裕为扬州刺史、录尚书事。二十五日，侍中、太保、武陵王司遵死。四月，散骑常侍、尚书左仆孔安国死。五月初一，加封吏尚书孟昶为尚书左仆。十一月初一，大风起树木。二十三日，雷鸣。梁州刺史杨思平有罪，斩首弃市。这个月，秃发亻辱檀僭位当凉王。十二月，陈留王曹灵诞死。

义熙五年正月初二，大赦天下。二十一日，任抚军将军刘毅为卫将军、开府仪同三司，加封辅国将军何无忌为镇南将军。十九日，寻发生地震。二月，慕容超的将领慕容兴宗侵犯宿豫，平太守刘千载、济南太守赵元都被贼兵捉住。三月十一日，下大雪，积雪有几尺厚。车骑将军刘裕率领军队攻慕容超。六月初九，太庙发生地震。刘裕在临朐把慕容超打得大败。七月，姚兴的将领乞伏归在苑川僭位称西秦王。十月十三日，离班杀死云，云的将领冯跋攻击离班，将离班杀死。冯跋僭位称王，国号仍然叫燕。魏国的清河王拓跋绍杀死拓跋王圭。

义熙六年二月初五，刘裕攻慕容超，战胜了他，齐地全平定。这个月，广州刺史卢循谋反，侵犯江州。三月，秃发侵擅在基和沮渠蒙逊战，侵擅战败。。二十日，镇南将军、江州刺史何无忌与卢循在豫章战，朝廷的军队战败，何无忌战死。四月，青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘怜京保卫京师。五月二十五日，刮大风，起树木。初五日，卫将军刘毅与卢循在桑落洲战，朝廷的军队大败。尚书左仆孟昶因害怕而自杀。初六，大赦天下。十二日，卢循到淮，内外戒严。大司、琅邪王司德文都督城诸军事，驻军中皇堂，太尉刘裕驻扎在石，梁王司珍之屯兵南掖门，冠军将军刘敬宣屯兵北郊，辅国将军孟怀玉屯兵南岸，建武将军王仲德屯兵越城，广武将军刘怀默屯兵建门，在淮筑起相浦、药园、廷尉三个营垒以抵御敌军。七月初十，卢循逃走。十四日，派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史蒯恩等率兵追赶。这个月，卢循侵犯荆州，刺史刘规、雍州刺史鲁宗之等人击败了他。又在华容攻破徐覆，贼兵又逃到寻。八月，姚兴的将领桓谦侵犯江陵，刘规打败了他。十一月，蜀地贼将谯纵攻陷东，守将温祚、时延祖战死。十二月十四日，刘裕在豫章打败卢循。

义熙七年二月初五，右将军刘藩在始兴将徐覆斩首，首级传到京师。四月，卢循逃到州，刺史杜彗度将他斩首。七月二十三，任荆州刺史刘规为征西大将军、开府仪同三司。十月，沮渠蒙逊攻凉国，凉国武昭王玄盛与他战，打败了他。

义熙八年二月初五，任吴兴太守孔靖为尚书右仆。三月十三日，山有的地方塌陷四尺，响声如雷。五月，乞伏公府杀死乞伏归，乞伏归的儿炽盘诛杀乞伏公府，僭位任伪职。六月，任平北将军鲁宗之为镇北将军。七月二十六日，武陵王司季度死。八月初二，征西大将军刘规病死。皇后王氏也病死。十三日，密王司纯之病死。九月初六，把僖皇后安葬在休平陵。十二日，太尉刘裕害死右将军兖州刺史刘藩、尚书左仆谢混。十三日，刘裕假托诏书说：“刘毅包藏祸心，勾结南夏叛逆，刘藩、谢混共同作，放肆地图谋作，仰仗辅佐明鉴，乘机挫锐势，凶党已遭杀戮，社稷长治久安。好生之德是所依据的本，宽赦罪人延及仁德，确实有助圣恩，何况事端由首恶之人兴起，灾祸起自元凶。大赦天下，只有刘毅不在其例。文武百官普遍增爵位一等。那些孝顺忠义，隐遁遗逸的贤士，一定要让他们显名声，受重用。”二十二日，刘裕率兵讨伐刘毅。刘裕的参军王镇恶攻陷江陵城，刘毅自杀。十一月，沮渠蒙逊僭号为河西王。十二月，任西陵太守朱龄石为建威将军、益州刺史，率军队攻蜀。从荆州分十郡设置一个湘州。这一年，庐陵、南康两地发生四次地震。

义熙九年三月初一，刘裕杀害前将军诸葛长民以及他的弟弟辅国大将军诸葛黎民、堂兄弟宁朔将军诸葛秀之。十三日，加封刘裕为镇西将军、豫州刺史。林邑的范胡达侵犯九真，州刺史杜彗度把他斩首。四月初四，罢除临沂、湖熟皇后四十顷脂泽田，赐给贫民，放松对湖泊池沼的禁令。封镇增将军鲁宗之为南郡公。七月，朱龄石攻克成都，把谯纵斩首，益州平定。九月，封刘裕的第二个儿刘义真为桂公。这一年，句丽、倭国以及西南夷铜大师都贡地方产。

义熙十年三月十九日，发生地震。六月，乞伏炽盘率军队讨伐秃发亻辱檀，将他消灭。七月，淮北刮大风，毁坏房屋。九月初一，有日蚀现。林邑派使者献地方产。这一年，在东府筑城墙。