到光武北上而河内势孤，就使讨难将军苏茂、副将贾率兵三万多人，渡过巩河向温攻。檄书到，寇恂即率军奔，并转告各属县，发兵会师于温下。军吏们都劝谏说：“现在洛兵渡河，前后不绝，应等到各兵集齐后，才可以击。”寇恂说：“温，是郡的藩篱屏蔽，如温失守，则郡就不可守住。”于是驰赴到温。天明时合战，而偏将军冯异派遣救兵以及各属县兵恰好都到了，兵四集，幡旗蔽野。寇恂于是命令士卒乘城击鼓呼叫，大呼：“刘公兵到！”苏茂军听到，阵角松动，寇恂率军冲击，大破苏茂军，追到洛，斩了贾。

苏茂兵士自己投黄河而死的达数千，活捉万余人。寇恂与冯异过黄河而回。自此洛震动恐惧，白天都闭城门。这时光武传闻朱鲔破了河内，没多久寇恂的檄书到了，光武大喜说“：我知寇翼是可以胜任的哩！”诸将军庆贺，因而为光武呈上尊号，光武于是即帝位。当时军粮急缺，寇恂以人力车车转运军粮，前后不绝，尚书仅以升斗之粮以禀百官。

光武帝几次以简策书牍劳寇恂，同门生茂陵人董崇对寇恂说：“皇上新即位，四方尚未平定，而君侯在这个时候占据着大郡，内得人心，外破苏茂，威震邻敌，功名显赫，这是谗之徒侧目窥视产生怨祸的时候哩！以前萧何守关中，明悟采纳了鲍生的建议而祖大喜。现在你率领的，都是刘氏宗族昆弟，只怕是要以前人为鉴戒哩！”寇恂以为然，假称有病不视事。

帝将攻洛，先到河内，寇恂请求从军。帝说“：河内不可离开你哩！”几次决要求，帝不听，于是派遣兄的儿寇张、的儿谷崇率领突击队愿为军先锋。帝称赞，都以为偏将军。

建武二年(26)，寇恂由于牵涉到考查上书的案而被免职。这时颍川人严终、赵敦聚合众万余人，与密人贾期连兵为盗寇。寇恂免官数月，又被拜为颍川太守，与破将军侯共同攻击。数月，斩贾期首，颍川郡全平定。封寇恂雍侯，邑万。执金吾贾复在汝南，他的将在颍川杀了人，寇恂将他逮捕狱。当时法制草创，军营犯了法，多半是宽恕容忍，而寇恂却将他斩首于市。贾复以此为羞耻叹息。他回来路过颍川，对左右说：“我与寇恂并列将帅，现在被他所陷害，大丈夫岂有蒙受侵怨而不决斗的？今见寇恂，我必亲手杀了他！”寇恂知他的计谋，不想与他相见。谷崇说：“我是将军，可带剑在侧侍候，突然有变，可以抵挡得住。”寇恂说“：不然。以前蔺相如不害怕秦王而屈让廉颇，是为了国家哩！区区赵国，尚且有这义举，我难可以忘记吗？”于是命令各属县大张供，储足酒醪，执金吾军队界，每人都可以得到两个人的酒。寇恂于是迎于，然后假称有病而回。贾复想率兵追赶，而官吏兵卒们都喝醉了，于是过去。寇恂派谷崇向帝说明情况，帝于是召见寇恂。寇恂到洛被引见帝，当时贾复先在座，准备起回避。帝说：“天下还没有平定，两虎怎能够私斗呢？今天我为你们和解。”于是共坐在一起，极为快，就共乘车城，结成好友而别。寇恂回到颍川。

建武三年(27)，帝遣使者就拜寇恂为汝南太守，又使骠骑将军杜茂率兵助寇恂讨伐盗贼。盗贼被肃清，郡中安静无事。寇恂向来好学，于是修建乡校，教学生徒弟，聘请能讲授《左氏秋》的人，他自己也亲听老师讲学。

建武七年(31)，代朱浮为执金吾。第二年，跟随光武击隗嚣，而颍川盗贼群起，帝于是引军退还，对寇恂说“：颍川迫近京师，当早日平定。想起来只有你能平定群贼哩，从九卿的位上复，以忧虑国家着想好了。”寇恂回答说“：颍川剽悍轻捷，听说陛下远征险阻，去对付陇、蜀，所以狂悖狡猾之徒乘机作罢了。如果听说陛下南向，盗贼们必定惶惧归降。我愿率锐以为前驱。”即日车驾南征，寇恂跟从到颍川，盗贼全归降，而竟没有拜他为郡守。百姓群集夹而说“：希望从陛下那儿再借寇君一年。”于是把寇恂留在长社，以镇抚官吏人民，接受其余的归降者。起初，隗嚣将安定人峻，拥兵万人，占据平县第一城，帝派遣待诏援去招降峻，由此打开了河西通。中郎将来歙承帝命拜峻为通路将军，封关内侯，后来归属大司吴汉，共围隗嚣于冀。等到汉军退，峻逃回故营，再助隗嚣拒守陇阝氐。隗嚣死后，峻占据平县，畏诛守。建威大将军耿。。率太中大夫窦士、武威太守梁统等围平，一年也未能攻下。

建武十年(34)，帝关，准备亲自征讨，寇恂当时跟从光武，劝谏说“：长安在洛平之间，应接方便，安定、陇西必定到震动畏惧，这是安逸于一可以制服四方哩。现在兵疲倦，刚刚从险阻中走来，这不是陛下安国之良策，前年颍川发生的历史事件，可为至戒。”帝不听从。军到了。。县，峻还是攻不下，帝商议派遣使者去说服峻投降，就对寇恂说：“你以前制止我这次行动，现在为我走一趟。如峻不立即投降，我将率耿。。等五营发起攻击。”寇恂奉玺书来到第一城，峻派遣军师皇甫文来谒见，言词礼节都不屈从。寇恂怒，准备杀皇甫文。诸将劝谏说“：峻兵万人，有着许多弩，遮住了西的陇，连年都没有攻下。现在要他投降而反杀其来使，只怕是不行吧？”寇恂不答应，就杀了皇甫文。让其副使回去告诉峻说：“军师无礼，已被杀了。要投降，请赶快；不想投降，就固守好了。”峻惶恐，即日开城门投降。诸将都庆贺，因而说：“请问杀了他的来使而峻以全城投降，这是什么原因？”寇恂说“：皇甫文，是峻的心腹，峻的计谋都取之于他。现在他来了，言词不屈，必无归降之心。放他回去则峻得了他的计谋，把他杀了则峻吓破了胆，所以来投降了。”诸将都说“：我们没有想到哩。”于是逮捕峻回到洛。寇恂通晓经术修养德行，名望重于朝廷，所得的俸禄，都拿来厚施给朋友、故旧及跟从他的吏士。常说“：我依靠士大夫的帮助才有今天，怎么能够独享富贵呢？”当时的人把他视为长者，以为他有宰相的才。

建武十二年(36)去世，谥为威侯。寇损嗣位。寇恂的同母弟及兄之、之以军功被封为列侯者共八人，都终为侯但不传于后代。起初与寇恂一起谋事的闵业，寇恂多次向帝说明他的忠心，帝赐爵他为关内侯，官至辽西太守。