征西大将军桓温为太尉。八月，平西将军周抚讨伐萧敬文于涪城，杀了他。冉闵的儿冉智率领邺城人投降，督护施得到了他的传国玉玺，呈送皇上，玺文是“受天之命，皇帝寿昌”，百官都来庆贺。九月，冉智被的将领愿逮捕，向慕容恪投降。中军将军殷浩率领军队北伐，驻在泗，派河南太守施占据石门，荥太守刘遂戍仓垣。冬十月，秦州刺史王擢为苻健所迫，逃到凉州。

九年正月乙卯初一，大赦天下。张重华派王擢与苻健将领苻雄战，王擢的军队大败。丙寅日，皇太后与皇帝共同拜祭建平陵。三月，天旱。州刺史阮敷讨伐林邑范佛于日南，攻破敌人五十多个营垒。夏四月，任命安西将军谢尚为尚书仆。五月，瘟疫大行。张重华两次派王擢攻击秦州，攻克。仇池公杨初被苻雄打败。秋七月丁酉，地震，发雷鸣般的声音。八月，派兼太尉、河间王钦修复五陵。冬十月，中军将军殷浩驻山桑，派平北将军姚襄为前锋，姚襄反叛，反过来攻打殷浩，殷浩丢弃辎重，退保谯城。丁未日，凉州牧张重华去世，他的儿张耀灵继任。当月，张祚弑耀灵自称凉州牧。十一月，殷浩使将刘启、王彬之讨伐姚襄，又被姚襄打败，姚襄据芍陂。十二月，加援尚书仆谢尚为都督豫、扬、江西诸军事，兼领豫州刺史，镇守历。

十年正月己酉初一，皇帝上朝，由于五陵未修复，乐悬而不奏。凉州牧张祚僣帝位。冉闵降将周成举兵反，从宛陵袭洛。辛酉日，河南太守施奔鲔渚。丁卯日，地震，有声如雷。二月己丑，太尉、征西将军桓温率领师伐关中。废扬州刺史殷浩为庶人，任命前会稽内史王述为扬州刺史。夏四月己亥，温及苻健苌战于蓝田，大败之。五月，江西乞活郭敞等执陈留内史刘仕而叛，京师震骇，任命吏尚书周闵为中军将军，屯于中堂，豫州刺史谢尚从历还卫京师。六月，苻健将苻雄悉众及桓温战于白鹿原，官军大败。秋九月辛酉，桓温粮尽，引还。

十一年正月甲辰，侍中、汝南王司统去世。平羌校尉、仇池公杨初为其将梁式杀害，杨初的儿杨国继承爵位，于是扬国为镇北将军、秦州刺史。齐公段龛在郎山袭击慕容隽的将领荣国，打败了荣国。夏四月壬申，降霜。乙酉，地震。姚襄率领军队侵犯外黄，冠军将军季大败他们。五月丁未日，又地震。六月，苻健死，他的儿苻生继伪位。秋七月，宋混、张瓘杀张祚，而立张耀灵的弟张玄靓为大将军、凉州牧，派使来投降。任命吏尚书周闵为尚书左仆，领军将军王彪之为尚书右仆。冬十月，升豫州刺史谢尚督并冀幽三州诸军事、镇西将军，镇守。十二月，慕容恪率领军队侵广固。壬戌日，上党人冯鸯自称太守，背叛苻生派人来投降。

十二年正月丁卯，皇帝上朝，因为皇太后母死，悬挂乐而不奏乐。镇北将军段龛在广固和慕容恪战，大败幕容恪，幕容恪退守安平。二月辛丑日，皇帝讲《孝经》。三月，姚襄许昌，朝廷任命太尉桓温为征讨大都督讨伐姚襄。秋八月己亥，桓温在伊和姚襄战，大败姚襄，姚襄逃到平，把残余的三千多家眷徙到江汉之间，抓获周成而回。派扬武将军穆之，督护陈午，辅国将军、河南太守施镇守洛。冬十月癸巳初一，日。慕容恪攻打段龛于广固，朝廷派北中郎将荀羡率领军队驻在琅邪救援段龛。十一月，派兼司空、散骑常侍车，龙骧将军袁真等人持节到洛，修复五陵。十二月庚戌，因为要修五陵，到太庙祭告祖先，皇帝和大臣们都穿丝麻丧服，于太极殿临朝三日。这一年，仇池公杨国被他的叔父杨俊杀死，杨俊自立为仇沲公。

升平元年正月壬戌初一，皇帝加元服，在太庙祭告祖先，开始亲自理国家大事。大赦，改年号，文武官员爵位都晋升一等。皇太后居住在崇德。丁丑日，有一块陨石落在槐里。当月，镇北将军、齐公段龛被慕容恪攻陷，遇害。扶南竺旃檀献驯象，皇帝下诏说：“从前先帝因为异国的怪兽有的成为人患，禁止过。现在趁着还没有来到，可以让它们回到原来的地方去。”三月，皇帝讲《孝经》。壬申日，亲自在中堂祭奠孔。夏五月庚午，镇西将军谢尚去世。苻生的将领苻眉、苻打姚襄，在三原战，杀了姚襄。六月，苻杀苻生自立为王。朝廷任命军司谢奕为使持节、都督、安西将军、豫州刺史。秋七月，苻军援将领张平率领并州人投降，便任命张平为并州刺史。八月丁未日，立皇后何氏，大赦，赐赏孝悌鳏寡的人大米，每人五斛，欠租和欠债的都免除，大宴三日。冬十月，皇后于太庙。十一月，有雷。十二月，任命太常王彪之为尚书左仆。