居正认为御史在京城之外，往往凌辱抚臣，因此想大加整治。一件事稍微不合意，随即辱骂谴责，甚至下令他们的上司行考察。给事中余懋学奏请施行宽大政策，居正认为是讽喻自己，革去了他的职务。御史傅应祯继续申诉此事，更加迫切，被投诏狱，杖责后遣往边关。给事中徐贞明等人一起到监狱，并带了些饭去探视，也被逮捕贬京城。御史刘台巡视辽东，误传捷报。居正引用先例绳治他，刘台上书称居正专横枉法，居正非常恼怒。皇帝替居正将刘台打诏狱，命令杖责百次，然后遣往遥远的边关。居正公开奏请挽救，只剥夺他的官职。不久，刘台终于还是被遣送边关。因此，各位给事御史更加敬畏居正，但心中却愤愤不平。

当时，太后认为皇帝年幼，很尊重礼遇居正，同事吕调不敢论及异同。等到吏左侍郎张四维内阁，恭敬谨慎得如同属官，不敢自视为同僚。

居正喜好建树，能凭智术驾驭属下，人们大多数乐于为他效力。俺答求和于关，很久没有为害。只有小王的属十多万人，向东北至辽左，因互市没有被开通，屡次侵。居正任用李成梁镇守辽省，戚继光镇守蓟门。李成梁奋战打退敌寇，功劳大得足以加封伯爵，而戚继光也设置了很好的防范。居正对他们都加以亲近信任，边境局势得以安然。两广督抚殷正茂、凌云翼等人也有多次破兵的功劳。浙江兵卒和百姓一再发难，他任用张佳胤前往安抚就得以平定，所以世人称居正知人善任。然而他执法严厉。实驿、裁减冗官、清理学校，澄清和淘汰的都很多。他说公卿和普通小吏不能乘坐驿站的车，与商旅没有差别。因为署缺少的、需要次之的地方不能候补，大城镇的士名额少，取仕途很艰难，也有很多怨恨他的人。

当时太平日久，众盗匪蜂起，以至于城市抢劫府库，有司常常隐讳这事，居正严格禁令。隐匿不举报的人，虽然是良吏也必定罢免。捕获盗匪立即斩杀，有司不敢掩饰情况。盗窃沿海钱米数额很多的人，惯例都斩杀，然而往往长期监禁或者死在狱中。惟独张居正立即斩杀他们，而且追捕他们的家属。盗贼衰减。但是觉得执行不便的人，都对他有怨言，居正也不加理会。

慈圣太后将要返回慈宁，告诉居正“：我不能朝夕看着皇帝，担心他不像从前那样求学、勤于政务，有负先帝的嘱托。先生负有师保的职责，与大臣们不同。你替我朝夕教诲，用德辅佐我，尽你与先帝凭几的友谊。”于是赏赐他坐蟒官服、白银、彩币。不久，遭遇父亲丧事。皇帝派遣司礼宦官问他，送给他粥药，劝居正节哀，问候的人在路上络绎不绝，三赠送的丧礼礼品很丰厚。

侍郎李幼孜想阿谀居正，倡议丧期未满、令仕，居正为此动心。冯保也决挽留居正。众翰林王锡爵、张位、赵志白、吴中行、赵用贤、习孔教、沈懋学等都认为不行，居正不听。吏尚书张瀚因为滞留了皇上劝居正留任的圣旨，被驱逐。御史曾士楚，给事中陈三谟等接着上书请求挽留张居正。吴中行、赵用贤和员外郎艾穆、主事沈思孝、士邹元标相继争议此事。都被以廷杖责罚，分别遭贬职。当时有彗星从东南方现，与天长长相连。人情激昂，目光都指向居正，以至于在通要悬挂诽谤书。皇帝下诏告诫群臣，再论及此事的人格杀无赦，诽谤才终止。因此派张居正的儿编修张嗣修与司礼太监魏朝骑快代替张居正主持丧葬，礼主事曹诰负责祭祀，工主事徐应聘负责葬礼。居正上奏请求不上朝，穿青衣、白孝服、角带内阁主持朝政，讲读经书，并且奏请辞谢年薪。皇帝同意了。等到皇帝举行婚礼，张居正穿吉祥的服装行事，给事中李涞说他违背礼仪，居正发怒，把他贬为佥事。当时皇帝对张居正很重，经常赏赐居正御书，称他为“元辅张少师先生”，用师礼待他。

