将士不会替他卖命，常常有回兵的想法。军队过了寻，却不见东面司元显的人，桓玄的主意才定。于是就击鼓行军向前发，径直到达姑熟，又攻克历。刘牢之派儿刘敬宣到桓玄那里请求投降，桓玄大喜过望，给刘敬宣设置酒宴以示迎。桓玄至新亭，司元显丢弃战船，退国堂，在宣门前列阵以待。司元显想要挟持司德宗战，但军队中自相惊扰，说是桓玄已经到了南桁，只得退兵回到中。到了中堂，元显军一时间崩溃逃散。司元显逃往东府，只剩张法顺一人跟随他。桓玄于是受任为侍中、都督中外诸军、丞相、录尚书事、扬州牧、领徐州刺史，持节、荆江二州刺史，公的爵位仍照旧；赐予黄钺、羽葆、鼓、班剑二十人等仪仗；置左右长史，设从事中郎四人；准带甲仗二百人殿。于是将司逮捕付廷尉，黜为庶人，迁徙到安城郡；诛杀司元显和他的儿，以及豫州刺史司尚之、吏郎袁遵、张法顺等人。又在豫章消灭了庾楷。把司尚之的弟弟丹尹司恢之、辅国将军司允之，以及王国宝、王绪的几个儿都贬徙到州和广州。任命刘牢之为会稽内史，打算解除他的兵权。当初，刘敬宣已经投降，随桓玄东府，到这时要求回去。桓玄希望刘牢之受命于自己，就送他回去了。刘敬宣回来以后，刘牢之知自己将不会幸免于祸，就想要袭击桓玄，但下全都逃离四散，只得从班渎往北逃走，在新洲自缢亡。他的首级被送到建业。刘敬宣逃到长江之北。

桓玄禀告司德宗，实行大赦，把年号改为大亨。桓玄让了丞相、荆江徐三州刺史及录尚书事的职位。朝廷改授他为太尉、都督中外、扬州牧、领平西将军、豫州刺史等职；赐给绿绶带，加衮冕之服，享受佩剑穿履朝见皇帝的待遇，朝时不需快步行走，赞拜时不需自报姓名，增加班剑六十人，准带甲仗二百人随之殿。桓玄于是镇守姑熟。不久就大兴土木建造府第，外游猎没有限度，理政务朝令夕改，骄奢纵，聚集朋党，败坏朝廷内外法制。一切朝政都要向他征询，小事则决断于左仆桓谦和丹尹卞范之。桓玄加重征收三吴富室的赋税，用来赈济饥民，但还是无济于事。东各郡由于连年兵战遭到掠夺，以致大闹饥荒，百姓死亡众多。三吴地区民减少了一半，会稽则只剩十分之三四，临海、永嘉的人几乎全都死亡或逃散。原先的富室人家都穿着轻的丝绸，佩带着金玉饰，关上门相守而死。

桓玄自封为豫章郡公，邑安成七千五百；后封为桂郡公，邑二千五百；本封南郡公照旧。不久他毒杀了司。桓玄削夺了司德宗享受的供奉待遇，一切都尽量简单陋，使他接近于饥饿受冻的地步。虽没有弑杀，但君臣的统已经完全不顾了。桓玄又位为大将军，增加前后羽葆鼓等仪仗，奏事时不报姓名。又上奏请求自己统率诸军，命各边境地区的蕃兵扫平关、洛，司德宗未予准许。桓玄本来没有资历和能力，但却喜说大话，既不履行手续，就说是奉诏行事。桓玄没有别的什么置，只是事先就制作打仗行军时的服装玩，并制作装书画用的。有人劝他说：“今日的行，必然是有征无战，辎重之自然会准备充足一同运走，不必烦劳又另外去制造。”桓玄说：“书画服玩等，应当经常带在边，况且下兵凶战危，倘若有意外，也便于运送。”众人听了都笑他。

桓玄所亲信倚仗的人，惟有桓伟而已，先前想把他征召回来，作为自己的辅佐。桓伟死了以后，桓玄甚为恐慌不安。起初，桓玄常常因为他父亲王业垂成，而自己年富力，不能振兴前辈造就的王业，心里总是满怀愤慨。到司昌明死后，他就有了志在四方的心怀，攻下建业城以后，就再也没有居人之下的心思。及至桓伟死去，他忧惧自己一个人力量单薄，越发想要尽快地成就大业。卞范之之，既担心事态有变，又希望从中谋得私利，就一起促桓玄行事，殷仲文等人甚至已经撰写整理好各策书命令。司德宗又加授桓玄为相国，总领文武百官，封赐他南郡、南平、宜都、天门、零陵、桂、营、衡、义、建平十郡为楚王，备九锡之礼，扬州牧、领平西将军、豫州刺史等职照旧。派司徒王谧授予他相国的印绶，光禄大夫武陵王司遵授予他楚王的玺策。司德宗先派百官前去迎请，又说要亲自前去敦请。十二月，司德宗将皇位禅让给桓玄，桓玄大赦所，称年号为永始元年(403)。起初要改年号为建始，左丞王纳之说：“建始，是晋代赵王的年号。”于是就改为永始，又和王莽始贵之年类同。

桓玄建业中，突然逆风迅疾猛烈，旌旗、服章、仪饰全被大风倒。这一月天气酷寒，这一天尤其寒冷。桓玄即位后多行苛政而有时施以小惠。他迎奉桓温的神主送太庙。桓玄一向行游猎没有节制，到这时就不再外。他在殿堂上设置金匾、苏和绛纱帐，装饰得颇像运载棺木的车需车和王莽的仙盖。太庙之祭和郊祀之祭都只行两天而已。还有，桓玄的庙祭不及于祖辈，因为他的曾祖父以上名位不显著，所以不予排列次序。而且由于王莽曾立九庙，被前人史书所讥讽，他就只立一庙来加以矫正。他还毁坏晋朝的小庙，用来修造台榭。他庶母的祭祀之位，没有定所。侮慢祖先忘掉亲情，当时的人们都知他不会长久。这一月，桓玄游南，一阵旋风刮走了他车上的仪盖。他就想制造一辆大车，使它能容纳三十人坐，用二百人推拉。桓玄骄逸荒纵，不顾时事，奏案积压，全不览阅；有时过问小事，代替史官亲手注记，代替令史自撰文书，随意变动制度，主的官员应接不暇。从早到晚外游猎，文武官员困乏不堪。直侍的官员，都把系在禁之内；休假的官吏，都留下来充当建筑的差役。朝中之士劳憔悴，天下百姓财力殆尽，民众当中盼望动的，十就有八。