徐阶告发，才愕然作罢，但对徐阶更加猜忌。

皇帝诛杀仇鸾后，更重视徐阶，屡次同他谋划边疆事务。当时商议减去仇鸾所增加的卫兵，徐阶说：“不能减。京营积弱的原因，终不在疲乏而在于闲散，应当选淘汰，提取他们的粮饷作为奖赏的费。”又奏请罢免提督侍郎孙礻会。皇帝开始由于严嵩的阻碍未能实行，久而完全听从了徐阶的意见。徐阶一品三年满期，功勋有加，任国，而兼任太太傅、武英殿大学士。六年考满，兼支大学士俸禄，并任用其为中书舍人，加封少傅。第九年，改兼吏尚书。皇帝赐宴于礼，玺书中对他褒扬有加。皇帝虽看重徐阶，却只稍稍显迹象。曾把五芝麻授予严嵩，让他炼药，称徐阶是政治本的关节，不能相。徐阶惶恐地请求，才得到。皇帝也渐渐委任于徐阶，仅次于严嵩。

杨继盛议论严嵩的罪行，用二位王的事为证，被打锦衣卫的牢狱。严嵩嘱托陆炳追究主使人。徐阶告诫陆炳“：如果不谨慎，一旦涉及皇，对宗庙社稷如何！”又用危言劝阻严嵩“：皇上只有两个儿，必定不忍心以此责备您，开罪于皇，以回答你的质询，问罪的只是左右朝臣。您何必公开同邸结仇怨呢？”严嵩闻言惊恐，才算了结。倭寇蹂躏东方，皇帝几次询问徐阶，他力主发兵。又念及边关士卒辛苦饥寒，奏请征收京都辖区的麦数十万石，自居庸输往宣府，从紫荆输往大同。皇帝很兴，密传实施这个方案。杨继盛弹劾严嵩，严固然疑心徐阶。赵锦、王宗茂弹劾严嵩，徐阶又建议从轻发落。到此次给事中吴时来、主事董传策、张罛弹劾严嵩失败，都被投监牢。传策，徐阶的同乡；时来、罛，徐阶的门生。严嵩上书议论此事，公开称徐阶为主使，皇帝不听。秘密询查，他们都舍严嵩而趋徐阶。随即加封徐阶为太太师。

皇帝居住的永寿遭火灾，移居玉熙殿太狭小，打算些营建，询问严嵩，严嵩奏请返还皇，皇帝不兴。询问徐阶，阶奏请用三殿的多余材料，责成尚书雷礼营建，可在几个月内建成。皇帝欣喜，照徐阶建议建造。任命徐阶的儿尚宝丞。。兼上主事都察，此后十旬功成。皇帝即日移居那里，命名万寿。因徐阶的忠诚，晋升少师，同时支取尚书俸禄，准许一为中书舍人。其。。也破格提为太常少卿。严嵩日渐衰落。严嵩的儿世蕃贪横纵的劣迹也渐有传闻，徐阶指令御使邹应龙弹劾严嵩。皇帝勒令严嵩退休，提邹应龙为通政司参议。徐阶取代严嵩任首辅。

不久皇帝念及严嵩供奉之劳，怜悯他。又因严嵩离去，恍惚不乐，于是颁布诏谕打算退隐而修本并传嗣打算，又责备徐阶等不该给邪封官，称邹应龙为邪，徐阶陈述：“退隐并传嗣，臣们不敢奉命。应龙转官，是二奉旨行事。”皇帝才罢休。

皇帝以为严嵩在职过长，世蕃却在外违法犯禁，因此令称徐阶没有不要长久的廷侍候。徐阶窥察皇帝意图，声称如果为，在外犹如在内，持请求就职。皇帝把严嵩值宿的房赐给徐阶。徐阶标榜三语：“威福还主上，政务还诸司，用舍刑赏还公论。”从此朝臣儒士侃侃而谈，得以依自己意想行事。袁炜几次直言，徐阶奏请召他共同议政。就说“行事与众人共同议办为公，办事公是成就一切事业的本；专行为私，私则滋生百弊”皇帝首肯。徐阶因张孚敬和严嵩导致皇帝猜忌约束，力反其，务必以宽大开阔皇帝的心。皇帝厌恶给事御史抨击过当，想作番贬责。徐阶委曲调剂，得以从轻发落。皇帝会见时询问徐阶知人的难。徐阶回答说“：大似忠，大诈似信。只有广泛听取意见，对穷凶极恶的人，有人替我扰；对情隐匿的罪行，有人替我揭发。所以圣帝明王，有言必察。即使不真实，小事搁置一边，大事轻责并宽容人，以便鼓励后继者。”皇帝称好。言路越发舒展。

敌寇从墙岭攻，直扑通州。皇帝正在祭祀，兵尚书杨博不敢启奏，与徐阶商议此事，发布檄文调宣府总兵官芳、宣大总督江东来援救。芳的兵先到，徐阶奏请上奖赏他，并请求扩大江东的权力，使他统率诸兵。敌寇从通州掳掠至香河，徐阶奏请在顺义上设防，调骑兵至古北。敌寇攻顺义不得，于是奔向古北。敌人的后军遭参将郭琥伏击被打败，掳掠的大量人畜辎重被缴获。起初皇帝恼怒杨博不早报告以及总督杨选放纵敌寇侵，准备治罪却还没行动的时候，徐阶谏：“杨博虽然因祭祀禁忌不敢传报，但两镇兵都是他最早调来的。而杨选则不是尾随敌寇而是礼送他们境。”皇帝最终杀了杨选，没有治杨博的罪。晋升徐阶为建极殿大学士。

袁炜因病还乡，死在路途，徐阶独掌国柄。屡次奏请增添内阁大臣，并乞求辞官。于是皇帝任命严讷、李芳内阁，对徐阶更加恩。以任一品官第十五年考察，皇上待他恩礼遇特厚，一再赏赐玉带、绣蟒、珍贵药材。皇帝亲手写信询问徐阶病情，谆恳地如同对待家人，徐阶更加恭谨。皇帝间或有所委任，徐阶整夜不合，承提起草的文书没有拖延片刻。皇帝日益厚徐阶。徐阶采纳好的舆论，陈述给皇帝，然后施行。嘉靖中叶，南北用兵，边镇大臣稍有不合皇帝旨意，就逮捕下狱诛杀放，内阁大臣又巧借皇恩作威作福。徐阶主事后，缇骑省减，诏狱渐渐虚空，任事的人得以功名尽终。因此舆论一致推荐徐阶为名相。

严纳奏请辞归，皇帝命令郭朴、拱内阁，与芳共同辅政，事务仍旧由徐阶决断。徐阶屡次奏请册立太，没有答复，不久景王到封地，病逝。徐阶启奏剥夺景府占据的数万顷陂田还给百姓，楚地民众非常兴。皇帝打算建造云坛和兴都殿，徐阶极力劝阻。鄢懋卿骤然增加盐税四十万银两，徐阶暗示御史奏请恢复原来定额。方士胡大顺等劝皇上用金丹，徐阶极力陈述此假言行骗的罪状，大顺等人随即伏法。皇帝服药后躁烦。主事海瑞尽陈皇帝的过失，皇帝非常恼恨，想立即杀了他；徐阶尽力挽救才作罢。皇帝病情加重，忽然想到兴都去，徐阶力争方止。不久，皇帝死，徐阶草拟遗诏，所有斋醮、土木、珠宝、织一律免去“大礼”大案，论事治罪的大臣全翻案。诏书颁布，朝野号恸激，同杨廷和拟定的登基诏书并列，为世宗朝的盛事。