年冬天，两条河的工程完工。第三年天，他被加封为太太保，升任工尚书兼左副都御史。潘季驯初次到黄河上游，视察虞城、夏邑、商丘，估量地势。旧黄河的上游，从新集经过赵家圈、萧县，徐州小浮桥，势极为广。自从嘉靖中期黄河北移，河床变浅，迁移无常，曹、单、丰、沛地区人民常受淹没之苦，他上奏请求恢复旧河。给事中王成认为刚在崔镇、堰筑堤，很难同时兴工。河南的抚大臣也陈述三个困难，于是终止了此议。他调任南京兵尚书。万历十一年(1583)正月他改任刑职务。

潘季驯的复，是因为张居正的支持。张居正死后，家属全被幽禁，儿张敬修上吊自杀。潘季驯劝谏：“张居正的母亲年过八十，早晚会去世，请求下诏以特别的恩惠宽恕她。”又认为治张居正的罪太急迫了，宣称张居正的家属死于此案的已达数十人。在此之前，御史李植、江东等人与大臣申时行、杨巍相互攻击。潘季驯极力支持申时行、杨巍，痛斥言官，言官们很恼怒。于是李植弹劾潘季驯与张居正结党相庇护，将他削职为民。

万历十三年(1585)，御史李栋上奏替他鸣冤：“隆庆年间，黄河在崔镇决，将漕运通阻梗。多年来，百姓定居，黄河安然淌，人们都说：‘这是潘尚书的功劳。’过去已故大臣宋礼治理会通河，至今都受益，陛下应允了督臣万恭的请求，给予他谥号和荫庇。现在潘季驯的功绩不在宋礼之下，却在存之日，成为一般平民，难这不损害大臣建功立业之心，损害朝廷酬报功勋的典制吗？”御史董行也称潘季驯的罪行轻罚重。诏令将他们的俸禄全剥夺了，此后举荐的人不断。

万历十六年(1588)，给事中梅国楼又举荐他。于是启用潘季驯任右都御史，全权督察河。从吴桂芳之后，治河与漕运由一人总理，此时又设置专职官吏。第二年，黄河暴涨，冲夏镇，毁坏田园房屋，居民多被淹死。潘季驯又筑堤堵决。十九年冬天，他被加封为太太保、工尚书兼右都御史。

潘季驯总计四次奉命治理黄河，前后达二十七年，熟习地形的险夷。增筑堤防，设置专员，修建闸，以至于木石舂埽，他都理周详，因此积劳成疾。多次上奏请求退休，皇帝不允许。万历二十年(1592)，泗州发大，城中积达三尺，祸患到祖陵。议论者有的主张挖开傅宁湖从六合江，有的主张疏浚周家桥注、宝诸湖，有的人主张开挖寿州的瓦埠河分淮河上游的，有的人主张开放张福堤由淮河排河。潘季驯称祖陵的王气不能轻易排，但是巡抚周肕、陈于陛，巡举称周家桥在祖陵之后百里之地，可以疏浚，意见不一，都给事中杨其休请求允许潘季驯离去。他回乡三年后去世，享年七十五岁。

王宗沐，字新甫，临海人。嘉靖二十三年(1544)的士。授职为刑主事。与同僚李攀龙、王世贞等人，以诗词、文字相互结友好。王宗沐尤其通晓吏治。历任江西提学副使。修建白鹿书院，招引诸生在其中讲学研习。

三次迁官后升任山西右布政使。当时山西连续灾荒，王宗沐趁上京觐见皇帝之机上奏说：“山西诸郡都受荒灾，太原尤其严重。三年来，都是如此，一百多里听不见鸣。父、夫妇彼此换以吃饱一餐，称作‘人市’。宗亲的八十五万石俸禄，多年欠缺，因饥饿、瘟疫而死亡的人达二百人。山西是京城的右掖。从故关至真定，从忻、代地区至紫荆，都不到三天的行程。宣、大地区的粮虽然分派到了各郡，但是运送粮的人全在太原。饥民一旦聚集，蹂躏、践踏、劫夺，每年供给宣、大两镇六十七万两粮饷，谁替他们采办。这是一件为忧念之事。各地上奏的旱灾害以十计，里评议常常裁减至十分之三，免除的不过是各地应该留存的分。现在山西存留的是供应的镇关的粮饷。存留却反而比起运还急，因此山西最终没有享受丝毫的宽缓。这是第二件忧心的事。在万山之中开拓疆域，峰岩阻隔，太原的百姓不能到达泽、潞，怎么能到其他地方寻饭吃。唯独真定的米稍稍可以通济。然而背负车运，大致两斗得到一斗，刚至寿，价钱就涨了三倍。这是第三件忧心的事。饥民聚众造反，招抚不了他们，必将行捕杀。小则动用库存的经费，大则要请求调拨内府的资金。与其拨钱奖赏杀盗的人，不如拨钱使他们不盗。这是第四件忧心的事。近来丘富行诱惑，边地百姓谣传他募人耕田不征收租税。愚昧的百姓知什么，急迫间无暇选择，八百多里长的边关没有谁要挟他们。他们诱惑聚众，我方因逃亡而空虚。这是第五件忧心的事。”他因而请求延缓征收拖欠的赋税，截留河东新增加的盐课供给宗族的俸禄。不久他改任广西左布政使，又调补山东。