1945年10月至1948年他任南京中央大学校长期间，正是蒋介石疯狂发动内战、残酷镇压步学生运动的时候，吴有训对国民党反动派迫害青年的罪行义愤填鹰，行了决的抵制。当时反动特务和军警多次要求中央大学校园内搜捕步师生，吴有训斩钉截铁地回答反动当局，若让特务和军警中央大学捕人，他就决辞去校长职务。他们无可奈何地叫嚣，说中大校园是共产党的“租界”。19

47年，中央大学学生和全市学生掀起声势浩大的反饥饿、反内战的示威游行。在街遭到反动政府青年军的毒打，吴有训去医院探望受伤的学生，看到那些纯朴可的青年血骨折，他泪纵横，非常悲愤，从此便产生了离开中央大学的想法。

1947年夏天，他借去洲参加学术会议的机会终于离开了南京。

吴有训教授有烈的国主义思想，早在30年代，他就情支持青年的抗日救亡运动。1937年芦沟桥事变后，平津失陷，他毅然离别刚刚分娩的妻，和其他国师生一起奔赴长沙、昆明，在十分艰苦的条件下，建立了西南联大，在国难重的日里，持办教育、搞科研。

1962年至1963年间，中央派吴有训到苏联去，就继续科学家问题与苏联科学院谈判。正在苏联联合研究所工作的张文裕从杜布纳到莫斯科看望吴有训。

吴有训慨地对他说：“兄弟国家，兄弟国家，除了‘兄弟’还有国家呢，他有他更的利益。”这句话使他很，对他后来的外事往工作起了指导作用。张文裕在欧十六七年，再加上在苏联的这几年，在国外共20多年，到国家的重要，也到国家发展科学的重要。科学是没有国界的，但科学家是有国籍的，他们都要为自己的国家服务。这就时常提醒我们，在国际合作和技术中既要学习和充分利用国外的先技术，争取外援，又要持独立自主、自力更生的原则，维护我们国家的利益和尊严。

吴有训教授在国内外学术界有很的声誉。他多次代表我国对外签订各项科技协定，接待外国的科技代表团和科学家。他多次率领科技代表团国访问。他总是神抖擞，举止雍容，借各机会宣传新中国的各项成就；不卑不亢，落落大方地周旋在各国科学家之中，为整个中国代表团树立了良好的形象。

有远见卓识的组织领导者从1950年12月起，吴有训担任中国科学院副院长、数理化学主任。他在科学领导工作中，有魄力，有远见卓识。早在建国初期，他就提要及早在科学院建立计算机、半导、电学等新的研究所的倡议。后来这些研究所都逐渐建立起来了。

1958年4月19日，在我国海南岛可以观察到日环。吴副院长派天文台陈芳允、王绶绾等同志参加和苏联天文工作者共同组织的观测，利用这个机会，及时地为发展我国电天文事业打下了基础。

另一件事发生在1957年。吴副院长发现我国授时工作已经有一定基础，上海天文台发布的时号准确度相当。吴副院长当即组织了国家测量总局、上海天文台等有关单位参加的会议，号召破除迷信，大胆推广采用我国自己的授时信号（BPV时号）。

通过这次会议，使我国授时工作开始走上独立自主的路。

1959年吴副院长去上海检查各研究所的工作，当他得知，在“左”的思影响下，上海生化所的酶的研究被冲掉时，他再三表示惋惜。他说：“酶学是生化研究的中心课题，作为专门从事生化学研究的机构，怎么能排除酶的研究呢？”吴老的科学视野十分广阔，他历来既重视技术科学，也关心基础理论研究。

吴副院长亲自过问人工合成胰岛素的工作。1965年冬，吴副院长代表中国科学院到上海主持人工合成胰岛素的鉴定会。会上现一些分歧。所有到会的生化学家和药、药理学家都认为已确定无疑地合成了胰岛素，但是有一分化学家有不同的看法。吴副院长对抱怀疑态度的人，虚心登问求教，但也恰当地了一些说服工作。达成一致意见后，吴老有慨地说：“我们不少旧社会过来的科学工作者，崇洋的尾很不容易割掉啊！他们常常看不起自己的工作。”据合成产的晶形状、生活和指纹图谱，吴老认为完全可以理直气壮地向全世界宣布，中国人已合成了胰岛素！