想看看李膺是怎样一个人，有意去李膺家敲门，对门者说“：我是李君通家弟。”守门的人告诉李膺，李膺请孔相见。问：“明祖父曾经与我有情吗？”孔说：“是的。先人孔与您先人李老君同德同义，又为师友关系。那么，我孔与您为累世通家。”在坐的人，无不为之赞叹。太中大夫陈炜后到，在坐的人把这告诉了陈炜。陈炜说“：噢，人小的时候聪明，长大了未必有大用。”孔接着他的话说“：照您这么说，莫非您小时也聪明的吗？”李膺大笑说：“你将来一定会大有息的。”孔十三岁时，死了父亲，悲痛过度，要人扶了才能站起来，州里称赞他的孝行。天好学习，博览群书。山张俭为中常侍侯览所恨，侯览隐匿告人姓名把奏章下达州郡，捉拿张俭。张俭与孔的哥哥孔褒是朋友，逃到孔褒家中，孔褒不在。

这时孔十六岁，张俭认为孔年轻，没有告诉他。孔看见张俭窘迫的样，对张俭说：“哥哥虽然在外未归，我难不能为您的东主吗？”因此留张俭住在他家。后来事情漏去，国相以下，秘密捕捉，张俭得以跑掉。于是逮捕孔褒、孔送监狱。不知他们二个人是谁获罪。孔说“：收容隐藏张俭的是我，有罪归我。”孔褒说“：张俭来找我，不是弟弟的罪过，罪在我，心甘情愿。”吏问他们的母亲，母亲说：“长者担任家事，罪责在我。”一门争死，郡县疑不能决断，于是向朝廷请示。诏书最后定了孔褒的罪。孔因此著名，与平原陶丘洪、陈留边让齐名，州郡以礼任命，都不就。征召司徒杨赐府。当时暗暗地察访官僚中的贪污分，准备予以贬谪罢免，孔检举多为宦官的亲族。尚书害怕得罪皇帝的信，召属官诘问斥责，孔陈述他们的罪恶，毫不隐讳。河南尹何当升为大将军，杨赐派孔拿着名片去祝贺何，没有及时通报，孔就把谒夺回归府，引罪自责回去了。河南尹官属认为丢了面，私派剑客想追杀孔，有客对何说：“孔文举有重名，将军如与他结怨，四方之士就会相率而去了。不如以礼待他，使天下人都知将军怀广大。”何以为对，任命为大将军之后，征孔，举第，为侍御史。因为与中丞赵舍不和，托病归家。后来被征为司空掾，授中军候。在职三天，升虎贲中郎将。

遇董卓废少帝立献帝，孔每因回答所问常有纠正他不对的地方，因此犯了董卓的意旨，调任议郎。当时黄巾侵犯好几个州，北海最为贼冲击的地方。董卓于是示意三府同举孔北海相。孔到郡，召集士民，起兵讲武，既下檄文，又亲写书札，与州郡通声气，共同谋划。贼张饶等二十万众从冀州返，孔迎战，被张饶打败。于是收集散兵保卫朱虚县。又慢慢集结官吏百姓被黄巾所误的男女四万多人，再设置城邑，立学校，表扬儒术，推荐贤良郑玄、彭趚、邴原等人。郡人甄然，临孝存，有名气，死得早，孔以没有见到为遗憾。命县社。其余虽然只有一微小的善行，也没有不以礼对待的。

郡人无后代及四方游士有死亡的，都棺材埋葬。这时，黄巾又来侵扰，孔于是驻都昌县，被贼亥所围。孔非常危险，派东莱太史慈求救于平原相刘备。刘备惊奇地说：“孔北海竟知天下还有个刘备呢。”上派兵三千救援他，贼因散逃走了。当时，袁绍、曹势力很盛，孔不对谁依附。左丞祖富有谋略，劝孔与曹、袁绍相结纳。孔知袁绍、曹最终企图篡夺汉世，不想与他们搞在一块儿，一怒之下把左丞祖杀了。孔自己以为有尚的意气，立志平定国家的危难，因为才疏阔，思想空乏，所以竟无成功。在郡六年，刘备上表荐他兼任青州刺史。

建安元年(196)，被袁谭攻击，自至夏，战士仅仅剩下几百人，矢像雨一样来，城内已经短兵相接。孔凭几读书，谈笑自若。晚上城陷，逃奔山东，妻被袁谭所掳。到了献帝以许昌为都，征召孔为将作大匠，升少府。每朝会皇上访问召对，孔常引正定议，公卿大夫都不过挂个名而已。以前，太傅日石单奉使山东，及至淮南，多次对袁术不满，袁术轻视他，侮辱他，夺了他的符节。日石单自己忧愤已极，呕血而死。日石单的丧还京师，朝廷想加礼葬，孔独说：“日石单凭上公的尊贵份，持天的髦节，奉命直接理地方事务，安宁东夏，竟然取媚臣，被他所指使，所上章表署名补用，日石单都是第一个。依附下级，欺骗朝廷，诈事君。从前国佐敌晋军，不为所折服，宜僚当着白晃晃的刀而不变。朝廷大臣难可以受威胁为借吗？又袁术越分叛逆，不是一朝一夕，与日石单随从，周旋历岁。《汉律》：与罪人往来三天以上，都应该知其情况。《秋》：鲁叔孙得臣死了，为了不张扬襄仲的罪贬，不写日。郑讨伐幽公，砍薄家的棺材，因为他杀君的缘故。皇上可怜旧臣，不忍追相案罪，这是很宽大了，不宜加礼。”朝廷采纳了他的意见。当时的舆论大都想恢复刑。孔建议说“：古时候的人浑厚朴实，善恶不别，官吏正直，刑法清明，政治没有错误。老百姓有罪，都是自己的责任。末世衰微，风气教化坏，政治搅了风俗，国家的法律害了人民。所以说君主失为君主的，老百姓就涣散不服，而想用古时候的刑法残废他们的肢，这不是除恶长善的办法。