?刚刚晋升为陆军大佐的石原莞尔，一九三二年八月八日奉调回国，担任兵本厂厂附。一九三三年八月一日，石原莞尔转任第二师团步兵第四联队联队长。这时的石原莞尔抓住一切机会鼓他的“南”计划，还写了一篇《由军事上看皇国之国策及国防计划纲要》，提的侵略策略：“以迅速巧妙之手段使中国本归我支、以日、‘满’、华三国为基本范围实行自给经济”为“日大战”好准备。

?一九三五年八月一日，石原莞尔任参谋本作战课课长。任职期间，他不遗余力地制订策划日本侵略国策大纲，提了“扩充日满经济力量，加扶植‘满洲国’，增大陆兵力，建设无敌空军”的计划，为扩充日本侵略实力谋划策。

?一九三六年六月上旬，参谋本新设指导战争及判断战争形势为主要任务的作战课，石原莞尔担任该课课长。六月三十日，以石原莞尔为首，参谋本形成了一份《国防国策大纲》。七月，以此大纲为指导，他又主持制订了《战争准备计划方针》。八月，制订了《对苏战争指导计划大纲》。这一系列的作战大纲和计划，勾勒了日本侵略行动的“蓝图”?一九三七年三月一日，石原莞尔晋升为陆军少将。

?七七事变后，日本帝国主义发动全面侵华战争。一九三七年九月二十七日，石原莞尔被任命为关东军副参谋长，当时担任关东军参谋长的是东条英机。二人早有间隙，而且石原莞尔十分不情愿给资历相仿的东条英机副手，两人关系张。石原莞尔对东条英机经常冷嘲讽，多次当面称呼东条英机是“亲的傻瓜”心狭窄的东条英机当然采取各手段压制、打击石原莞尔。石原莞尔在关东军任职不到一年便待不下去了，只得称病回国。

?预备役时的石原莞尔一九三八年十二月五日，石原莞尔任日本舞鹤要司令官。一九三九年八月，调任驻守京都的陆军第十六师团师团长。在此期间，石原莞尔面组织了所谓的“东亚联盟运动”这个运动以日、“满”、华相互提携为幌，建立所谓的“三方提携”的东亚联盟。这个联盟自然以承认“满洲国”为前提，日本是东亚的保护者和指导者自然居于“盟主”地位。他的险恶用心明显就是要使日本控制中国，使中国彻底沦为日本的民地，对他个人利益而言，组织“东亚联盟运动”则可以为自己捞取政治资本，东山再起。不过，东条英机的排挤粉碎了他的迷梦。

?一九四零年七月，东条英机任近卫内阁陆相后，促使内阁于一九四一年一月宣布“东亚联盟运动”为非法组织。三月一日，东条英机以此为借解除了石原莞尔担任的第十六师团师团长职务。三月三十一日，石原莞尔被迫退现役，转预备役。

?被排挤军界的石原莞尔在立命馆大学担任国防研究所所长，专门讲授《国防论》，继续宣传他的侵略主张。东条英机除了因以前的过节，更重要的原因是，石原莞尔在国内大力反对迅速扩大战争，主张持久的战争计划，这与东条英机的图谋相左，所以东条英机不仅派宪兵跟踪监视石原莞尔，后来脆命令立命馆大学辞退了石原莞尔。石原莞尔迫不得已，只得于一九四二年九月返回鹤冈家乡闲居。