箭、投掷石，将刚刚越过尸的清兵杀死。双方的将士继续不断地倒下去，血顺着不平的山坡向下奔。又经过两天苦战，清兵才仗着人多夺取了关。

明军退守寨楼。清军也休息了一天，将疲惫不堪的将士撤下去，换上来生力军，然后开始第二阶段的攻。清军除主攻方向外，还派许多人通过密林和艰险的路从几个方面对九莲坪大寨作牵制的攻。大寨被攻破了，可是寨里边都有战斗，两万多明军，还有数千妇女老弱，很少有人投降。他们有的几百人一群，有的几十人一群，与清兵厮杀。也有的单个逃密林，或躲在石后面，向清军继续放箭、投掷石块。尽他们已饿得没有多少力气，但在死亡之前都战斗得十分凶猛。

最后有两支明军退到两个大院里，这两都有较固的围墙和大的房，战斗又行了一天多时间，两座宅院先后被清兵用炮火攻破了。宅院里的明军全战死，而清兵也死伤许多人，他们几乎不敢一个人走屋里去，害怕会从地上、从血泊中突然爬起来一个明军同他们厮杀。

当整个九莲坪大寨平定以后，清军检俘虏，才发现抓到的人很少，而且大多数是带重伤的人。他们又去寨外的树林中寻找，发现有许多妇女在树林里自缢死了。有一悬崖，从崖上下去自尽的妇女就有几十人。还有一些十来岁的男孩，也是战斗到最后，随着母亲、嫂一起下崖去。这不屈的神连清兵将士见了也不由得十分吃惊，心生敬佩。

当九莲坪被突破的时候，李来亨带着少数将士退上茅庐山。因为上山的路只有一条，十分艰险，退去的人多了，一则路没法走，二则山上的粮也维持不了几天。这情形将领们全都清楚。所以除李来亨本人和少数亲兵亲将外，大家都决心死在九莲坪寨中，并不向山上退去。清兵在九莲坪寨中没有找到李来亨，知他已经上了茅庐山。

在九莲坪休息了两天，清兵才开始向茅庐山攻。这次攻，参加的多是四川和本地调来的将士，惯于爬山。他们作了许多准备，随带着铁抓钧，可以抓在石和树上。抓钩上面系着绳，只要牢牢地抓绳，哪怕受了轻伤，也不会落下山去。他们还在膝盖上绑一块，上面有小的铁钉，这样可以跪着爬山。另外还专门制作了一登山的鞋，鞋掌上也有很小的铁钉。事前清军就知攻茅庐山不容易，所以这批将士是到登山时才动的，让他们在最后一仗中力。

明军方面对守茅庐山这最后阵地也了些准备。在山坡上战斗，不可能有密集的敌人，自己也没法密集在一起。基本上是人自为战，各人在最险峻的地方，找一个能够存之，阻挡敌人上山。唯一的山路并不难守，因为随时都可挖断。有许多地方，只要有一两个人防守，敌人就很难攻上来。为了守茅庐山，李来亨事先也了一些准备。他们制作了一批小弓小箭，箭只有普通箭一半那么长，箭带有毒药。他们还准备了许多弹弓，在短距离作战中，弹弓十分方便，而且上挂一个布袋，里面可装一二百泥。这些泥都是事先用粘土就，晒得绷，专门用来打面孔、打睛。打敌人的两手。有些士兵平时就用惯弹弓，二十步以内几乎是百发百中。还有一些士兵善于投石，二十步以内几乎也是百发百中。最后他们还准备了一些小型火，如鸟枪、短铳之类，里边装着铁砂，打去便是一片。

由于茅庐山的防守极其，清兵一连攻了五天，才逐渐接近山。可是清兵的死伤十分惨重。攻中，往往还没有看见明军，突然一块石飞来就被打落悬崖。有时是突然中箭。还有些时候是刚刚在一站稳，准备再往上爬，突然手上中了泥，手一松便跌落山下。有时个别清兵与守军碰到一起厮杀，不是清兵被杀死，便是清兵被守军抓住，一起下悬崖。所以尽明军人数很少，却使清军付了大代价，直到第五天黎明时候，才终于攻到山附近。

这时正值八月中旬，本来应是天朗气清的季节，可是这天天上云低沉，月无光。清兵找不到最后登山的地方，暂时停顿下来，明朝的将士也看不清敌人在哪里，双方就这样相持在离山不远的地方，等待着天明。

整个夜晚，李来亨和夫人都在寨墙上，他们已连着几天很少休息，至多在寨上靠着一块石——片刻。他们明白，如今要使茅庐山多守一些时日，多杀伤一些敌人，不能光靠力，因为将士已经十分疲累了，很衰弱。现在要靠他们同将士在一起，凭着一正气、一颗忠心，同敌人死战到底。所以他们都不愿回寨中去休息。李来亨曾多次劝夫人回去，可是她不肯。她知将士们看见她在寨上。纵然她不说话，他们也会勇气百倍。

这天早晨，趁着战事稍微沉寂，李来亨对夫人说：“，请你回慈庆一趟，孙儿有重要事向启禀。”