逆党数千人，晨袭江陵城，居民竞赴之。腾之、 康产皆被杀。桓谦先匿于沮川，亦聚众以应。振为玄举哀，立丧廷。谦率众官奉玺 绶于安帝。无忌、规既至江陵，与桓振战于灵溪。玄党冯该又设伏于杨林，义军 奔败，退还寻。兗州刺史辛禺怀贰。会北青州刺史刘该反，禺求征该，次淮， 又反。禺长史羊穆之斩禺，传首京师。十月，祖领青州刺史。甲仗百人殿。

刘毅诸军复至夏。毅攻鲁城，规攻偃月垒，皆之。十二月，诸军平 陵。义熙元年正月，毅等至江津，破桓谦、桓振，江陵平。天反正。三月，天 至自江陵。诏曰：

古称大者天地，其次君臣，所以列贯三辰，神人代序，谅理本于造昧，而运周 于万叶。故盈否时袭，四灵通其变；王或昧，贞贤拯其危。天命所以永固，人心 所以攸穆。虽夏、周中倾，赖靡、申之绩，莽、载窃，实二代是维，或乘资藉号， 或业隆异世，犹诗书以之休咏，记策用为谈。未有因心抚民，而诚发理应，援神 于已沦，若在今之盛者也。朕以寡昧，遭家不造，越自遘闵，属当屯极。逆臣桓 玄，乘衅纵慝，穷凶恣，滔天猾夏。遂诬罔人神，肆其篡。祖宗之基既湮，七 庙之飨胥殄，若坠渊谷，未足斯譬。

皇度有晋，天纵英哲，使持节、都督扬徐兗豫青冀幽并江九州诸军事、镇军将 军、徐青二州刺史，忠诚天亮，神武命世，用能贞明协契，义夫响臻。故顺声一唱， 二溟卷波；英风振路，宸居清翳。暨冠军将军毅、辅国将军无忌、振武将军规， 舟旗遄迈，而元凶传首；回戈叠挥，则荆、汉雾廓。俾宣、元之祚，永固于嵩、岱； 倾基重造，再集于朕躬。宗庙歆七百之祜，皇基载新之命。念功惟德，永言铭怀。 固已冠开辟，独绝终古，书契以来，未之前闻矣。虽则功靡尚，理至难文，而 崇庸命德，哲王攸先者，将以弘制治，关盛衰。故伊、望膺殊命之锡，桓、文 飨备之礼，况宏征不世，顾邈百代者，宜极名之隆，以光大国之盛。而镇军谦 虚自衷，诚旨屡显。朕重逆仲父，乃所以愈彰德也。镇军可位侍中、车骑将军、 都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。显祚大，启兹疆宇。

祖固让；加录尚书事，又不受，屡请归籓。天不许，遣百僚敦劝，又亲幸 公第。祖惶惧，诣阙陈请，天不能夺。是月，旋镇丹徒。天重遣大使敦劝， 又不受。乃改授都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，并前十六州诸军事，本官 如故。于是受命解青州，加领兗州刺史。

卢循浮海破广州，获刺史吴隐之。即以循为广州刺史，以其同党徐覆为始兴 相。二年三月，督、广二州。十月，祖上言曰：“昔天祸皇室，狡纵篡，臣 等义惟旧隶，豫蒙国恩，仰契信顺之符，俯厉人臣之愤，虽社稷之灵，抑亦事由众 济。其翼奖忠勤之佐，文武毕力之士，敷执在己之谦，用亏国之大，辄申摄众军 先上，同谋起义，始平京、广陵二城。臣及抚军将军毅等二百七十二人，并后赴 义都，缘大战，所余一千五百六十六人。又辅国将军长民、故给事中王元德等 十人，各一千八百四十八人，乞正封赏。其西征众军，须论集续上。”于是尚书奏 封唱义谋主镇军将军讳豫章郡公，邑万，赐绢三万匹。其余封赏各有差。镇军 府佐吏，降故太傅谢安府一等。十一月，天重申前令，加祖侍中，号车骑将 军、开府仪同三司。固让。诏遣百僚敦劝。三年二月，祖还京师，将诣廷尉；天 先诏狱官不得受，诣阙陈让，乃见听。旋于丹徒。

闰月，府将骆冰谋作，将被执，单骑走，追斩之。诛冰父永嘉太守球。球本 东郡史，孙恩之，起义于长山，故见擢用。初，桓玄之败，以桓冲忠贞，署其 孙胤。至是冰谋以胤为主，与东太守殷仲文潜相连结。乃诛仲文及仲文二弟。凡 桓玄余党，至是皆诛夷。

天遣兼太常葛籍授公策曰：“有扈滔天，夷羿乘衅，节纪，实挠皇极。 贼臣桓玄，怙肆逆，乃摧倾华、霍，倒嵩、岱，五岳既夷，六地易所。公命世 英纵，藏待时，因心资敬，誓雪国耻。慨愤陵夷，诚发宵寐。既而岁月屡迁，神 已远，忠孝幽寄，实贯三灵。尔乃介石胜机，宣契毕举，诉苍天以为正，挥义旅 而一驱；奔锋数百，势烈激电，百万不能抗限，制路日直植城。遂使冲鲸溃，暴 鳞奔汉，庙胜远加，重氛载涤，二仪廓清，三光反照，事遂永代，功开辟，理微 称谓，义朕心。若夫为济，犹縻厥爵，况乃诚德俱，勋冠天人者乎！是用 建兹国，永祚山河，言念载怀，匪云足报。往钦哉！俾屏余一人，长弼皇晋， 风垂祚，晖烈无穷。其降承嘉策，对扬朕命。”十二月，司徒、录尚书、扬州刺史 王谧薨。

四年正月，征公辅，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书、 徐兗二州刺史如故。表解兗州。先是，遣冠军刘敬宣伐蜀贼谯纵，无功而返。九月， 以敬宣挫退，逊位，不许。乃降为中军将军，开府如故。