。早晨上奏，傍晚皇帝就答复同意了。

路过金陵，见到王安石，苏轼说“：兴大兵起大狱，是汉、唐灭亡的征兆。祖宗以仁厚治理天下，正是想革除它。现在西方打仗，连年不得解除，东南几次兴起大狱，您独不能说句话来制止它吗？”王安石说：“这两件事都是吕惠卿挑起的，我在朝廷外面，怎么敢说话？”苏轼说：“在朝廷就说，在朝廷外就不说，这是侍奉皇帝的常礼。皇帝对待您的不是常礼，您对待皇上，怎么可以用常礼呢？”王安石大声说：“我王安石要说话的。”又说“：话自我王安石之，你苏瞻的耳朵。”又说“：一个人要知一件不义的事，杀一个无辜的人，虽能得到天下也不去，这才可以。”苏轼开玩笑说：“现在的君，争着要减半年磨勘，虽去杀人也会的。”王安石笑而不答。

苏轼到常州时，神宗去世，哲宗即位当皇帝，恢复苏轼为朝奉郎、登州知州，召朝廷任礼郎中。苏轼过去与司光、章。。友好。当时司光任门下侍郎，章。。知枢密院，二人意见不合，章。。经常开玩笑侮辱围困司光，司光对此很苦恼。苏轼对章。。说“：司君实现在声望很。以前许靖因为只有虚名而没有实际才能，为蜀先主鄙视，法正说‘：许靖虚假的名声，在四海传，如果对他不加礼遇，必然会被认为轻视贤人而受到损害。’先主采纳了他的意见，就让许靖担任司徒。许靖尚且不可轻慢，何况是君实呢。”章。。认为苏轼说得对，司光借此得以稍稍安定。

升任起居舍人。苏轼起自忧患之中，不想立即要害门，他向宰相蔡确要求辞去这一职务。蔡确说“：您在仕途盘旋已经很久了，朝廷中没有人能超过您。”苏轼说“：以前林希与我同在馆阁中，而且他年纪比我大。”蔡确说：“林希果真应当比你先提吗？”最终还是不同意。元。。元年(1086)，苏轼穿七品官服延和殿侍奉皇帝，哲宗立即赐给苏轼用银装饰的红六品官服，升为中书舍人。

起初，祖宗时，差役法实行的时间长了产生弊病，百姓中服役的人却不习惯所服的差役，官府又残暴地役使他们，导致多数人破产，地多人少的地方有人终年得不到休息。王安石在神宗朝任宰相时，把差役法改为免役法，据等的低让他们钱雇人服役，执行免役法的官吏向百姓索取超过规定的钱财，因此免役法成了百姓的祸患。司光任宰相，知免役法的危害，而不知它有利的一面，打算恢复差役法，选派官吏和设置机构，苏轼被选中。苏轼说：“差役法、免役法，各有利弊。免役法的害，在于聚敛民财，百姓十室九空。聚敛于上而下面却有钱荒之害。差役法的害，在于百姓常在为官府服役，不能集中力量务农，而贪官污吏得以乘机敲榨勒索。这二者危害的轻重程度，大致相等。”司光说“：你说怎么办呢？”苏轼说“：法令制度连续相承事情就容易成功，事情渐渐变化百姓就不会惊慌。三代的制度，兵农合一，到秦朝才分为二，等到唐朝中叶，把府兵全改变为长征健儿，自从那时以来，百姓不知当兵，当兵的也不知务农，农民粮布帛养活军队，军队命保卫农民，天下都到方便。即使圣人再现，也不能改变这情况。现在的免役法，实际上大致和这一样。您想立即废除免役法而实行差役法，正好像废除了长征健儿而恢复府兵，不容易吧？”司光听了不以为然。苏轼又到政事堂陈述自己的意见，司光很不兴。苏轼说“：过去韩魏公在陕西招纳义勇，您任谏官，为此事争辩得十分激烈，韩公不兴，您也不顾。我过去听您讲这事的详细情况，难您今天了宰相，就不允许我讲完自己的意见吗？”司光笑笑。不久苏轼被任命为翰林学士。

元。。二年(1087)，苏轼兼任侍读。每当给皇帝读书读到治兴衰、邪正得失的时候，无不反复开导皇帝，希望对皇帝有所启发醒悟。哲宗虽然恭敬而沉默不语，但总是肯定。苏轼曾给哲宗读祖宗《宝训》，因此讲到时事，苏轼说：“现在赏罚不分明，对善恶没有什么鼓励或阻止的措施，又有黄河大势正向北，然而行使它向东；西夏人侵镇戎军，杀死掠走几万人，军队主帅不向陛下报告。如果每件事都是这样的话，恐怕会渐渐成为衰的开端。”

苏轼曾经锁在皇宿值，奉召对便殿，宣仁太后问他说：“你前年任什么官职？”苏轼回答说：“我任常州团练副使。”宣仁太后问“：现在担任什么官职？”苏轼回答说“：我现在担任翰林学士。”宣仁太后问“：为什么被迅速提升到这个官职？”苏轼回答说：“我遇到了太皇太后、皇帝陛下。”宣仁太后说：“不是。”苏轼说“：难是大臣们推荐的？”宣仁太后说“：也不是。”苏轼吃惊地说“：我虽然不肖，但也不敢通过其他途径来得到提升。”宣仁太后说“：这是先帝的意思。先帝每次诵读你的文章，一定叹地说：‘奇才，奇才！’只是没来得及提任用你罢了。”苏轼不觉痛哭失声，宣仁太后与哲宗也哭泣，左右侍从也动得泪下涕。过了一会儿让苏轼坐下喝茶，撤下皇帝御前的金莲烛送苏轼回到学士院。