谈论张居正因父丧事而穿素服办公、不参加吉礼一事，编修吴中行、检讨赵三贤、员外郎艾穆、主事沈思孝等皆受杖刑，并分别被罢免和废黜，甚至遭到贬谪和戍边。二十四日，士邹元标被杖击，而将其戍边。十一月初一，朝廷以星位变化考察百官。当年，有琉球前来朝贡。

万历六年(1578)正月，朝廷征集民工修筑黄河缺堤岸。二月十七日，免除兖、青、登、莱所辖地区的拖欠赋税。十九日，册立王氏为皇后。三月初三，礼尚书自兼任文渊阁大学士，吏侍郎申时行兼任东阁大学士，参与机要事务。十三日，张居正因安葬父亲而还乡。

夏四月十四日，免除湖广、四川所欠的赋税。二十五日，朱翊钧诏谕每年增收金银二十万两。六月十五日，张居正回京师。

秋七月初六，吕调辞官。二十七日，朝廷诏谕江北各府百姓，十五岁以上而无田者，官府供给其一和五十亩田，开垦三年后开始征收赋税。九月二十二日，又诏谕苏州诸府开垦荒田，六年之后起科。二十三日，中止行刑。

冬十月十四日，自死去。十一月十四日，祭祀天于南郊。这一年，有乌斯藏前来朝贡。

万历七年(1579)正月二十二日，朱翊钧下诏捣毁天下书院。二月十四日，派人分巡视边防。三月十九日，朝廷免除淮、扬拖欠赋税。

夏五月十九日，祭祀地于北郊。六月十七日，查两畿、山东、陕西等地勋官、皇戚的田赋。

秋七月初八，赈济苏、松灾，免除其税粮。十四日，京师发生地震。这一年，有乌斯藏前来朝贡。

万历八年(1580)二月初一，有日。十八日，耕謖田。二十八日，完成黄河决工程。三月十二日，侍奉两皇太后到天寿山谒陵，免除所过地方的田租。十五日，回。二十八日，赐予张懋修等人为士及第以及其他不同的。

夏闰四月二十二日，官军平定广西八寨贼寇。

冬十月初五，淘汰内外冗官。初九，赈济苏、松、常、镇饥荒。十一月初十，下诏丈量百姓田地。这年，有琉球前来朝贡。

万历九年(1581)正月初五，诏令边臣备警。初六，裁减诸司冗员。初八，土蛮犯锦州，游击周之望败死。十四日，朱翊钧诏命翰林官每天四人阁供职。十六日，裁减南京冗官。十九日，辽东总兵官李成梁在袄郎兔击败土蛮。三月初三，隆重检阅军队。当月，土蛮犯辽，副总兵曹。。领兵抵抗，战败。

夏四月初四，赈济山西发生灾害的州县。二十二日，赈济苏、松、淮、凤、徐、宿灾害。呈上《万历会计录》。

秋八月十六日，扬州发大。九月二十六日，中止行刑。

冬十月初八，土蛮犯广宁、义州，李成梁将其击退。十一月二十六日，赈济真定、顺德、广平灾害，免除税粮。当年，裁减各省冗官，查徭役赋税，淘汰诸司冒滥冗费。有琉球、安南、土鲁番、天方、撒儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏前来朝贡。

万历十年(1582)二月初四，顺义王俺答死去。初八，免去天下历年拖欠的赋税。三月初二，杭州发生兵变，巡抚吴善言被抓。初九，兵侍郎张佳胤巡抚浙江讨伐叛军，继而予以平定。十八日，泰宁卫长速把亥犯义州，李成梁将其击败。二十一日，倭寇侵犯温州。

夏四月初一，朱翊钧告谕礼，要倡导百姓及时耕农桑，不要游手好闲。初七，宁夏土军景杀害参将许汝继，巡抚都御史晋应槐领兵对其讨伐并诛杀了他。十三日，由于久旱不雨，命令百官修反省。五月初三，或多或少地免除了先师孔和宋儒朱熹、李侗、罗从彦、蔡沈、胡安国、游酢、真德秀、刘。。、已故大学士杨荣等人后裔的赋税徭役。二十三日，赈济京畿饥荒。六月初一，有日。十六日，赈济太原、平、潞安饥荒。十九日，前礼尚书潘晟兼任武英殿大学士，吏侍郎余有丁担任礼尚书兼文渊阁大学士，参与机要事务。不久，潘晟又被罢免。二十日，张居正死去。

秋七月十五日，赈济平、庆、延、临、巩饥荒。九月初一，朱翊钧因得皇长而颁诏大赦天下。初九，上两皇太后徽号。

冬十月十二日，苏、松发大，朝廷采取了免赋和赈济的措施。十二月八日，太监冯保被贬为奉御，全家削去官籍。十八日，恢复建言诸臣职务。当年，又免除京畿内、山西受灾害之地的税粮。哈密、乌斯藏曾来京朝贡。

万历十一年(1583)正月初八，命令严加防范边疆。闰二月十一日，俺答之乞庆哈世袭顺义王封号。缅甸侵犯永昌。十二日，朱翊钧到天寿山谒九陵，免除路过之地的田租。十七日，又到西山谒恭让章皇后、景皇帝之陵。十八日回。乙酉日，赈济临、巩、平、延、庆五府旱灾，免除其田租。三月初二追削张居正的官级。十八日，赐予朱国祚等人为士及第和其他不同的。

夏四月初六，张四维因父丧离职。初八，吏侍郎许国担任礼尚书兼东阁大学士，参与机要事务。二十三日，承天普降大雨，长江势泛滥。同月，广东罗定发生兵变。五月，大清太祖皇帝起兵征伐尼堪外兰，攻克图城。六月十五日，赈济承天、汉、郧、襄灾害。

秋八月初七，免除山西受灾地区的税粮。九月初六日，朱翊钧到天寿山拜谒祖陵，十一日回。

冬十月十五日，中止行刑。二十三日，河南发生灾，分别予以免租和赈济。十一月初一，有日。十二月二十二日，慈庆受灾，诏谕修反省。当年，有琉球前来朝贡。

万历十二年(1584)二月二十日，京师地震。二十二日，释放建文诸臣外亲遭贬及戍边者的后裔。三月二十二日，减少江西瓷的烧造。