己父母家里有百里之遥，每次她到鱼菜果之类味佳肴，一定要仆人送些给父母吃，然后她才开始用。甄琛母亲丧服没有满期，父亲又去世了。琛在父母坟茔内，亲手下松柏，隆冬腊月，挖土挑。乡亲父老十分同情他，都来帮忙。十多年中，坟墓修好，树木葱荣。甄琛与弟甄僧林发誓兄弟二人一起生活到老。在家乡买田置产，亲自耕，经常呼鹰唤犬，门打猎，借以自娱。朝廷有什么大事，还上书陈奏。

过了很长时间，皇帝又任命他为散骑常侍，领给事黄门侍郎、定州大中正。又大为皇帝亲近幸，黄门内大小事情，全权由他负责，则参与尚书事务，则为皇帝谋划策。甄琛，祖时兼任过主客郎一职，迎送萧赜使彭城刘缵，甄琛钦佩刘缵的才气风度，经常言于歌诗。刘缵的儿刘日折任朐山驻守长官，日折死之后，家属迁洛。刘日折有个姑娘，年龄不到二十岁，而甄琛当时已经六十多岁了，他娶姑娘为妻。结婚那天，皇帝下诏为甄琛办酒宴，甄琛十分兴，世宗经常为这老少开甄琛的玩笑。卢昶在朐山战败之后，皇帝下诏让甄琛前往检察调查。

后迁任河南令尹，加平南将军，黄门侍郎、大中正官职照旧。甄琛上表说：“《诗》说：‘京邑翼翼，四方是则。’说的是京师是国家四方的本，社稷安危都依赖它，不可不清正。所以，从前国都在代州时，祸患不断、盗贼众多，世祖太武皇帝亲自发愤图安，广泛设置主司、里宰等官职，这些官员都从那些令长及五等男爵的后代有谋略的人中提。又广设吏卒武士，为其羽翼，提他们的待遇，尊重他们的劳动，这样，不安定因素才得以消除。而今迁都以来，国土面积增加，四面八方，赴会京都，事情超过都代郡的时候，天下人士，杂集京师，难以一一查明掌握，以致寇盗公行，劫害行为不断现，究其原因，是因为行市混杂，难分鱼虾，有关门暗昧弱，不能胜任检查纠察责任必然产生的结果。大凡要人对付的木，必定要为他选择好的工。现在的河南郡是陛下您的木，各人盘错节，混杂在一起。六里尉等门官员便是攻的利，不是贞直刚锐利无敌的，则无法治理好京都。现在陛下您选择的令尹既不是良才，里尉等官也是柔的铅刀，而陛下想要整顿京邑，恐怕难以达到预期目的。里正是外四品之职，职位轻贱，责任琐屑，大都是下等官员，人人苟且偷安，不能行使督察之责，所以才使得盗贼邪横行霸，各赋税，失去常理。而边外小县，所统领的人数不过百十来，但往往却以将军任职。京都诸坊，大的有千、五百之众，而且其中居住的都是王公卿尹、皇亲国戚之类官显贵，豪绅猾吏，仆役隶，杂居其间，这些达官贵人往往私养恶之人，而他们门广宇，不能随便预。还有州郡侠胆的人，客居京都，私自结贵戚，连群结党，暗地里欺行霸市，这比起边境小县，情况要复杂得多。现在朝廷以边事为难，京师治理容易，实在是不妥的法。大凡王都制定法律，都据情况随时有所改变，改弦易调，是明主当务之急。先朝确立品位下，不是一说就定下来，而是据实际情况，不合实际便着手更改。现在清闲官职，犹且官兼任，况且烦杂重要的事务，怎能虎虎、拈重如轻，随便委职呢？我请求选取武官当中八品将军以下忠直的人，以本官待遇，任里尉之职，各自享受其应得俸禄，的任六尉，中等的任经途尉，下等的任里正。如不这样，臣请求稍稍提里尉官职品位，选择本下品中的本应升迁的人，充当此项官职。如果这样，则会让他们职重责任也大，京师就会气象太平，陛下边就会安定。”皇帝下诏说：“里正可品位于勋品，经途官员从九品，六尉从正九品官员中提，就不必从武将中选这些官员了。”甄琛又启奏皇上以羽林军作为巡逻力量，巡逻在坊巷之间，纠察盗贼。从这以后，京都治安秩序大为好转，至今仍太平无事。

转任太少保，黄门侍郎官职依旧。大将军肇讨伐蜀，皇帝任命甄琛为持节使，代抚军将军，统领步、骑兵四万人为前锋都督。甄琛队到了梁州獠亭时，适逢世宗逝世，班师回朝。肇死了之后，朝廷认为甄琛是肇党人，不宜再参与朝政，便命他为营州刺史任外职，加安北将军。一年后，让光禄大夫杨思穆代替他的官职，当时甄琛都六十五岁了，于是他在中山闲居，很久以后，才到京城。被任命为镇西将军、凉州刺史，朝廷仍然认为他与肇过从密切，不愿让他留在京师。不久又征召拜授太常卿，仍然以本将军任徐州刺史。等到京辞别肃宗，甄琛以年老弱为由不愿赴任，皇帝下诏任他为吏尚书，将军职位照旧。不久，又命为征北将军、定州刺史，衣冠锦绣，游历治地，心情大为舒畅。甄琛治州严厉刻苛，没有声誉。崔光不愿接受司徒之职，甄琛给光写信，表面贬责，实际附和。崔光揣度他的意图，回信称赞以取悦于他。不久又征召京，授予车骑将军、特等衔，又授官侍中。因他衰老，皇帝下诏赐给他御府杖，每天早晨拄杖上朝，禁中。