立起自己的军队组织，建立了自己的政权机关——执纲所。

政府对此大为恐慌，重新组织东学军的讨伐军。招讨使洪启薰带领讨伐军，约一千名用国新式武武装起来，又经国教官训练的京师，也为随抵达全州。他们在得到人员和武的补充之后，在大炮火的掩护下，对全州城发起了多次攻。数日间，两军展开了激烈的攻守战，全州城变成了一片火海。但是，东学军在城内百姓的大力支持下，顽地守卫住了全州城，并且还多次冲城外行反击，每次都给京师以沉重的打击，致使讨伐军攻城的企图未能得逞。东学军方面也有很大的伤亡。

这时候，在麻浦别墅里过优闲日的大院君，听到东学党席卷全罗的消息，心中大为悦。因为东学党行动纲领中提的“排除闵氏势力，驱逐倭寇洋夷”的号，与自己平常的思想完全一致。大院君认为东学党起义是绝好的一次机会，立刻派心腹下去全州，劝说全奉准带着东学军攻打京城。但是，这来势汹汹的势力，在朝鲜当时复杂的国内、国际环境中，已超脱了大院君可以控制的范畴。东学军掀起的狂，将整个朝鲜卷了动的游涡之中。

继官军在长城战斗中惨透失败的凶讯之后，又传来了在全州失利的消息，加之各的农民起义象燎原之火燃遍全国，使闵氏政府大惊失。更为严重的是，由于全国通几乎完全断绝，而三南地区这个粮仓又陷动之中，致使汉城的粮源被切断了。

为了挽救这危在旦夕的时局，镇压农民起义，闵氏政府首先想到的就是偷偷地请求大清国军阀兵镇压农民起义军。为了赢得时间，一方面指使洪启熏同农民军暂时求得“媾和”另一方面封李元会为两湖巡边使，率领一千余名的京师开赴公州，以阻止农民军北上，并派严世永为三南廉察使南下，用自欺欺人的国王敕谕对农民军行劝诱。

从朝鲜民之初，中日两国就时刻注视着朝鲜局势，对朝鲜发生的任何事件都非常，而且彼此都增惕地提防看对方的行动。当金玉均被刺案发生时，传闻日本有派兵朝鲜的企图，李鸿章即电告袁世凯探查，袁回电认为日本没有积极行动的可能。他在东学党起义初期，即有意于自动的派兵助朝“剿”借以促中国的声威，同时为个人猎取功名权势。

李鸿章对于镇压东学党起义，维持受册封的李朝统治，是完全赞同的，这是清朝统治阶级的基本态度。但是李鸿章仍然有顾虑，怕中国兵助剿会引起国际纠纷，特别害怕日本乘机兵。因此他在东学党起义之初，并没有立即派兵的意思。但是东学党起义的声势大振，李鸿章改变了他的态度，同意兵。此时，李鸿章收到了袁世凯的电报。袁世凯在电报中说，朝鲜政府已向他请求派兵援助，而且自己在和日使馆的翻译官郑永谈话时，郑永表示，日本希望中国速派兵剿，日本必无他意。

其实这是日本驻朝代理公使杉村浚据日本政府的指示，派去探询中方态度的探。日本把东学党起义看成是侵略朝鲜千载难逢的机会，为了挑起侵略朝鲜的战争，而竭力怂恿清政府派兵朝镇压起义，以作为日本乘机兵朝鲜的实。

其后杉村浚还亲自去见袁世凯，行了类似的探询，袁世凯竟然信以为真，在给李鸿章的电报中说：日本只关心他在朝鲜经商的国民，除此之外好像并无居心。袁世凯这个错误的判断，加了李鸿章派兵的决心。

之后，李鸿章又亲自面晤了日本驻津领事荒木，荒木早和国内统一径，李鸿章对日本“必无他意”信以为真，遂决定同意派兵朝，帮助朝鲜政府镇压起义。