仁寿四年(604)正月十九日，大赦天下囚犯。

二十七日，祖巡幸仁寿。

二十八日，祖下诏令赏罚支度使，将大小事情，一起给皇太。

四月乙卯日，祖不适。

六月初六，大赦天下囚犯。

有星现在月中，数日才隐退。

在雁门发现长人。

七月初一，太青无光，八天才恢复正常。

初五，祖任命太将军段文振为云州总。

初十，祖因病重，躺在仁寿，与文武百官诀别，并握手叹息。

十三日，祖在大宝殿逝世，享年六十四岁。

祖在遗诏中回顾了他一生的经历，叙说了废杨勇、杨秀为庶民的原由，并盛赞杨广，嘱咐他克勤克俭，灵活掌握法度，不辜负重任。

二十一日发丧。

河间四株杨柳无故叶落，不久又叶复生。

八月初二，祖的灵柩从仁寿运到朝堂。

十二日，将灵柩停放在大兴前殿。

十月十六日，将祖安葬在太陵，与独孤皇后同坟而异。

祖情严肃认真，有威容，外表质朴木讷而心地聪明捷，有很大的谋略。

即位之初，民心不向，众幼弱，朝内有六王谋反，朝外有三方之。

且掌握兵、盘据重镇的都是北周的旧臣。

祖推心置腹，使他们各展效用。

不过一月，平定三方之。

不到十年，统一四海。

同时，祖又减轻赋税，放宽刑罚，对内修明法度，对外安抚四夷。

每日早朝，日西还不觉得疲倦。

起居和服用玩，一定保持节俭，令行禁止，上下同一。

开皇、仁寿年间，男人不穿绫罗绮，也没有金玉作为装饰，常穿麻大布，装带也不过用铜铁骨角罢了。

祖吝惜财，但对于赏赐有功之臣，却从不吝啬。

乘车外，路逢上表之人，祖就令停车亲自询问。

有时暗中派遣官员了解各地风俗，对于官吏的政绩，民间的疾苦，无不留意。

曾遇上关中饥荒，祖派近臣考察百姓饮，听说他们吃豆末和糠时，竟在群臣面前泪，自责，因为这事祖整整一个月没有用酒。

等到东拜泰山，关中百姓到洛就的，沿路不绝。

祖下令，不得威驱赶百姓，让他们夹杂在侍卫之间。

碰上扶老携幼的，祖就引让开，对扶携老幼表示勉励。

到艰险之，发现挑担的，就令左右侍从帮助。

对阵亡将士的家属，一定行优抚，并多次派使者到烈士家中问。

祖自不息，孜孜不倦，以至人兴旺，国家殷富。

虽未达到盛世的程度，但也足以可以称得上近世的贤君。

但祖天好猜忌，平素不好读书，又喜打小算盘，不识大，所以忠义之臣没有能够竭忠尽义的。

那草创之初的元勋及有功的众将，要么被杀灭族，要么因罪被免职，要么被迫隐退，很少有幸存的。

祖又不喜诗书，废除了学校，只听从妇人之言，废免众。

祖到晚年，执法更酷，而且喜怒无常，杀戮过当。

祖曾令侍从护送西域来朝上贡的使者玉门关，侍从所到之，有时接受地方长官赠送的鹦鹉、鸄、鞭之类的礼，祖听说后也大怒。

又到武库去看，发现官署里杂草丛生，荒废不堪，于是将武库令和那些接受赠的人，推开远门外，亲自看见他们被死，死者有几十人。

又常常暗派人去贿赂令史和府史，对接受贿赂的，一定死，没有从宽理的。

论者因此而轻视他。