王牙王司德文率众兵讨伐姚泓。初一，大赦天下。十月二十二日，姚泓的将领姚光献洛投降。十一月十六日，派兼司空、密王司恢之修治拜谒五陵。

义熙十三年正月初一，现日。二月，凉武昭王李玄盛死，他的大儿李士业继位为凉州牧、凉公。三月，龙骧将军王镇恶在潼关把姚泓的将领姚绍打得大败。四月，刘裕在河曲打败魏将鹅青，将鹅青的偏将阿薄斩首。这个月，凉公李士业在鲜支涧把沮渠蒙逊打得大败。五月，刘裕攻克潼关。十六日，会稽王司修之死。六月二十三日，林邑献驯服过的大象和白鹦鹉。七月，刘裕攻克长安，活捉姚泓，没收他的仪仗，回到京师。南海盗贼徐期攻陷广州，始兴相刘谦之将他平定。十一月初三，左仆、前将军刘穆之死。

义熙十四年正月，大赦天下。青州刺史沈田在长安杀害龙骧将军王镇恶。六月，刘裕任相国，晋封为宋公。十月，任凉公李士业为镇西将军，封为酒泉公。十一月，赫连在青泥以北打败朝廷军队。雍州刺史朱龄石焚烧长安的殿，逃到潼关。不久又大败，朱龄石战死。十二月十七日，安帝死在东堂，享年三十七岁。安葬在休平陵。安帝智力低下，从小到大，不能言语，即使寒暑节气的变化，他也无法辨别。一切行动，都不于他自己。所以桓玄篡位，他免于被害。当初的谶书上说：“昌明帝之后有两个皇帝。”刘裕打算受禅代晋，所以秘密地派王绍之勒死安帝另立恭帝，以顺应二帝之说。

恭帝名德文，字德文，是安帝的同母弟。初封琅王牙王，历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司，加侍中、领司徒、录尚书六条事。

安帝元兴初年(402～404)，迁为车骑大将军。桓玄执政时，位为太宰，加衮冕之服，用绿印带。桓玄篡位，以帝为石县公，与安帝一起住在寻。桓玄失败后随桓玄到江陵。桓玄被杀，桓振突然来到，跃挥戈，直至阶下，瞋目对安帝说：“我桓家有何对不起国家，而遭如此屠灭？”恭帝下床对桓振说：“这怎是我兄弟之意呢！”桓振这才下拜谢。桓振被平定，帝仍为琅王牙王，又兼徐州刺史，不久拜为大司，兼司徒，受到特殊礼遇。安帝义熙五年(409)，署中设置左右长史、司、从事中朗四人，加赐羽葆鼓。

义熙十二年(416)，皇帝下诏说：“大司有明德而又为宗室之亲，太尉德而功大，使人有序，协和，俊才仰慕，思佐国家。而二人雅冲淡，不愿设置征士，这样符合大雅谦虚之，却有违荐贤治世的当务之急。昔日贤君以蒲征召才秀之士，而异人辈，东平开府设署，而奇士响应，人才济济，朕甚钦慕。可使大司、太尉二府照旧例征召人才，必使俊杰之士得以显扬，继前贤之规范。”于是恭帝始征召掾属。当时太尉刘裕都督中外诸军，皇帝下诏说：“大司位任重，论亲论贤，皆莫可比，虽官府要受他人节制，个人不必行下级之礼。”刘裕北征时，恭帝向安帝上疏，请率所属军队，同上征途，以修整祭祀旧都陵墓，朝廷同意此请求，于是与刘裕一起征。有司奏军人不得料理陵庙之事，恭帝又上疏说：“臣率军在外，将经历寒暑，不能在先帝陵前表祭奠哀悼之情，心绪茫然若失。愿圣上发慈悲之心，特予许可，使臣区区诚心略得以实现。则此次征无所遗憾了。”皇帝答应了这个请求，姚泓被灭后回到京都。

义熙十四年(418)十二月十六日，安帝死。刘裕假称遗诏说：“我晋顺应天命，兴隆于九州，光照四海，朕因德薄，国家多难，幸赖宰辅之臣，拯救颠覆。仍恃神明保佑，克服祸，才保持皇极之位，统一六合。正将依赖元勋革新大业，而疾病渐重，将不能恢复，仰思祖宗亲贤之遗命，大司、琅王牙王，为先皇亲，明德茂，亦为皇储，众望所归，今可即皇帝位，奉宗庙之祀，谨守中，协和天下，发扬临终诰命，不要废弃我祖之大业。”当天即皇帝位，实行大赦。

元熙元年(419)正月初一，改年号。因安帝葬事未妥，不朝会，立褚氏为皇后。初三，召刘裕还朝。初七，有彗星现于太微星西边。二十九日葬安帝于休平陵。恭帝受群臣朝拜，乐悬而不奏。以骠骑将军刘怜为司空。秋八月，刘裕移镇寿。以刘怀慎为前将军、北徐州刺史，镇守彭城。九月，刘裕自己解去扬州的职务。冬十月二十八日，刘裕以其刘义真为扬州刺史。十一月初一，日蚀。十二月辛卯这天，给裕加特殊礼遇。