，不守边关就不能取得胜利。”所以暂且陈上古代先圣贤哲帝王们怎样发奋图，巩固本，威慑、制服边远之地的夷敌们的国之。当时宰相汤思退刚刚倡导同金讲和，任命朱熹担任武学博士，等待上任。乾元年(1165)，促他上任就职，到了任上而适逢洪适担任宰相，又主张同金讲和，因观不相同，朱熹回乡了。

三年(1167)，陈俊卿、刘珙推荐他为枢密院编修官，等待上任。五年(1169)，因妻去世回故里服丧。六年(1170)，工侍郎胡铨把他作为诗人推荐于朝廷，他与王王圭同时被召见，他以没有服完丧事为由请求辞职。七年(1171)，服丧已完，又被召请，他以俸禄不能养家而推辞。九年(1173)，梁克家担任宰相，申述从前的召命，又被推辞。梁克家上奏朱熹多次召他任官而不就职，应该得到褒奖鼓励，大臣执政都称赞这个建议。皇上说：“朱熹安于贫穷，遵守廉，廉洁、谦退，应该嘉奖。”因此，特地改命他担任官职，主台州崇观。朱熹因为要求退官场而相反得以升迁，从义方面考虑更觉得心中不安，再次推辞。淳熙元年(1174)，才开始接受任命。二年(1175)，皇上打算奖掖廉洁、谦退的人，以纯洁士风民俗，龚茂良担任丞相的事务，推荐奖励朱熹，任命他担任秘书郎，朱熹决推辞，并且亲自写信给龚茂良，说明一时被厚的原因。许多小人乘机会讲谗言诽谤他，于是因为朱熹又推辞，即答应了他的请求，主武夷山冲佑观。

五年(1178)，史浩再次担任宰相，任命他担任南康知军，皇上下诏令他上任就职，朱熹又推辞，没有被答应、允准。到南康军，兴行利政，革除害事，恰逢那年不下雨，心勤于荒年政事，许多人得以活命。到救荒事结束，上奏章请求照法律条文奖赏纳粟米的人。有时到郡县学校，招引士学与他们讲习学问，议论理。走访白鹿书院遗址，上奏恢复原来的样，制订《学规》使他们遵守它。第二年夏天，天气大旱，下诏令监司、郡守分别阐明老百姓的快乐与痛苦，朱熹于是上奏疏说：

“治理天下的要事没有什么大于抚恤百姓，而抚恤百姓的本，在于皇上端正心术用以立定规章纪律、朝纲。大概天下的规章纪律、朝纲不能自形成，一定要皇上的心术公平正大，没有受私情左右而偏颇反复、犹豫不定，然后依赖于此而建立。皇上的心术不能自发地纯正地确立，一定要亲近贤臣，疏远小人，讲论明白仁义、理的归宿，关闭阻自私的邪路，这样才能使皇上的心术纯正地确立。

“现在宰相、台谏省官、师傅、宾客朋友、谏诤之臣都失职不负责任，而陛下与他们亲近、商量谋划的人，不过一、二个幸的大臣。对上以蛊惑陛下的心思与志向，导致陛下不相信先王圣贤的大理，而以追求功利的卑下浅见为快乐；不喜志士的宏大言论，而安逸于私利、鄙陋的丑态。对下则招收聚集天下士大夫中好利而没有廉耻的人，文人武士各以分，都各自加他们的门槛。所喜的人暗中引见接纳，升迁为显官要职。所不喜的人则私自行诽谤非议，或是公然行排挤。他们互相勾结、贿赂，所盗窃的都是陛下的财产。他们任命官吏置将领，所盗窃的都是陛下的权柄。陛下所属的宰相、师傅、宾客朋友、谏臣，或是反而于他们的门下，承受仰望于他们的示意主张；其中幸有能够自立的人，也不过是拘谨自守，而不敢讲一句斥责他们的话；其中十分敬畏公论的人，也仅能略加警告或驱逐他们的一、二个党徒，既不能对他们有重地打击，而且最终也不敢以正直的言行直捣他们的藏之所和巢所在。他们势力已成，威已立，朝廷内外无不倒向他们，使陛下的号令、官员的罢黜升陟不再自朝廷，而自一、二个人的私门，名义上是陛下独自决定，而实际上是这么一、二个人私自暗中执掌权柄。”

又说：“大的灾祸，一定会来临的忧患，近在早晚，然而惟独陛下还不知。”孝宗读了朱熹的奏章，悖然大怒说：“这是以为我宋朝将要灭亡了。”朱熹以生病为由，请求一个观职务，没有得到答复。