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从中、日派兵开始时的若迹象，显示情势非比寻常。

首先，中国兵照会，以应朝鲜政府请求“保护属”为名，日本立即提抗议，认为日本从未承认朝鲜为中国属。中国要求日本为保护使馆商民不必多派军队，不可朝鲜内地。日本即蛮横地宣称：日本派遣军队数量及行动，帝国政府自行决定，不受他国掣肘。态度十分。

再者，中国派兵仅2500人，驻扎在牙山，而日本派5000余人，其后陆续增兵达万余人，分日军直赴朝鲜的首都汉城，分踞要害。同时，日本军舰八艘驻泊仁川。显然，为保护使馆及商民，完全没有动员如此大军事力量的必要。

这时候闵氏政府见中日军队云集，颇存戒惧，希望双方撤兵。而袁世凯也看日军来势汹汹，情势不妙，便极力促朝鲜政府设法阻止日本来汉城，并拟请驻朝各国使领面涉，均无效果。袁世凯只有与日使大鸟圭介直接行谈判，双方约定之后均不再添兵。大鸟同意不再添兵，是日本外上的策略，作为缓兵之计，以便在军事上从容署。但是袁世凯和李鸿章却借不疑，生了停止派兵的意思。

朝鲜政府请求撤兵的公函送抵李鸿章，李鸿章即电告叶志超，命令军队暂驻牙山，原定增队也接到命令停止发。

李鸿章的这个措施，既是对敌情错误判断，又表明他胆怯地企图避免中日纠纷。其结果使日本从一开始就在军事上占得了优势。日本外务大臣陆奥宗光的策略与李鸿章恰恰相反，在军事上一切皆先发制人，而且每一步都先于中国。日本军事先占一看，是此后外涉和战争中日本制胜的一个关键。

这时，东学党起义的状况也发生了变化。全州失守之后，招讨使洪启董奉闵氏政府之名，假惺惺地向农民军提“媾和”这一招本是怀柔之技，意图缓和局势，等待清兵帮助。

他劝诱，假若两军继续战，王朝发祥的历史圣地全州必将变成一片废墟。不但如此，趁我国内之机，清军已在牙山登陆，日军也将在仁川登陆。如此发展下去，外国军队势必要行涉，不仅东学军将遭受重大牺牲，而且国家也将陷更大的危机。因此，东学军如果撤全州，京师也要立即撤离全州附近，以免同室戈；而政府则设法促使外国撤回军队，并据东学军的要求，立即实行各项政治改革。

当时，全奉准等人在全州战斗结束后，原准备重新整顿农民军，同忠清一带的农民军会合，直取汉城。但是，在忠清一带对农民军有影响的东学教领导人崔海月一派，却极力反对农民战争的扩大发展。他们甚至向各地发通告，声称：全奉准为国家罪人，师门之逆贼。这就使全奉准领导的全罗东学军不得不暂时放弃北上。

全奉准等人也认为，清日两国军队以朝鲜的动为实，开朝鲜蹂躏践踏国土，是决不能容忍的。再则，他们也不能不考虑到，农民军在全州战斗中伤亡较大，加之农忙季节来临，多数农民归乡心切。在这形势下，全奉准等人只好暂时接受官方提的“媾和”要求，以便政府在农民军撤迟后，迫使外国军队立即撤离朝鲜，并照农民的要求改革弊政。

于是，全奉准等人被闵氏政府所欺骗，政府方面假惺惺的以农民军提的27条要求为蓝本，达成了所谓的《全州和约》。《和约》全文12条，其内容是：

一、涤东学人与政府间的宿嫌，协力庶政事；

二、查得贪官污吏之罪目，一一严惩事；

三、惩办残暴富豪辈事；

四、惩罚不良儒林两班事；

五、烧却婶文书事；

六、改善七班贱人待遇，脱去白丁上的平壤笠事；

七、许可青寡妇改嫁事；