主要集中在长州、萨、土佐、前等西南藩。这些藩国在历史上与幕府矛盾较，接受海外影响较早，输近代科学技术和擢中下级武士都比较积极。

幕府末期，在经济中产生资本主义萌芽的同时，现了所谓豪农豪商阶层。下级武士中的革新势力和豪农豪商的志士，联合与幕府有矛盾的西南藩和皇室公卿等，在尊王攘夷的号下，展开了要求改革幕政、抵御外侮的斗争，并在人民群众推动下，发展为武装倒幕。

1863年6月，幕府被迫宣布攘夷，随之发生了、法军舰攻下关，英国舰队攻萨藩的事件。1865年，长州藩尊王攘夷派领袖杉晋作提开港讨幕的战略，决定不再提攘夷，转向武装倒幕，并与萨藩结成秘密军事同盟。与此同时，英国也权衡利害，改变策略，援助倒幕派。幕府方面则投靠法国，于第二次征讨长州藩的战争。此时人民起义风起云涌，沉重打击幕府。长州藩联合倒幕势力英勇抗击，同年9月迫使幕府撤军。

1867年孝明天皇死，太睦仁亲王即位，倒幕势力积极结盟举兵。11月8日，天皇下达讨幕密敕。9日幕府将军德川庆喜奏请“奉还大政”同时却在大阪集结兵，企图反叛。1868年1月3日，天皇发布《王政复古大号令》，废除幕府，令德川庆喜“辞官纳地”8日及10日，德川庆喜在大阪宣布“王政复古大号令”为非法。1月27日，以萨、长两藩为主力的天皇军5000人，在京都附近与幕府军1。5万人激战，德川庆喜败走江。戊辰战争由此开始。天皇军大举东征，迫使德川庆喜于1868年5月3日江城，至11月初平定东北地区叛诸藩。1869年，天皇军征北海，于6月27日攻下幕府残余势力盘踞的最后据五畯廓，戊辰战争结束。

以天皇为首的新政府，于1868年4月6日发布有政治纲领的《五条誓文》，6月11日公布《政书》。9月3日天皇下诏将江改称东京。10月23日改年号为明治。1869年5月9日迁都东京。并颁布一系列改革措施：。

1869年6月，明治政府制实行“版籍奉还”、“废藩置县”政策，将日本划分为3府72县，建立中央集权式的政治制。

改革份制度，废除传统时代的“士、农、工、商”份制度，将过去的公卿诸侯等贵族改称为“华族”大名以下的武士改为“士族”；为减轻因“版籍奉还”而连带的财政负担，逐步废除封建俸禄；此外亦颁布武士《废刀令》，以及建立籍制度基础的《籍法》。

社会文化方面，提倡学习西方社会文化及习惯，翻译西方著作。历制上则停用历，改用太历计日。

引西方近代工业技术；改革土地制度，废除原有土地政策，许可土地买卖，实施新的地税政策；废除各藩设立的关卡；统一货币，并于1882年设立日本银行；撤消工商业界的行会制度和垄断组织，推动工商业的发展。

教育方面，发展近代义务教育，将全国划分为8个大学区，各设1所大学，下设32个中学区，各有1间中学，每1中学区下设210小学区，每一所小学区设8所小学，总计全国有8所公立大学，245所中学，53760所小学。教育机关颁布《考育敕语》，输考、忠君国等思想（有人认为此举用意在于化最权力集中式的社会系，为日后的对外扩张铺路）。此外亦选派留学生到英、、法、德等先国家留学。

军事方面，改革军队编制，陆军参考德国训练，海军参考英国海军编制；并于1872年颁布征兵令，凡年龄达20岁以上的成年男一律须服兵役。一般服役3年，及预备役2年，后来一般役及预备役分别增至3年及9年，总计12年。1873年时，作战队动员可达40万人。此外明治政府亦发展国营军火工业；到了明治时代中、后期，军事预算急剧增加，约占政府经费的30%～45%，实行军国主义，武士神。