不可挡。然而盗贼群居，无整天的打算，财谷虽多，变故万端，哪能守下去呢？上郡、北地、安定三郡，地广人稀，谷米牲畜多，我们暂时整军北，就粮养士，以观察赤眉军的弱，才可以设法攻他们哩！”于是引军北至縌邑县。邓禹所到之，击破赤眉军别将诸营保，郡县都开门归附。西河太守宗育遣儿手奉邓禹晓谕各地的文书归降，邓禹派遣他到国都去。帝以关中未定，而邓禹又久不兵，就下达命令说“：司徒，是尧；亡贼，是桀。长安的官吏民众，惶惶无所依归。应掌握时机讨，安定抚西京，以维系百姓的心。”邓禹还是持前面的意见，就分遣将军另行攻打上郡诸县，更征集兵力引粮，回到大要县。派遣冯忄音、宗歆守縌邑。二人争权互相攻打，冯忄音杀了宗歆，并反击邓禹，邓禹派使者报告光武帝。帝问使者“：忄音最亲的是谁？”使者说“：是护军黄防。”帝猜度冯忄音和黄防不能久和，势必发生对抗。因此告诉邓禹说：“逮捕冯忄音的，必是黄防。”于是派遣尚书宗广拿着符节招降黄防。

后月余，黄防果然逮捕冯忄音，率领其众归罪。更始诸将王匡、胡殷等都到宗广投降，与宗广一起东归。到了安邑，王匡等想中途逃跑，宗广把他们都杀了。冯忄音到洛，赦免不杀。

建武二年(26)，遣使者改封邓禹为梁侯，邑四县。这时赤眉军西走扶风，邓禹才往南至长安，驻军昆明池，用酒大宴士卒。率领诸将军沐浴更衣斋戒，选择吉日，演习礼仪祭祀祖庙，收了十一帝的神主，派使者捧到洛，因而巡视园陵，特安置官吏士卒奉祀守陵。邓禹率兵与延岑战于蓝田，不胜，再就云。汉中王刘嘉到邓禹投降。刘嘉相李宝傲慢无礼，邓禹把他杀了。

李宝的弟弟收集李宝众击邓禹，杀了将军耿讠斤。自从冯忄音反邓禹以后，邓禹的威望受到损害。这时赤眉军再次还长安，邓禹与之战，败走，到了陵，军士饥饿，都吃枣菜度日。帝于是召邓禹回来，诏令说：“赤眉缺粮，自然会向东而来，我只要折断策的杖去鞭打他就可把他打败。不是诸将值得忧虑的，不要再妄动兵。”邓禹以受任而功不成为惭愧，几次驱饥饿之兵去征战，常不利。

三年(27)，与车骑将军邓弘击赤眉，被赤眉打败，众死的死散的散，独与二十四骑还归宜，归还大司徒、梁侯印绶以谢罪。诏命还侯印绶。数月，拜右将军。延岑自败于东，就与秦丰合作。

四年(28)，再侵犯顺一带。派邓禹保护复汉将军邓晔、辅汉将军于匡，击破延岑于邓；追到武当，再次破延岑。岑逃奔汉中，余党都投降了。

建武十三年(37)，天下平定，各功臣都增加了邑，定封邓禹为密侯，密、昌安、夷安、淳于四县的赋税。帝以邓禹功，封邓禹弟邓宽为明亲侯。后来左右将军的职衔撤销了，特朝见皇帝。邓禹内尚文明，行为忠厚淳朴而且周密，服事母亲非常孝顺。天下已经平定，常常想疏远名势。有女十三人，让他们各掌握一门技艺。整饬家规，教养孙，都可以成为后世的楷模。一切用度都取之于封地赋税，不修私产不谋私利。因此帝更加尊重他。

中元元年(56)，再代理司徒职务。从帝巡视山东，到泰山筑坛祭天。显宗即位，因邓禹是先帝元勋，拜为太傅，朝见时令他东向站立尊如宾客，甚见尊。居岁余，卧病，帝几次亲临问候。

永平元年(58)，邓禹年五十七岁逝世。谥曰元侯。

史官评论：在变动的年代，君臣互相选择，这是作事最初谋划时的关键。邓公挑着粮徒步奔走，在纷中独奔光武，可以说是知其所从明其所会的了，于是中分一半的军队，以击山西的空隙，至使河东关西震动，投奔到他麾下来的人如回到了家里一样。功业虽没有完成，义德行却得到了弘扬。后来虽威损。。邑，兵散宜，上了司徒的印绶，但仍以侯爵卒其岁月，光荣憔悴而在下始终无二，封官爵，失意回朝光武对他始终没有猜疑，使君臣之，后世看不到一瑕疵和隔阂，这难不是仁人君的最完的作为吗？