四更的时候无雨而江暴涨，众军乘着一齐前，大声鼓噪着向加湖攻击，守军很快就大败溃退，吴等逃窜，军众都淹死在江里，王茂俘虏了其余的残兵，凯旋而归。郢、鲁二城互相对视，丧失了元气。

在此以前，东昏派遣冠军将军陈伯之镇守江州，为吴等人行声援。武帝对诸将说：“征讨不一定需要实力，所听的只是他的威势名声。现在加湖的失败，谁不慑服。陈武牙就是陈伯之的儿，狼狈逃归，那里的人情，理当十分恐惧。我说九江传送檄文就可以平定。”于是命令搜查所抓到的俘虏，找到了陈伯之所辖的禁军主将苏隆之，厚厚地加以赏赐，让他去传达命令。

二十六日，鲁山城主孙乐祖投降。二十七日夜，郢城有数百个人过了城墙，而且在哭泣，于是投黄鹤矶，大概是本城的灵。等到天明，该城城主程茂、薛元嗣派参军朱晓请求投降。武帝对他说：“城中自然可以不知天命，为什么总是在骂？”朱晓说：“明公没有细想，夏桀的狗何尝不对唐尧狂吠呢？”起初，郢城关闭，将官文武男女人十余万人，疾病行死去的人有十之七八。等到城门打开，武帝都加以抚恤，命令发给那些死者棺材。

东昏侯听说郢城丢失，为了守城考虑，挑选了左右二尚方和二冶的囚徒充实军队。那些不可活命的，在朱雀门内每天斩首一百多人。尚书令王亮苦苦劝谏，也不听从。陈伯之派遣苏隆之回复命令，请求不要上军。武帝说：“听陈伯之这话，心里首鼠两端，可以在他犹豫的时候一步迫他。”于是命令邓元起当天沿江而下。八月，天派遣黄门侍郎劳军队。武帝登上舰船，命令各路军将依次登陆，留上庸太守韦睿守卫郢城，主州中政事。邓元起将要到达寻，陈伯之很害怕，便收兵退保湖，留下他的儿陈武牙守卫盆城。等武帝到达，才放弃抵抗，主动请罪。

九月，天诏令武帝平定东夏，可以据情况行事。前方军队屯驻在芜湖，南豫州刺史申胄抛弃姑熟逃走，到现在大军占了这座城市。自从由雍州发，武帝所乘的舰船一直有两条龙在导引，左右的人没有看不到的。沿路迎的百姓，都像披着棉衣一样温。便派曹景宗、萧颖达率领骑兵和步兵屯江宁。东昏侯派遣征虏将军李居士迎战，曹景宗把他击溃。于是王茂、邓元起、吕僧珍占赤鼻逻，曹景宗、陈伯之作为动队。这一天，新亭城主江林率兵战，众军在阵地上把他捉住。大军驻扎在新林，建康城的士人平民倾城而至，送款或者用血写信。武帝命令王茂占越城，曹景宗占领皂荚桥，邓元起占领士墩，陈伯之占领篱门。江林的残兵退到大航以南，对他行追击，于是重又溃散逃走，退保朱雀，凭借淮河固守。当时李居士还占据着新亭垒，请求东昏侯烧掉南岸村镇的房屋，以开辟战场。从大航以西，新亭以北，都然无存了。

十月，东昏侯石城的军主朱僧勇归降。东昏侯又派遣征虏将军王珍国在航南大路列阵，全备兵和锐利的武，尚有十余万人，太监王伥手持白虎幡监督各路军队。王茂、曹景宗等成犄角形式向他们攻，王珍国的军队，一时间土崩瓦解。众军追击他到宣门，李居士献新亭垒，徐元瑜献东府城投降，石城、白下各军一并夜间溃退。二十一日，武帝兵镇石城，命令众军围攻六门。东昏侯把门内一切全烧掉，驱赶营署官府都城内，有兵二十万。青州刺史桓和欺骗东昏侯战，从而投降。在此以前，俗语称暗中互相欺骗的人为“和欺”现在梅虫儿、茹法珍等人说：“今天败在桓和的手里，可以称作是和欺了。”武帝命令各军筑起长围。

起初，众军近，东昏侯派遣军主左僧虔镇守京、常僧景镇守广陵、李叔献屯驻在瓜步。等申胄从姑熟逃归，又派他屯驻破墩，作为东北的声援。到了现在武帝派人劝导，都已经投降。武帝便派弟弟辅国将军萧秀镇守京，辅国将军萧恢屯驻破墩，堂弟宁朔将军萧景镇守广陵。吴郡太守蔡夤弃郡投降。

十二月初六，兼卫尉张稷、北徐州刺史王珍国杀掉了东昏侯，当天夜里就用黄油裹着人送到了军中。武帝命令吕僧珍、张弥统率军队封存仓库和图书。武帝于是京城，拘捕了妾潘妃，把她死，同时死了凶党王亘之以下的四十八名属官，把女二千人，分别赏给将士。宣德皇后命令追废涪陵王为东昏侯，任命武帝为中书监、大司、录尚书、骠骑大将军、都督、扬州刺史，封建安郡公，邑一万，给仪仗四十人，黄钺、侍中、征讨诸军事的职务依然不变。依照晋朝的武陵王司遵秉承皇帝意旨的先例，百官向他致敬。十九日，武帝屯驻阅武堂，下令大赦。二十六日，殿内镇守。这一天，凤凰聚集在建邺。又下令：“凡是昏庸的诏令、荒谬的赋税、刑滥役，外官可以详细检查以前的来源，全除。那些主者散失，各损耗的，要细地建立条例，一律照原来的章程。”二十七日，派遣豫州刺史李元履率兵五千人劳东十二郡。

中兴二年(502)正月初二，下令：“系统检查尚书等门在东昏侯时期各诉讼案件不合理的和主者停留不及时施行的，详加审辨，依照事理上奏。那些义军中临阵牺牲、疾病死亡的，都要加以安葬，收养他们的遗孤。”初五，天派遣兼侍中席阐文、兼黄门侍郎乐法才劳京城。追赠武帝的祖父为散骑常侍、左光禄大夫，武帝的父亲为侍中、丞相。初六，下令：“朱雀之捷，那些送死的逆徒，特别准许家人给予装殓埋葬；如果没有亲属，或者家贫困，两县的长官就替他们埋葬。建康城内那些不知天命、自取灭亡的人，也同样用这办法理。”又下令减少虚浮费用，除非奉献祭品，制作冠冕，练习礼乐的仪式，修造军用资，此外一概禁绝。皇中的官署，要酌情撤销和简，命令之外详细地作安排。