之与其长史褚胄等自寿前来投降，萧宝夤请军立即前去受降。魏世宗以宝夤所述十分诚恳以及伯之所述，觉得时不可失，景明四年(503)二月，世宗于是召集级官员到内讨论署兵力的方法。四月，除萧宝夤为使持节，都督东扬、南徐、兖三州诸军事，镇东将军，东扬州刺史，丹郡开国公，齐王，置兵力一万人。任命文智等三人为积驽将军，文荣等三人为驽将军，都为军主。萧宝夤虽然少被俗所羁，但他志雅重，过了丧服之期他仍然不酒，惨形悴，蔬衣，从不嬉笑。等到受命南伐，贵臣显要多前来凭托，他府上门宾客若市，掌书写记录的官员也相寻而来，萧宝夤接对应答，分毫不失其理。

正始元年(504)三月，萧宝夤到了汝，东城已被攻陷，于是停驻在寿栖贤寺。这时，正逢敌姜庆真侵犯国境，老百姓纷纷归附，敌人围寿，攻占据守在外城。宝夤亲穿战甲，率领下打击敌人，两军自四更战，战斗持续到第二天晚上申时，敌人越来越多。萧宝夤因兵少无援，退兵金城。然后，又率军相国东门，督军力战，才把敌人打退。萧宝夤寿一战，勇冠诸军，闻见之人无不觉得他非常英勇。七月，还军京师，朝廷改封其为梁郡开国公，邑八百。

等到中山王元英南伐，萧宝夤又上表请征。于是朝廷任命他为使持节、镇东将军、别将以继元英，备羽林、虎贲五百人。与元英一起频频破败萧衍队，乘胜又攻打钟离。可正逢淮河洪泛滥，萧宝夤与元英狼狈引退，士兵被淹死的十成有四五成。有关门启奏萧宝夤据守东桥不力，才导致军败，理应之以极刑。帝诏曰：“萧宝夤因难投诚，宜假以宽贷，可免死，免官削爵放还归家。”

不久，萧宝夤娶南公主，帝赐帛一千匹，并赐给礼。公主有妇德，侍奉萧宝夤竭尽夫妇之礼，虽然二人成亲多年，而她仍恭敬如初。萧宝夤每每回家室，公主必定站在门等着他，相遇如宾，不是太妃病重，她从来没有回娘家去过。宝夤情温顺，待妻以礼，奉敬公主，夫妻和和睦睦，清河王元怿看在里，亲近而看重他。

永平四年(511)，卢昶攻克萧衍朐山戍，让琅笽戍主傅文骥驻守那里。萧衍派兵攻打傅文骥，卢昶督军救助，皇帝下诏让萧宝夤为使持节、假安南将军、别将，长驱救战，听从卢昶调遣。帝赐给帛三百匹，世宗在东堂与他饯别。诏书曰：“萧衍送死，连兵再犯我境，卿忠规内树，孝诚外亮，此番前去，必鞭尸吴墓，戮衍江，因此授卿以总统之职，朕完全依仗卿而静候喜报，卿应勉力征战。”萧宝夤回答说：“仇耻未报，枕戈待旦，为臣虽无申包之志，但臣不敢忘伍胥报仇之心。而今仰仗陛下神谋，为臣督促将帅，誓必摧敌气势，完成君王重托。陛下亲为臣饯行，为臣不胜泣。”说着泪如雨下，哽咽良久。后来，卢昶军队惨败，只有萧宝夤全师而还。

延昌初年，朝廷提他为安东将军、瀛州刺史，复其齐王爵位。延昌四年(515)，迁任抚军将军、冀州刺史。等到大乘发生叛，萧宝夤派兵讨伐，屡屡被敌人战败。大军到后，灭了敌人。灵太后临朝，萧宝夤大军还归京师。

萧衍派他的将领康绚在浮山拦起堤坝，蓄淮河准备淹扬州、徐州。朝廷提升萧宝夤为使持节、都督东讨诸军事、镇东将军以讨伐康绚。不久又封他为梁郡开国公，封邑在济州濮。熙平初年(516～517)，敌人修成坝，淮河，看就要危及扬州、徐州，萧宝夤在堰坝上游，更开新渠，引注淮泽，势稍微减小。他又派轻车将军刘智文、虎威将军刘延宗率领千余名壮士，乘着黑夜渡过淮河，放火焚烧敌人的竹木营寨，攻破敌人三营垒，斩杀俘获敌人数千名，斩杀敌人的直。。将军王升明后还归本营，大火连烧数日。萧衍将领垣孟孙、张僧副等率军三千人，渡过淮河，北攻统军吕叵。萧宝夤派府中司元达、统军魏续年等率军攻打，消灭了敌人，孟孙等人奔散退去。朝廷授他为左光禄大夫、殿中尚书。萧宝夤又派军主周恭叔率领数百壮士，乘夜晚渡到淮河以南，焚烧萧衍的徐州刺史张豹等十一座大营，敌人受到惊扰，互相杀害的很多。萧宝夤还归京城，又被朝廷除任为使持节、散骑常侍、都督荆、□、东洛三州诸军事、卫将军、荆州刺史。宝夤未前去就任，又被任命为殿中尚书。