执已经肇始。但就在这前后，万历已经发现他想的事情统统不能到，于是他想励图治的念就一天天减退。随之而来的是臣下的奏疏中指斥他荒怠的字也越来越无忌讳。有一本奏折上说，如果皇帝不接受他的意见，天下臣民必将视之为无，而列祖列宗也必将痛哭于九泉。皇帝刚刚批示说此人语无次，应当降级外调，另一个人跟着奏上一本，内称皇上的未批不甚合适，那位谏的人乃是忠臣，不但不应降级，而且应当表扬奖励，以表现虚怀纳谏的人君风度。这“上下否隔”的情形既已开端，至1587年就更加恶化。

申时行是一个的人，他有窥测旁人心情的能力。他办事的原则基于对本朝政治制度的刻了解。在这特殊的制度之下，人君和人臣务必互相迁就互相让步。倘不如是，一方面持大义所在，丝毫不放松，则只有使对方采取消极态度。臣僚可以请求辞职，首先由个人“乞骸骨”而延及集，如果被革职，反倒被视为荣誉；皇帝不能让位推贤，他所能采取的方式是怠工，即不面主持礼仪，不见群臣。1587年，当首辅申时行还只是顾虑到有这可能时，万历的朝廷已经朝这个方向迈了。

在这一年还未到岁暮之际，皇帝所使用监视内外的秘密警察遭到了攻击。东厂直属于司礼监，下辖锦衣卫，其秘密情报为皇帝理政务所不可或缺。情报的内容非常广泛，包括市场上重要商品的价格、各个城门的人员和通工、北京市内火灾的情形等等，其中又万不可少的一分，乃是从各窃听得来的谈话。这情报机关在本朝已有两百年的历史，早已成了政治系中之一环。平心而论，在本朝历史上，万历皇帝不能算是过分地运用厂卫钳制臣燎的君主。然则对百官来说，特务机构总是无形的枷锁；政治上的迫害先不说，即使“家中米盐琐事，官中或传为笑谁”山也大大地损害了他们的自尊心。他们早想动手制裁厂卫而苦于没有找到恰当的机会。

其后冲突的导火线人意外。北京城在本朝为大兴、宛平两县所辑。是年任职的大兴县县令，因为一件小事责打了太常寺供奉祭祖的乐舞生，而乐舞生有其不可侵犯的地方，责打他们，也就是蔑视祭扫大典。因之这个大兴县令被发三法司审问。所谓三法司，即刑、都察院和大理寺三个官署混合组成的法，通常只受理复审。这次所以破例，是由于太常寺提了冒犯宗庙的重大罪状。文官们虽然觉得这罪状近于小题大，但如果经过三法司这一机构审问，事情可以早日了结。

事情又牵涉到了东厂。东厂下设镇抚司，凡属犯皇帝的案件和牵涉到官员们的刑事案件，这个镇抚司同样有讯问以至拷打之权。当得知三法司已经受理大兴县令这一案，他们表示不再争执审讯权，只要求派两名锦衣卫校尉席旁听，以便把经过情况向皇帝报告。

刑尚书李世达认为这一案件属于文官内的纠纷，用不着东厂锦衣卫的预。但是东厂提要派两个校尉参加旁听，他又没有严辞拒绝，而只是托辞推倭，说什么人犯未齐，尚未审问。及至开审问之日，这两个校尉则给维持秩序的文官所阻挡，不得内参与分听。

如是情状据实报告到皇帝跟前，致使龙颜大怒。万历对于大常寺和大兴县的冲突并无兴趣，他所以震怒，乃是文官们拒绝校尉旁听，明明是故意和他过不去，因之已不能对此表示沉默。于是他一面让宦官传圣旨向文渊阁提质问，一面声称他要把这一案件移东厂镇抚司审问。这时，首辅申时行又以和事佬的分现，劝说李世达向皇帝赔礼歉。李世达照此办理，皇帝因而得以保全面，取得了神胜利。可惜的是这神上的胜利维持的时间未免过短，几个月之后，文臣们又找到了理东厂宦官张鲸的差错，群起而攻之。

检举张鲸的奏章中指斥他与某些文官勾结，并且接受贿赂。其所列举的罪状看来都凿凿有据，只是当时勾结为，纳贿贪财的一段罪状也可以加之于许多级廷臣上，写奏呈的人似乎全米计及。张鲸事后慨，由于他的嘴说话太多，所以才招致了那么多的攻击，不能算是事无困。只是本的原因还是在于机构本，其职务与文臣的利害相违。万历一朝的冲突，文臣占优势，与天启朝厂卫跋扈、提骑气焰冲天的情形恰为尖刻的对照。

起初，万历皇帝还没有意识到事态的严重，他以为对张鲸作一番申斥就足以了事。廷臣见参劾无效，索一不二不休，准备参劾全的大学士。以造成张鲸不除、内阁也别想安生的舆论压力。由于群情鼎沸，万历只好承认失败，把张鲸免职。据当时接近皇帝的人透，这件事曾使皇帝大为伤心。但就在张鲸将去未去之时，尚有一个下级官员不知皇帝已经屈服，竟然又上了一个奏本，说张鲸如此难去，想必是皇帝陛下也接受了他的贿赂。这无礼的奚落使这位官员挨了六十廷杖，但是年轻的皇帝却为此而更加心灰意懒。他本来已经对早朝和经筵到极度厌倦，至此他拿定主意，今后再也不愿意公开接见这些不诚实的、是心非的臣僚了。他隐居在里，唯一能和他呼相通、忧患与共的就是贵妃郑氏。