人心危疑，不可不防备意外，我应该星夜赶回我的兵营才是。”福王答应了他。继咸又赶到内阁批评史可法不应当封杰为伯，士英对他怀恨在心。不久继咸又上书陈述守卫国家，实现太平的大政方针，其中援引宋宗任用黄潜善、汪伯彦的事，又影了士英。正好湖广巡御史黄澍弹劾士英的十大罪行，士英起草诏书，要把他逮捕治罪。黄澍就和良玉商量，暗中鼓动将士大吵大闹，要到南京去领取军饷，保护黄澍。继咸替他们截留了长江上运送的粮十万石，饷银十三万两，拨给了他们，又上书代黄澍申辩，用良玉倚仗黄澍为理由请放回黄澍。士英迫不得已，就没有逮捕黄澍。继咸和士英发生矛盾以后，他给朝廷的奏请都被挡回不用。

第二年正月，继咸上书说：“元旦节，是人臣应该磕在地，举杯庆贺的日，也是陛下应当痛定思痛，卧薪尝胆的时候。而今大耻未雪，陛下应该认为周宣王那天不明就询问时间想要事的神是值得学习的，认为后世君主那通宵滥饮、角抵游戏的行为是应当戒绝的。当前应当停减土木工程，节俭不必要的开支。劝告大臣停止私斗，以国仇为重。我经常慨三十年来朝廷仅仅因为‘三案’就没完没了地纠扯、血斗。像《要典》那本书，先帝在世时就已经把它烧毁，现在又何必去理会他呢？假如这本书还没有呈，应该停止览；就是已经呈，也应当烧毁了。至于皇帝即位一事，自古以来有不少不同说法。陈平、周迎立汉文帝以后，没听说要狠整朱虚的过错；房玄龄、杜如晦决定辅立秦王，也没听说要极力把魏征给治罪。这固然是因为这两位君主宽宏大量，也是因为有这么些大臣奉公、忠诚，善于谋画，帮助成就了君上的德。我请求陛下再一次发布对过去有异议的大臣宽大理的诏书，释放监狱中被判的囚犯，停止过问下边受到株连的案犯！”福王颁下诏书同意了他的意见。

朝廷里那帮小人都不喜继咸，把他的军饷给减了六万，队中有人发怨言，继咸上书争论也没用。又因为长江上驻兵太少，郑鸿逵的战舰不见回来，继咸决定再造新船，传令九江佥事叶士彦在江面上截买木材。士彦家在芜湖，跟当地商人很熟悉，就封还了他的命令。继咸因为他的命令没能执行下去，就上书弹劾士彦。士彦的同年、御史黄耳鼎也上书弹劾继咸，说他手下的心腹将校劝良玉另立别的藩王皇帝，良玉不听。良玉曾经不愿意拜领福王的监国诏书，听说耳鼎的上书后更加担心被怀疑，就上书说明他跟继咸没有什么矛盾，耳鼎是受人指使才那样说的，《要典》一书应当再次予以烧毁。江东人于是就七嘴八地说继咸、良玉一唱一和，要挟朝廷了。正好南京又发生了假太一事，良玉上书争议没用，就和士英等人发生了矛盾。继咸上书说：“太的真假，不是我在这里可以凭空揣测的。如果是真的，就请朝廷良玉的意见办；如果是假的，不妨从容审察、置，多找一些在东任过职的大臣来辨认，以便使朝廷内外的臣民解除心的疑云。”他的奏疏没到南京，良玉就起兵造起反来。

当初，继咸听说李自成兵败南下，就命令将郝效忠、陈麟、邓林奇驻守九江，自己打算率领副将汪硕画、李士元等去支援袁州，以防闯贼由岳州、长沙江西境内。已经上船发，听说良玉反叛，又回到九江。良玉的船停在长江北岸，写信给继咸说，希望能和他握手告别，去为皇太效死。九江的士绅、百姓都着泪请继咸过去一下，消除这一带可能会发生的战。继咸到船上见到良玉，良玉说到太被打监狱一事就大哭不停。第二天，船移到南岸来，良玉从袖中取皇太的秘密指示，劫持九江的将领们和他结盟。继咸脸严肃地问“：太的秘密指示是从哪里搞到的？先帝过去的恩德不能忘，现在新皇上的恩德也不可辜负了啊！太的秘密指示是从哪里搞来的呢？”良玉脸变了，过很长时间才说：“我说准不攻打南京，把檄文改为奏疏，在都城外驻军，听候圣旨不就是了？”继咸回城后，把各位将官召集到城楼上挥泪说：“兵谏是不对的。晋的战甲示威，《秋》对它表示厌恶。我们能和他一起作吗？”接着就和大家商定一同守城，拒击左军。可是效忠和将张世勋等人却已经动和良玉联合兵力了，又城里来杀人抢劫。继咸听说后想自尽，黄澍来到他的官署哭拜着说“：宁南并无二心。先生如果以死刺激他生野心来，那么大事就不是算完了吗？”副将李士也秘密地告诉继咸说暂时忍耐，等左军过去到了前，像王文成公擒拿宸濠那样的事业袁公您也能成就呢。继咸认为他说得对，就城去批评良玉。良玉已经病重了，晚上看到九江城中大火烧起来，大哭着说：“我对不起临侯呢！”———临侯是继咸的别号———吐几升血，就死掉了。他的儿秘不发丧，将领们推他当了总帅，驾船向东走了。

朝廷都怀疑继咸和良玉一起反了。不过当时南京已被大清兵打下，各大兵镇大多都投降了。继咸劝说梦庚回师，梦庚不听。继咸派人回来告诉林奇、硕画、士元不要背叛国家的事，当时林奇、硕画、士元躲避在安徽的湖泊中，他们竟派人暗中阻拦继咸回来。继咸受了效忠的骗去到他的队里。