首辅和万历在1590年历8月25日的谈话，是记录中的最后一次。表面上看来，师生君臣问的讨论似乎散漫无重，而实际上申时行以极为谦卑的语调，达到了当面禀奏的目的。磋商的结果，所有的总督巡抚都供职如故，没有人因为这次边境事而被撤职或受到其他罚，这表明皇帝对边区各地方官的信任并未动摇；同时与俺答所订立的和平条约至此已20年仍然有效，不因局冲突而废止。首辅又提，所有官军的防御不可松懈，并应对卜失兔和火落赤两特别戒备。再之则建议派遣一个重要的文臣去各边区协调全战略置。这次在御前的谈话既经送午门传抄公布，则中枢的决心已定，不容置像。因之磨拳掌的主战派乃不得不稍事收敛。

之天之后，原来掌京军训练、带有兵尚书衔的郑雅被派为北方各镇的经略。这时甘肃、青海边境的形势已经稳定，本朝的军队没有发动攻击，蒙古铁大举内犯的可能也没有成为现实。1591年初，郑雄乘卜失免企图与大落赤会合的时候，突然袭击其侧翼，截获了大批羊和其他给养，同时又照申时行“清野’的指示，让青海的很多回藏落他移，并把蒙古人所建造的喇嘛庙和最近运来的木材付之一炬。很多草地也以“烧荒”的方式加以破坏。格力克看到继续往西南移动没有前途，也就率领主力返回黄河东北。此后蒙古人还将与本朝的将士在各作小规模的锋，但是，合并长城以外各并征服回藏以构成一个游牧民族大集团的计划，就只能永远放弃了。

首辅申时行的执政纪录相当复杂。他对边境问题的理是否全合适，即令时至今日，也不是易于判断的。但是有一件事情总应该提到，就在这1587年即万历十五年，辽东巡抚注意到一个建州酋长正在逐渐开拓疆土，吞并附近的落。他觉察到养虎将要贻患，就派兵征讨，但是师不利。他认为失败的原因，在其下开原参政不照命令行事，而持其个人改剿为抚的主张。巡抚参劾这参政的奏折一到北京，被参者反而取得到了京中监察官的同情，他们又来参劾这位主剿的巡抚。申时行认为这完全是一件小事，不值得引起内外文官的不睦；所以他又以和事佬的份面调停，建议皇帝视双方的互相参劾业已彼此对消，也不再作是非可否的追究。于是这位酋长今后得以为所为，而且还能够继续利用本朝内外官员的不和来发展他自己的千秋大业，此是后情，也不在本书叙述范围之内。这位酋长并非别人，据当日记录称，他名叫努尔哈赤。若年之后，他的庙号则为清太祖。

很多历史学家没有提到申时行和持力克之间的这段纠葛，更想不到他和下一个王朝的创业人还有过这一段因缘。在历史学家看来，申时行一生官执政的最大功罪都应以万历年间的立储问题为始终。

多数文官对申时行不满。最初万历皇帝起下了废长立幼的念，就已经是不德不义了。申时行居首辅，他自应以去职力争，不得已就应当以生死力争。他是第一个可以在御前说话的人。如果采取了这样决的态度，即使因此而去职甚至牺牲，他的继任者也会不得不仿效他的法，加上廷臣的舆论又是如此一致，皇帝就会被迫接受公议，以后的僵局也就不会发生了。

作这样评论的人完全忽略了申时行的格和他的世方针。正由于态度温和，申时行才获得皇帝的信任并建立了亲切的关系。多年来，这位首辅正是巧妙地利用这关系，促使皇帝的一举一动接近于文官集团的期望。天既要使用他人间的绝对权威而又不能掺他个人的憎，这本来就不容易恰到好，而要申时行采取办法督促，事实上也是无法到的。

指斥申时行有意让皇帝拖延立储的说法是毫无据的。官方记录所载，还在常询刚刚生的时候，他就曾呈请皇帝早立常治为太。在问题刚刚的时候就以明确的方式提了来，见微而知著，不可以不谓为远见卓识。

立储问题会成为万历朝中的一大难关，申时行在受命册封郑氏为皇贵妃的时候可能就有所预。他当时位居文臣之首，这隆重的册封仪式自然需要他的参加和领导。他和定国公徐文堂在御前接受了象征权力的“节”在礼官乐师的簇拥之中向右顺门发。主的宦官在门恭迎。他们两人以在严稳重的态度把“货’、余印以及制册付给宦官，然后再由宦官捧中接与贵妃本人。这一安排等于宣告于全国臣民，封妃的典礼既由朝廷中最的文武官员主持，则被封的郑氏已非仅闺房之幸而实为国家机构中的一个正式成员。以对连带而及的则是皇贵妃的地位仅次于皇后而在其他妃嫔之上，那么来日她的儿常相可能继承皇位，就不能说是全在廷臣预闻之外了。

但是万历皇帝却决地否认这关系。他说册妃与立储是两不相的事。申时行在册妃之地曾奉万历之命，作诗歌咏其事。诗中有云：“汉殿俱矜，秦台早得他，今朝橄李赋，参和《小星》篇。”他天虽为天，仍不免有闺房儿女之情，因之万历提及他和郑贵妃的关系，申先生不置一辞。他还理解，皇帝仍然是一个有血有的“人”也有他理智和情的战。关于立储一事，申时行自始至终主张忍耐，等待万历改变主意，他的是上兼学生不是一个没有理智的人，假以时日，他自己必然会对这问题找到合理的解决，而施加压力则于事无补。