月，日本领事小田切奉其政府命诣张之：一，告阻止俄约情形；二，劝中国收买洋药；三，劝江、鄂会奏改东三省官制章程；四，与中国商人合开银行；五，与招商局合办推广江海船。既又谈商约三条：一曰使不原加税，日本意与同；二曰长沙、常德开岸；三曰米穀洋。张之分别答辨，并将所言致书商约大臣吕海寰等议。未几，日本商税使日置益、小田切又送新约十款，大抵皆税、免釐、行、开埠、居住、合等特殊利益。时方议英约，中国只于英约已允者照办，未允者不允。屡议不行。九月，改派伍廷芳充商约大臣，并派袁世凯会议。日本于加税免釐，仍不允如英约加至十二五，仅允值百十，并将由日本运中国之煤炭、棉纱及一切棉货概不加税，尤与英约相背。中国不允。惟第三款川江设施拖揽，第四款内港行及修补章程，第七款中、日商民合经营，第八款保护商牌，第九款改定国币，均为英约所有，允之。又于商牌款内议增保护版权一事，内港行款后议增照会声明，往来东三省船亦系照内港章程办理，不能駮拒。此外第五款索开各岸，第六款岸城镇任便居住，第九款第二节釐饬度量权衡，第十款请运米穀，均駮拒不允。日使内田康哉赴晤商，又提北京开埠、加税免釐、米穀三条，在京与张之议，馀仍归沪定。时之在京，外务答以不能两分议，遂暂停。

十月，汉因议给比利时界增日本租界。初，日本索租界三百方丈，止允给一百方丈，留二百方丈备中国公司之用。当时日使言明，日界外地如别有馀地让给他国，日本仍须照原议添索二百方丈。兹议给比界中仅馀地约三百丈，拟添给日本租界一百五十丈，仍画留约一百五十丈立作华业公司地界，以备中国官商自用。日本犹争不许。日本议设两湖船公司，华洋合，不果。是月，撤驻氵扈日兵。

寻复议约。日使内田康哉与张之在京会议，研商数月，始渐就绪。即致总署，谓我所索允者三事：一，照各国一律加税；一，查禁违碍书报；一，中国人民在日本者，极力优待。駮辩删去者三事：一，请运米穀；一，岸城镇任便居住；一，常德府等九岸。以要索为抵制者一事：各国护路护馆兵队全撤后，北京方能开埠。因有益于中国商民，可除积弊，而许其约者，度量权衡一款；照沪议原文增改字句者，改定国币一款，内港行一款，川江设施拖揽一款；因英已有而许其约定议者，长沙通商一款。馀皆仍照沪议原文。又致外务及吕海寰等，谓日约东三省开埠，言明悉照约文法，惟安东县改大东沟，缘大东沟系日本原议所索。嗣增索安东县，再三商駮，内田始允仍将安东县删去。遂定议，于二十九年八月十八日在沪画押，是为日本商约。是年与日使议索还前借汉大阪，仍未还。又盛宣怀与日本立汉冶矿石借款合同，数三百万元，息六釐，预定三十年还清，不还现银，以矿价扣还。

三十年，日商三井在汉厂购生铁一万六千顿，值日俄战起，中国虑于局外中立有碍，拟阻止。会日本领事永泷来函，谓订运生铁，不在战时禁货之列，日使亦来函声明，作为商工制造之用，不得以禁货论，遂许运。三十一年，日战胜俄，两国议和，政府令外务照会日、俄，谓关涉中国之事，若中国不与闻者，中国将来断不承认。是年十一月二十六日，外务庆亲王奕劻与日本大使小村寿太郎、公使内田康哉订新约。正约三款：一，凡俄国允让之利益，中政府悉承诺之；二，凡中、俄所订借地造路等项，日本悉照约履行；三，此约签字即便施行。附约十二款：一，中国将东三省自行开辟商埠；二、三，撤兵事宜；四，日本允将所占公私产业，在撤兵前后还；六、七、八，安奉、南满铁建筑事宜；九，另订奉天日本租界办法；十，鸭绿江右岸设中日木植公司；十一、十二，中、日彼此以最优国相待遇。

三十二年，日人设立南满洲铁株式会社，并于关东州置都督府，另设领事五人，总领事驻奉天。安奉铁外有间岛领土权，抚顺炭坑、新法铁、营支线、新奉、吉长两铁借款诸事，经东三省总督赵尔巽、徐世昌及外务尚书袁世凯先后与日使争议，久不决。

三十三年三月，外务大臣那桐与日本驻京公使林权助订中日新奉吉长铁路协约七条：一、二，中国以日金一百六十六万元收买日本所已造之新奉铁路，其续造辽河以东一段及自造吉长铁路需款，均向南满洲公司筹借半款。三，除还清期限外，均照山海关内外铁路借款合同办理。其主要事务，又开列六条：甲，借款还清期限，辽河以东十六年，吉长二十五年，限前不得还清；乙，借款以铁路产业及款作保，未还清以前，不得以此作他项借款之抵保，中国自行筹款建筑他路，与南满洲公司无涉；丙，借款本息，由中国政府作保，到期约，应由政府代还，或将产业公司暂；丁，在借款期内，总工程师应用日本人，并添派铁路日帐房一员；戊，如遇军务、赈务，政府在各路运送兵，均不给价；己，各路款，应存日本国银行。四，与南满洲铁路公司订立关于辽河以东之借款合同，及吉长铁路借款合同。五，中国奉新、吉长铁路，均应与南满洲铁路联络，派员会订章程。六，借款实收价值，照中国最近与他国借款酌定。此约结后，日人又要求吉长铁路延长至延吉？南境，以与韩国会宁铁相联，且照吉长铁例，于南满铁会社借资本之半数筑之。政府不允，遂成悬案。