，十二月，刘尚袭击任贵，把他杀掉。这年，恢复设置函谷关都尉。修缮长安的室。

二十年(44)二月初十，光武帝回洛。夏四月初三，大司徒涉犯罪，监死狱中。大司空窦免职。五月初四，大司吴汉去世。匈侵上党、天，直至扶风。六月十四日，广汉太守蔡茂为大司徒，太仆朱浮为大司空。十八日，左中郎将刘隆为骠骑将军，代行大司事。二十一日，调动中山王刘辅为沛王。秋天，东夷韩国人率领民众到乐狼归附内地。冬十月，光武帝东巡视察，二十日，到鲁，并行到东海、楚、沛国。十二月，匈寇天。二十八日，光武帝回到洛。这年，撤销五原郡，迁移官民安置到河东，免除济县徭役六年。二十一年(45)正月，武威将军刘尚打败益州夷人，地方平定。夏四月，安定属国胡反叛，驻扎聚集在青山，光武帝派将兵长史陈讠斤讨伐平定叛。秋天，鲜卑寇辽东，辽东太守祭月彡大败鲜卑。冬十月，派伏波将军援到北攻打乌桓，没有获胜。匈寇上谷、中山。这年冬，鄯善王、车师王等十六国都派遣儿侍王，贡献礼品，请设立都护去保护他们。光武帝考虑国家刚刚平定，无暇顾及边外的事，于是将他们派来侍奉的儿送还，并赏赐他们很多礼品。

二十二年(46)闰一月十九日，光武帝到长安，祭祀庙，以及十一陵。二月己巳，从长安回到洛。夏五月三十日，晦，日蚀。秋七月，司隶校尉苏邺下狱死。九月初五，地震。下诏令说：“日前地震，南特别厉害。本来大地载很重，是平静而不动摇的。而今震动裂开，罪咎在君王上。鬼神不满意缺德的行为，灾殃降临在官民上，我十分恐惧。现命令南今年不要纳田租、柴草。派谒者行检查，判死刑的囚犯在九月初五日以前的，免死减罪一等；判徒刑的解除镣铐，可以穿丝絮衣裳，郡中居民被压死的，每人给棺材钱三千。欠田赋人税和住宅特别破坏的，不要收缴欠债。官员平民死亡，有压在毁坏的墙垣和房屋下，而家里穷得无力收殓的，用现钱谷雇人寻找死者，料理后事。”冬十月十八日，大司空朱浮被免职。十九日，任光禄勋杜林为大司空。这年，齐王刘章去世。青州遭蝗灾。匈。。革建日逐王比，派人到渔请求和亲，光武帝派中郎将李茂回访。乌桓打败匈，匈向北迁移，沙漠南空无人烟，下诏令免去各边郡的哨所官兵。

二十三年(47)正月，南郡蛮反叛，派武威将军刘尚打败他们，并将这族的人迁移到江夏。夏五月初八，大司徒蔡茂去世。秋八月丙戌，大司空杜林去世。九月十三日，任陈留太守玉况为大司徒。冬十月初九，任太仆张纯为大司空。句丽率领族到乐狼归附。十二月，武陵蛮反叛，抢掠郡县，派刘尚讨伐，在沅大战，刘尚全军战死。这年，匈。。革建日逐王比率领属派使者到西河内附。

二十四年(48)正月十九日，大赦天下罪犯。匈。。革建日逐王比派人到五原表示友好，要求为汉家抵御北方各族。秋七月，武陵蛮侵扰临沅，派谒者李嵩、中山太守成讨伐，没有取胜，于是伏波将军援率领四将军去讨伐。命令有门申明以前制定的阿附诸侯王应受重的法律。冬十月，匈。。革建日逐王比自封为南单于，于是匈分为南、北两。

二十五年(49)正月，辽东边外貊人寇右北平、渔、上谷、太原，辽东太守祭肜投降他们。乌桓渠帅来朝拜。南单于派使者到京城贡，行藩国之礼称臣；又派他的左贤王打败北匈，拓地千余里。三月，南单于派儿侍奉光武帝。

二十八日，晦，日蚀。伏波将军援等在临沅打败武陵蛮。冬十月，叛将蛮都降附。夫余王派使者贡。这年，乌桓渠帅率领民众归附，到朝廷贡献礼。

二十六年(50)正月，命令有关门增加百官俸禄，千石以上的，比西汉时旧有标准要减少，六百石以下的，比西汉旧有等级有所增加。开始修建寿陵。将作大匠窦上书说明园陵占地面积，及一切所需。光武说“：古时帝王的陪葬，都是陶人瓦，木车茅，使后世的人不知它的所。太宗了解生死大义，景帝能遵从孝，历天下变，惟独霸陵完好无损，难不是好事吗？现在所规划的地不过二三顷，不起山陵，陂池能散就行了。”光武帝派中郎将段郴授予南单于玺印，让他内地居于云中郡，开始设置使匈中郎将，领兵卫护南匈。南单于派儿朝侍奉光武，呈上奏书。于是云中、五原、朔方、北地、定襄、雁门，上谷和代等八郡民众归本士。派谒者分别将解除判刑的人修补整理城郭。调发遣送在内地的边民，分别让他们返回原籍各县，都发给治理行装费，用车辆运送供应给养。