武宗即位，祧迁熙祖。

奉先殿神位也迁移到德祖的西面，他的衣冠、床帐、仪礼用都贮放在神库里。

嘉靖十四年，制定内殿的祭祀及礼仪。

清明、中元节、皇上诞辰、冬至、正月旦日，祭祀有祝祷文，奏乐如同宴乐。

两寿辰，皇后连同妃嫔的生日，都有祭祀，没有祭文、音乐。

立、元宵、四月八日、端、中秋、重、十二月八日，都有祭祀，用四季应时品。

旧时无祭祝文，现在增加祭告词。

旧有礼仪，只是一室一拜，到中间房内跪着祝祷完毕，又拜四拜，焚烧祝文彩帛。

现在到拜位上拜四拜，献帛与爵，祭祀祝祷完毕，后妃辅助亚献，主持官终献，撤掉祭品后又拜四拜。

忌日的祭祀，原来是穿祭服奏乐，现在改穿浅衣，去掉音乐。

凡是在方泽祭祀地只、朝日夕月，外祭告、返回参拜，以及册封告祭，朔曰望日举行祭礼，都在这里。

十五年，礼尚书夏言等人奏报：“悼灵皇后牌位，以前因拊祭于所亲之人，暂且柑祭奉慈殿孝惠太后的旁边。

这三后的牌位既然打算迁到陵殿，那么悼灵皇后神主也应暂时迁到奉先殿旁屋，享祀祭告，就一起设僎。”皇帝听从。

隆庆元年，礼说：“旧有制度，太庙一年五次祭享，而节令忌辰等祭祀，就在奉先殿行。

现在孝洁皇后既已拊祭太庙，那么奉先殿也应供奉安放神位。”于是设神座、仪礼品在第九室，派遣官员礼仪祭告。

万历三年，皇帝想把孝烈、孝恪两位皇后的神位，供奉安放在奉先殿。

礼官说世宗时，议定拊祭于陵殿，不拊祭在内殿。

皇帝说：“奉先殿现在有孝肃、孝穆、孝惠三位皇后的神位，都是皇祖父所定，应遵照执行拊祭使死者安宁。”因为当时三皇后既各拊祭于陵庙，仍然在奉先殿一并祭祀，而朝廷大臣没有人知。

命令辅政大臣张居正等人去看。

张居正等人说：“奉先殿供奉安放各位圣祖圣母，凡是推尊为后的，都能够在内殿供奉牌位祭享，与太庙的一帝一后不同，现在也应安置牌位祭献。”皇帝同意了。

此前，册封告祭，以太常寺官员为执事官，仍奏请派遣官员。

到万历元年，皇帝亲自行礼，而派官的请求被废除。

二年，太常寺认为内殿在禁之地，用太监主方便。

皇帝同意太常寺的请求。

凡是皇帝生日、中元节、冬至、年终，嘉靖初年都在奉先殿告祭。

十五年，停止七月十五日的祭祀。

四十五年罢除年终的祭祀。

隆庆元年，停止皇帝生日、冬至的祭祀。

在方泽祭祀地只、朝日、夕月，外告祭、返回参拜等礼，嘉靖年间在景神殿举行。

隆庆元年仍在奉先殿举行。

各位皇帝皇后忌辰祭祀，嘉靖以前在奉先殿举行。

嘉靖十八年，改皇帝、皇后的忌辰在景神殿举行祭祀，文皇帝、文皇后以下在永孝殿举行祭祀。

嘉靖二十四年，仍在奉先殿举行。

凡是内殿祭告，从万历二年以后，皇帝亲自祭祀，则祭品、祭文、执事人员，都白内太监。

派遣官员代替祭祀，那么都于太常寺。

祇有祭品用脯醢的，就是亲祭也都于太常寺。

万历十四年，礼臣说：“近年来，皇贵妃册封，在奉先殿祭告，祝文、执事于禁以内，而祭品取于太常，事不一。

太常专门主祭祀，而光禄则主膳。

禁祭告，大取象于时、上的义理。

应当遵循旧有制度，凡是在内殿祭告，无论是皇帝亲自举行，还是派遣官员，祭品由光禄寺供应；只有告文执事人，皇帝亲自举行则要禁备办，派遣官员则暂用太常寺。”皇帝听从其议。

孝宗即位，追上母妃孝穆太后纪氏的谧号，在茂陵柑葬。

因不能在太庙中拊祭，就在奉先殿右边，另建奉慈殿来祭祀。