通漕运，于是决定开挖新河，在吕孟湖筑堤以防溃决。河都御史潘季驯认为疏浚旧渠方便些，意见与朱衡不合。朱衡更加持自己的意见，引导鲇鱼、薛沙等河的至新渠，修筑家桥堤以便遏制飞云桥的决，亲自监督施工。弹劾并罢免了曹濮的副使柴涞，对不力的官吏、兵卒从重惩治，于是议论纷纷。第二年，给事中郑钦弹劾朱衡为贪功而待百姓，诏令给事中何起鸣前往查，工程临近竣工。等到秋天，黄河在家桥决堤，议论的人纷纷说不能成功，何起鸣起初赞同朱衡的意见，现在也改变了观，与给事中王元、御史黄襄接连上奏请求罢免朱衡。遇上新河修成，议论才平息。新河长一百九十四里。漕运的船只由境山河，航行至南。不久，潘季驯因父母丧事而离去，诏令朱衡兼他的事务。

隆庆元年(1567)他被加封为太少保。山间的骤然溢，使新河决堤，损坏数百艘漕运的船只。给事中吴时来说：“新河接纳东昌、兖州以南的费、峄、邹、滕等河。用一堤防捍卫数条河，岂能不决堤。应该分以减小势。”朱衡就开挖了四条支，将河引赤山湖。第二年秋天，他被召回工。第三年，朱衡上奏说：“死去的大臣宋礼疏浚整治旧渠测量平度，计算济宁的平地与徐州的境山之巅相持平，北面南面低，河落差达二十丈。所以鲁桥闸稍稍开启，其南面就上涸，船行驶半个月才能抵达。东昌、兖州的百姓增设闸门以抬位，一百六十年都苦力服差役。近来改凿新渠，远远地避开黄河，舍低就，地形平坦，各座闸门不必繁琐地开启与关闭，船一天可以航行一百多里，民夫、差役基本上无事可。最近河都御史翁大立奏请裁减民夫，应该可以听从。”因此淘汰了五名闸官，六千多余民夫和差役，用这些雇工的开支作为修渠的经费。

隆庆四年(1570)秋天，黄河在睢宁决堤，启用潘季驯全权负责。第二年冬天，巡视河的给事中雒遵弹劾罢免了潘季驯，称可以使的朝廷大臣，没有超过朱衡的人。六年正月诏令他兼任左副都御史，负责整治河。穆宗逝世，大学士拱以修山陵的工程的名义奏请召回朱衡。遇上邳州的工程也刚好完工，朱衡就返回了朝廷。

朱衡先后在工禁止无益工作，裁减多余的开支，节省的经费很多。穆宗时期，内府的监局加征工程的材料，滥开支不估量，朱衡随时提来奏呈皇帝。不久，诏令南京的织造太监李佑办一千八百多匹袍缎，朱衡趁着言官孙枝、姚继可、严用和、骆问礼先后劝谏之机，再度上奏请求，皇帝依从了他。皇帝痛斥太监崔，传令南京增造十多万匹绸缎，朱衡建议停止新增的纺织额，只责成每年的定额，得以减少了三分之二的新增纺织额。皇帝命令建造鏊山灯，估计要耗费三万多两白银，又命令在长信门建造光泰殿、瑞祥阁，朱衡都上奏劝阻了。等到神宗即位，首先就命令停止织造，但太监不上奉行诏令，并且请求增添织染所的颜料。朱衡上奏争辩，都请求成功了。皇太后传谕拨发金币在涿州修造碧霞元君庙。朱衡又争辩，皇帝答复知了。

朱衡格刚直，遇事不屈服，不被张居正所喜。万历二年(1574)，给事中林学。。弹劾朱衡刚愎自用。朱衡再度上奏请求退休。诏令加封他为太太保，乘驿车回乡。当年夏天，大雨毁坏了昭陵的绫恩殿，追究督工官的罪，剥夺了他的太太保衔。他七十三岁去世。

潘季驯，字时良，乌程人。嘉靖二十九年(1550)的士。授职为九江推官。升任御史，为广东巡。推行均平里甲法，广东的人觉得大为便利。临到将离职时，他还上奏请求告诫后来的人遵守此法，皇帝依从了他。晋升为大理寺丞。四十四年，他由左少卿晋升为右佥都御史，总河。他与朱衡共同开挖新河，被加封为右副都御史。不久因奔父母的丧事而离职。

隆庆四年(1570)，黄河在邳州和睢宁决堤。他任原职，再度负责河，堵决。第二年，工程完成，因驱使漕运船只新河漂散沉没了很多而获罪，被勘河给事中雒遵弹劾而遭罢免。