张居正请求回乡安葬父亲，皇帝派尚宝少卿郑钦、锦衣指挥史继书护送，约定三个月时间，葬礼结束立即返回。虽然如此，皇帝还是指令抚大臣们提前策前去送达皇帝的促诏书信。铸“帝赉忠良”银印赏赐给他，如同杨士奇、张孚敬一样，得到密函论事的特权。皇帝告诫次辅吕调等人“有大事不要专断，由驿传到江陵，听任张先生理”张居正奏请扩充内阁成员，皇帝下诏指令居正推荐。居正就推荐礼尚书自、吏右侍郎申时行内阁。自一向抵张居正，没料想到此事，很激居正，而申时行与张四维都自觉与居正亲昵。居正就安心离去。皇帝和两对他赏赐安有加，派遣司礼太监张宏在郊外设宴为张居正饯行，朝廷众臣僚属列队相送。所有经过的地方，有司安排好宿，整治路。辽东奏报大捷，皇帝又归功于居正。派使者骑奔告，让他确定封赏等次。张居正条列分明地予以上报。吕调更加自惭，持卧病，多次上书请求退休。

张居正称母亲年老不能经受炎暑，奏请等待清凉的时候上路。因此内阁、两都院寺卿、给事中、御史都上奏章，请求促张居正迅速返回朝廷。皇帝派遣锦衣指挥翟汝敬骑快迎接。皇帝计日以待；指令宦官护卫老夫人在秋天从路走。张居正经过的地方，守备大臣都行长跪礼，抚大吏越界迎送，担当前驱。路过襄，襄王来迎候，邀请居正赴宴。先例，虽然公侯拜见襄王也行臣礼，张居正却受迎和宴请的礼遇。经过南，唐王也如此。抵达京都郊外，皇帝下诏派遣司礼太监何设宴劳，两也各派遣大宦官李琦、李用宣读谕旨，赏赐他八宝金钉川扇、御膳、饼果、酒，朝廷众官又列队迎接。殿朝拜，皇帝诚挚地劳了他，批准他休十天假后再内阁，赏赐他白银、彩币、宝钞、羊酒，顺带他拜见两皇太后。秋天，魏朝侍奉张居正的母亲上路，随从的仪礼煊赫，围观的人密集得像墙。抵达京城，皇帝和两皇太后又加倍赏赐财，问居正母，几乎像对待自家人。

当时皇帝逐渐备办六赐，太仓提供的钱财很多。张居正就呈皇帝过目的清单发表意见，称每年太仓不敷，奏请皇帝坐下休息时空浏览一下清单，量为，节省过量的开支。奏章送去，皇帝留了下来。皇帝又命令工铸造钱币支付开支，居正认为获利抵不上耗费制止了此举。劝谏的官吏奏请在苏、松地区停止织造活动，皇帝不听。居正为此当面向皇帝奏请，才同意减去大半。他还奏请皇帝停止修建武英殿，以及裁减对外戚升官的恩惠，皇帝多数违心地顺从了他。皇帝到文华殿，居正侍讲读完毕，告诉皇帝给事中呈送的有关灾害的奏章，请求赈济。他又说：“皇帝民如，但是有司们在外损公私，盘剥百姓欺骗皇帝，应该依法严惩。皇上努力节省，把中的一切开支、服饰、赏赐、布施品，裁减或禁止。”皇帝同意，对一些地方税粮予以蠲免。居正认为江南的贵族豪仗势违法、诈狡猾的官吏和百姓长于拖欠赋税，挑选悍的大官吏严格督导责罚。赋税因此时输送，国库日益充实，但是豪和狡猾的官民都怨恨居正。