刺史璩，万里同心，扫荆楚。江州刺史郭昶之，迎接主上，在寻建立室。镇北参军王元德等人，都率领属，据守石。扬武将军诸葛旦匡，招集正义之士，已经占据历。征虏参军庾迹之等人，暗中集结，作为内应。同心协力，各地蜂拥而起，当日斩伪徐州刺史室蝈王但篮、壹业刺史旦弘的首级。起义兵众集合后，文武官员奋勇争先。都认为没有统一调度，事情就不能成功。刘裕迫不得已，总领军中要务.希望上凭祖宗的威灵。下尽义士的力量，剪除叛逆，肃清京城。

公侯诸君，有的世代忠贞，有的受爵，却都向狡猾的小人低，效命无路，观望周伐大，难不悲伤吗？现在起事，实在正是机会。刘裕德行薄弱，才能不及古人，获掌已经践履的枢要，受任于国运衰颓之时。赤诚的心没有表达，慨激愤，望云霄而咏叹，望山川而增添斗志。发布檄文的时候，心思已奔向贼寇的朝廷。

任命赵为长史，总领后方事务；檀凭之担任司.百姓愿意跟从的有一千多人.

三月戊午初一，在江乘遭遇吴甫之。甫之，是桓玄骁勇的将领，士卒锐。祖亲自手执长刀，大声呼喊着冲击他们，甫之的众都望风披靡，当即斩杀甫之。军到罗落桥，皇甫敷率领几千人迎战。宁远将军檀凭之和祖各率一队人，凭之战败而死，他的下逃散。祖上前战越发勇猛，前后冲击，很快打败桓玄的军队，当即斩下皇甫敷的首级。当初祖和何无忌等人共同确立大计，有善于看相的人看祖和无忌等人都会大贵，应验很切近，惟独说凭之没有富贵相。祖和无忌互相秘密地说：“我们既是同舟共济，理上不能大有差异。我们都当富贵，那么檀凭之不应独自不同。”很不理解看相者的话。到逭时凭之战死，祖知事情必定成功。

桓玄听说皇甫敷等人战死，更加畏惧。派桓谦驻守东陵，卞范之驻守覆舟山西面，众共二万人、、己未早晨，起义军餐完翠，抛弃剩余的粮，推到覆舟山东面，派乞丐在山上竖起旗帜，作为疑兵。桓玄又派遣武骑将军庾帏之，备锐的兵士锋利的兵，协助桓谦等人。担先士卒冲击他们，将领士兵都拼死作战，无不以一当百，呼喊声震动天地。当时东北风猛烈，祖因而下令放火，烟火冲天，鼓噪的声音震撼京城.桓谦等各军，一时之间上崩瓦解。桓玄开始虽然派兵布阵，而逃走的主意已定，另外派遣领军将军殷仲文在石城准备船只，随即带领侄渡江向南逃跑。

庚申，祖镇守石城，确立留台官员，在宣门外烧了桓温的牌位，造晋国的新牌位立在太庙中？派遣将帅追击桓玄，尚书王嘏率领百官迎接皇帝。司徒王谧和众人商议推举祖兼任扬州刺史，宣担决推辞.于是任用王谧为录尚书事，兼挝州刺史。这时推举祖为使持节、都督扰查逸直冀幽甚八州诸军事、领军将军、徐州刺史：此前朝廷继承晋氏的混政局，百官放纵，但直虽想整顿，而众人不从。祖以作则，威镇内外官员，百官都严肃地履行职责，二三之间，风俗大变。而且桓玄虽然足以英雄豪杰受到推举。而一旦拥有帝位，置压四方的刺史郡守和在朝的大臣，都尽心侍奉，君臣的名分确定了.产担在朝中地位低，属不足五百人，起自民间，倡导大义恢复皇位。因此玉遥等各人这时失去民心，无不惭愧而畏惧。

诸葛长民延误时间未能发动，刁逵捉住他押送京，没有到京城而桓玄已败。

桓玄经过寻，江州刺史郭昶之备齐皇帝车辆资助他。桓玄招募二千多人，挟持天于逃到江陵。冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘规率领各军追击讨伐。

尚书左仆王愉、王愉的儿荆州刺史王绥等人，是江左的名门望族。王绥年轻时有大名声，因壶担自于平民，很轻视他。王绥，是桓压的外甥，也有自我疑虑的心思。祖全杀了他们。

四月，奉武陵王司遵为大将军，秉承皇帝之命便宜行事。大赦天下，衹有与桓玄同祖者例外。

当初壶趄家中贫穷，曾经欠刁逵的社钱三万，长时间不还。卫达捉住他债，王谧造访刁逵时见到这件事，暗中代还丁钱，祖因此得释。直担名声小地位低，名都不同他相往，惟独王谴同他往。桓玄将要篡位，王谧亲手解下圭壶的玉玺丝带，成为桓玄的辅佐功臣。等到起义旌旗树起，众人都说王谧应该诛杀，惟有担保护他。型塑曾利用朝廷集会，询问王谧玉玺丝带在何，王垄更加害怕。等到王愉父被杀，王谧的堂弟王谌对玉锤说：“王鲍没有罪过，而起义军杀了他，这是铲锄超过自己的人，来断绝民众的希望。兄长既是桓氏党羽，名声地位如此，想求免死能达到吗？”王驹是王愉的小名.：王垄畏惧，逃到迪阿。直担上书大将军，极力保护王谧，迎接他官复原职。光禄勋卞承之、左卫将军撞、游击将军]昼役使官府人员，被御史中丞王祯之纠察，歉的文书中言辞充满怨恨愤怒.丞之到司宜藏。祖给大将军送呈文书，禀报“褚粲等人于大臣之位，想法必合情理。别人执法不公，自应据理陈述，然而却心怀怨恨，把过错归到有关门。对此应加以制裁，以明法度”把褚粲等人都免除职。

桓玄哥哥的儿桓歆，聚众向历发，祖命令辅国将军诸葛长民击打退了他。无忌、规在桑落洲打败桓玄的大将郭铨等人，各军前占据寻。加授祖为都督江州诸军事。桓玄回到塑业呈幽后，大量聚集兵，征召军制造战船、械，率领军队二万人，挟持天从江堕发，从昼辽东下，同冠军将军刘毅等人在峥噬洲相遇，各军下船击，大败桓玄。桓玄抛下众，又挟持天返回江陵。桓玄的同党殷仲文侍奉置鱼二位皇后回到京城。桓玄到达江陵，随即向西逃跑。南郡太守王腾之、荆州别驾王康产侍奉天南郡官府。起初征虏将军、益州刺史王，派遣堂孙违之和参军费垣护送弟弟的霞柩束下，有兵士二百人。璩弟弟的儿脩之当时任旦玄的屯骑校尉，诱骗但玄蜀。到达枚回，壹区和违之迎上前击桓玄。益州督护冯迁斩下旦玄的首级送到京城。又在江陵街市斩杀桓宣的儿但昼。