柳、平乐，广东琼山等十二县饥荒。山西始闹盗贼。

秋七月初十，赈济江西灾害。十五日，朱翊钧诏令、兵二安抚灾民，严格保甲制度。当月，淇县贼人王安聚众打劫，被剿平。九月初一，王家屏因父丧去职。二十四日，中止行刑。二十八日，朝廷下发帑并派官吏赈济河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾害。

冬十月初五，礼主事卢洪上疏奏请谨慎对待弊端，被施杖刑后削去官籍。十一月十三日，在京城南郊祭祀上天。这一年，有土鲁番前来朝贡。

万历十五年(1587)正月初三，分发国库所藏的金帛以赈济山西、陕西、河南、山东各地宗室。三月二十六日，乞庆哈之扯力克世袭顺义王之封号。

夏四月，京师大旱，瘟疫行。六月初十，禁令廷臣奢侈。当月，京师连降大雨，朝廷赈济抚恤贫民百姓。

秋七月，江北发生蝗灾，江南发生灾，山西、陕西、河南、山东又发生旱灾，黄河也在开封决，朝廷分别给予减免赋税和赈济。八月初三，朱翊钧以频繁发生灾害为由，命各抚、官员力惩贪官，清理冤案，减免赋税，赈济抚恤百姓。九月初一，应有日，但因云遮掩而不能看见。初三，中止行刑。

冬十月初五，大学士申时行奏请皇帝批示转发留在禁中的各奏章。十一月初三，郧发生士卒喧，巡抚都御史李材被撤职。这一年，有哈密、琉球、乌斯藏前来朝贡。

万历十六年(1588)三月初十，朱翊钧下诏修改《景皇帝实录》，删去成阝戾王之封号，后来没有实行。山西、陕西、河南及南畿、浙江同时发生饥荒和瘟疫。

夏四月，赈济江北、大名、开封各府饥荒。五月，四川建昌番作，被讨伐平定。二十三日，朱翊钧以仓储军械被焚和各省灾伤为由，命内外官员修反省。六月初八，京师发生地震。十二日，因灾害而停止和减少苏、杭织造。

秋七月初四，免除山东受灾之地的夏粮赋税。十九日，制订考察边疆官员政绩的方法。八月十四日，朱翊钧诏令从太仓取银二十万两充作阅陵的犒赏费用。九月初九，中止行刑。初十，朱翊钧到天寿山视察寿。十四日，在石景山停留观看浑河。十五日回。二十日，甘肃发生兵变，巡抚都御史曹登被罢免。当月，青海长他不犯西宁，杀害其副将李魁。冬十一月十二日，禁止空泛、冗长之奏章。这一年有乌斯藏前来朝贡。

万历十七年(1589)正月初一，有日。初九，太湖、宿、松一带有刘汝国等贼寇作，安庆指挥陈越率兵讨伐，战死。二月十九日，吴松指挥陈懋功讨伐并平定贼。三月初九，被罢免和升迁的官员上朝面谢。从此以后皇帝临御逐渐减少。十六日，云南永昌发生兵变。十八日，赐焦。。等人以士及第和其他不同。

夏四月二十三日，王家屏重新阁。始兴妖僧李圆朗作，犯南雄，被有司率兵讨伐并斩死。六月初九，浙江发生风灾，海泛滥。十四日，永昌叛军被平定。三十日，南畿、浙江大旱，太湖涸，拨国库银四十万两予以赈济。

秋八月二十七日，严申匿名揭发禁令。

冬十月初九，中止行刑。二十九日，完成黄河决筑堤工程。十二月十六日，朱翊钧告诫各位官员遇事不要争好胜。这一年，安南、乌斯藏曾来贡。

万历十八年(1590)正月初一，朱翊钧召见大学士申时行等人于毓德，并引皇长前来相见。

夏四月十三日，赈济湖广饥荒。六月初九，免京畿受灾地区的夏粮赋税。十四日，青海长火落赤犯洮州，副总兵李联芳战败死去。十五日，更改宗藩先例，对无封爵者听其自便。

秋七月初一，有日。二十六日，朱翊钧召见内阁大臣商议边防大事，同时要他们举荐将材。三十日，兵尚书郑雒经略陕西四镇及山西、宣、大边务。当月，火落赤再次犯河州、临洮，总兵官刘承嗣战败。八月初四，停止扯力克互市及对其的赏赐。

冬十月初十，赈济临洮遭受战的军队和百姓。十二月十六日，朱翊钧派遣朝廷大臣九人视察边防。这一年有安南前来朝贡。

万历十九年(1591)正月，缅甸攻占永昌、腾越。二月十八日，总兵官尤继先在莽剌川打败火落赤余众。闰三月十二日，朱翊钧以现彗星为由，命群臣修反省。十四日，责备给事中、御史擅讥讽皇帝之言，罚减其官俸一年。

夏四月初一，祭祀太庙。此后，庙中祭祀都遣人代替。五月十八日，四川四哨番作，巡抚都御史李尚思讨伐平定叛。六月十九日，王锡爵归乡探亲。

秋七月二十日，朱翊钧告诫廷臣：因国事纷纭，使得大臣争相请求辞官还乡，以后有肆行诬蔑的人要从重治罪。八月初五，免除河南受灾地方的田租。九月初十，许国辞官。十二日，申时行辞官。十五日，吏侍郎赵志皋担任礼尚书，原礼侍郎张位担任吏侍郎，一同兼任东阁大学士，参与机要事务。

冬十月初一，京营军官在长安门哗变。十二月初二，下诏规定戚臣庄田数目。二十一日，河敌犯榆林、延绥，总兵官杜桐将其击败。这一年，京师发生蝗灾，南畿、浙江发生灾，朝廷分别予以赈济和减免赋税。同年，琉球前来朝贡。

万历二十年(1592)正月二十六日，给事中孟养浩建议立太，被施杖刑于阙下，并被削除官籍。三月初八，宁夏已辞官的副总兵孛拜杀害巡抚都御史党馨、副使石继芳，占据城池反叛。十一日，王家屏辞官。十二日，总督军务的兵尚书魏学曾领兵讨伐宁夏叛贼。十八日，朱翊钧赐予翁正等人以士及第及其他不同的。

夏四月十五日，总兵官李如松提督陕西讨贼军务。二十六日，甘肃巡抚都御史叶梦熊率兵会同魏学曾讨贼。扯力克擒住贼首，开关献俘，于是朝廷返还其两年互市赏赐。五月，倭寇犯朝鲜，攻陷王京，朝鲜王李日公逃往义州求救。六月十九日，各路兵军到宁夏，贼寇引诱河犯，被官军击退。