二十日，前将军王王旬守卫北郊，右将军谢琰保卫宣门。辅国将军刘牢之驻扎在新亭，派其刘敬宣打败王恭，王恭逃到曲阿的长塘湖，湖尉逮捕他送到京城，被斩首。于是派太常殷茂劝喻殷仲堪以及桓玄，桓玄等逃到氵寻。十月，新野传说现了驺虞。十七日，大赦天下。二十三日，殷仲堪等在寻结盟，推举桓玄为盟主。十一月，以琅王牙王司德文为卫将军、开府仪同三司，领军将军王雅为尚书左仆。十二月初二，魏王拓王圭即皇帝位，年号是天兴。京兆人韦礼率领襄的散人众叛，向姚兴投降。二十二日，前新安太守杜炯在京造**，会稽王的大儿司元显征讨将他杀了。秃发乌孤自称武威王。

隆安三年正月初四，封同宗室的司蕴为淮陵王。二月十八日，河间王司国镇死。林邑的范胡达攻陷日南、九真。于是侵犯趾，太守杜王爰征讨打败了他。段业自称为凉王。仇池公杨盛派使称臣，献上地方产。三月二十三日，安帝追尊生育自己的陈夫人为德皇太后。四月初十，加封尚书令王王旬为卫将军，任命会稽王大儿司元显为扬州刺史。六月初四，以琅王牙王司德文为司徒。慕容德攻陷青州，杀害龙骧将军辟闾浑，于是僭位在广固称皇帝。八月，秃发乌孤死，他的弟弟秃发利鹿孤继伪位。十月，姚兴攻陷洛，捉住了河南太守辛恭靖。十一月初二，贼寇孙恩攻陷会稽，内史王凝之战死，吴国内史桓谦、临海太守新蔡王司崇、义兴太守魏隐都弃官而逃，吴兴太守谢邈、永嘉太守司逸都遇害。朝廷派卫将军谢琰、辅国将军刘牢之迎击敌寇，将他们打跑了。十二月，桓玄袭击江陵，荆州刺史殷仲堪、南蛮校尉杨亻全期都遇害。吕光立他的儿吕绍为天王，自称为太上皇。这一天，吕光死，吕纂杀吕绍而自立为天王。这一年，荆州发大，平地三丈。

隆安四年正月二十四日，大赦天下。二月初八，彗星侵犯奎娄星座，到紫微座。三月，彗星在太微星座现。四月，地震。孙恩侵犯浃。五月十七日，散骑常侍、卫将军、东亭侯王繤死。三十日，会稽内史谢琰被孙恩打败并战死。孙恩接着犯临海。六月初一，有日蚀。大旱。辅国司刘裕在南山打败孙恩。孙恩的将领卢循攻陷广陵，杀死三千多人。任琅王牙王的老师何澄为尚书左仆。七月初四，太皇太后李氏死。十九日，大赦天下。这个月，姚兴讨伐乞伏归，乞伏归投降。八月初九，尚书右仆王雅死。二十四日，将文太后葬在修平陵。九月初六，发生地震。十一月，宁朔将军雅之与孙恩在余姚作战，朝廷的军队失败。任扬州刺史元显为后将军、开府仪同三司、都督扬、豫、徐、兖、青、幽、冀、并、荆、江、司、雍、梁、益、、广十六州诸军事，前将军刘牢之为镇北将军，封元显的儿彦璋为东海王。十二月初二，彗星侵天市座。这一年，河右各郡推崇凉武昭王李玄盛为秦、凉二州牧、凉公，年号为庚。

隆安五年二月初一，孙恩又犯浃。吕超杀死吕纂，让他的哥哥吕隆僭位当天王。三月初九，众星经过太微星向西动。五月，孙恩犯沪渎，吴国内史袁山松战死。沮渠蒙逊杀死段业，自称大都督、北凉州牧。六月初一，孙恩到丹徒。初二，朝廷内外戒严，百官到禁中居住。冠军将军素、右卫将军张崇之守卫石，辅国将军刘袭用栅栏隔断淮，丹扬尹司恢之戍守南岸，冠军将军桓谦、辅国将军司允之、游击将军遂守备白石，左卫将军王嘏、领军将军孔安国驻扎在中皇堂。征召豫州刺史、谯王司尚之保卫京城。宁朔将军雅之在广陵的郁洲攻孙恩，被孙恩捉住。七月，段玑杀慕容盛，慕容盛的叔父慕容熙诛灭段氏家族，于是僭位称皇帝。九月，吕隆向姚兴投降。十月，姚兴率军队侵犯魏国，大败而还。这一年，天下大饥，禁止饮酒。

元兴元年(402)正月初一，大赦天下，改变年号。任命后将军元显为骠骑大将军、征讨大都督，镇北大将军刘牢之为元显前锋，前将军、谯王司尚之为后，以讨伐桓玄。二月初七，天穿战服在西池为元显饯行。十八日，派兼侍中、齐王司柔之用驺虞幡帜向荆州、江州宣告。二十八日，桓玄在姑孰打败朝廷的军队，谯王司尚之、齐王司柔之都战死。又任右将军吴隐之为都督、广二州诸军事、广州刺史。三月初一，刘牢之背叛朝廷向桓玄投降。初三，朝廷的军队在新亭战败，骠骑大将军、会稽王的大儿司元显，东海王司彦璋，冠军将军泰，游击将军邃都遇害。初四，桓玄自称为侍中、丞相、录尚书事，以桓谦为尚书令，把太傅、会稽王司迁到安城。不久，桓玄又自称太尉、扬州牧，总理各机要政事，任琅笽王司德文为太宰。临海太守辛景攻孙恩并将他斩首。这个月，秃发利鹿孤死，其弟亻辱檀继承伪位。七月初八，新蔡王司崇被他的仆杀害。八月初四，尚书的私宅遭火灾。十月，冀州刺史刘轨背叛朝廷投靠慕容德。十二月二十六日，会稽王司被桓玄杀害。特赦广陵、彭城两地大逆罪以下的犯人。

元兴二年二月初八，建威将军刘裕在东打败徐覆。二十二日，桓玄自称为大将军。二十四日，冀州刺史孙无终被桓玄杀害。四月初一，现日蚀。八月，桓玄又自称为相国、楚王。九月，南太守庾仄兴起义兵，被桓玄打败。十一月二十三日，桓玄把安帝迁到永安。二十四日，把太庙的祖宗牌位移到琅王牙国。十二月初三，桓玄篡夺帝位，让安帝当平固王。二十二日，安帝逃亡到浔，蒙受风尘。