僧辩对他说：“你受国家重恩，却伙同叛贼，今天这事情，你说怎么办呢。”于是命令把他解送江陵。伯超被押去后，僧辩环视座中的客人说：“朝廷从前只知有赵伯超，哪里知有王僧辨呢。国家已经覆亡，被我复兴起来，那么人的贵贱祸福，有个什么准呢？”宾客们都上前称颂他的功德，僧辩到失言而害怕，就谎称：“这都是圣上的威德，将帅们效力，老夫虽充数当了主帅，又有什么功劳呢。”侯景之被全平定。

梁元帝萧绎即位，委任王僧辩为镇卫将军、司徒，加班剑仪仗二十人，改封永宁郡公，侍中、尚书令职务不变。

起先，天监年间和尚宝讠志有谶语说：“太岁龙，将无理。萧经霜，草应死。余人散，十八。”当时人们说萧氏要灭亡，李氏代而兴起。到后来湘州贼人陆纳等人攻衡州战败刺史丁贵，而李洪雅又从零陵兵，声称帮助讨伐陆纳。朝廷摸不透他的心思，下诏征调王僧辩隶属宜丰侯萧循南征，作都督统率东的军事。让陈霸先作都督统率西军事。起先，陈霸先把都督职位让王僧辩，僧辩不接受，所以元帝就分设东西二都督而共兵南征。不久李洪雅投降陆纳，陆纳以为李洪雅应了以前的符命，于是与众人共议拜洪雅为大将军，尊奉他为君主。洪雅乘坐平肩大车，纟散盖、鼓、羽仪等皇家仪仗齐备，前呼后拥长沙城。当时陆纳等人占据车江，夹岸筑城，士卒都是经百战，甲良，党徒勇悍，各战船遮蔽江面。当时天气晴朗，没有一儿云雾，军队要发时，忽然风雨骤起，当时人们称之为“泣军”，百姓们私下都说陆纳要败亡。三月二十八，有两条龙从城西江中腾跃升天，五分明，遥遥倒映在江面上。百姓都仰面观看，父老们有人聚在一起伤心，相互私语说：“地龙已经走了，恐怕国家要亡了。”开初，陆纳造大舰，有一条名叫三王舰的，邵陵王萧纶、河东王萧誉、桂嗣王萧忄造三人都被元帝害死，所以把他们的像立在舰船上，用太牢祭祀，给它们加节盖羽仪鼓等帝王仪仗，每临战都要先祭奠他们以求保佑。又造有二舰，一名青龙舰，一名白虎舰，都蒙上，各十五丈，挑选军中格外勇健的乘坐。僧辩不敢与之锋，便陆续筑连城贼兵。贼兵见不敢与他们锋，都放松了警觉。僧辩趁他们没有防备，亲自执掌旗鼓督战，贼兵大败，退回长沙自保。僧辩于是命令筑垒围困，并亲临前沿视察。贼兵见他没有防备，其党羽吴藏、李贤明等人以盾蔽直扑过来，僧辩在折叠椅上稳坐不动，指挥军士抵御，斩了李贤明，贼兵才退了回去。当初，陆纳造反，以王琳为借，说：“如果放了王琳就自动降服了。”当时各路军都没有答应他，而武陵王萧纪拥兵长江上游，内外恐惧。元帝就派王琳去和解陆纳，湘州平定。于是僧辩受命令合众军西征，不久武陵王兵败。

当时，北齐派郭元建打算偷袭建邺，又派大将东方老等人作后续。陈武帝听说，派人飞到江陵向梁元帝报告，元帝当下诏僧辩急赴下游援救。僧辩驻军姑孰，就留下来镇守，先命豫州刺史侯王真在东关筑垒抵御北军，又征调吴郡太守张彪、吴兴太守裴之横会合侯王真而大败北军。僧辩整饬队回到建邺。

承圣三年(554)二月，元帝下诏委任僧辩为太尉、车骑大将军。不久他母亲去世。他母亲姓魏，情很安详和气，善于待人接，家门内外没有人不怀念他。当初，僧辩被关在牢里，母亲泪徒步而行，要谢罪，元帝不见她，当时元帝的儿贞惠世萧方诸受恩，他母亲到他那里自言教无方，痛哭涕，在场的人都很同情他。等僧辩得到赦免，他母亲严厉地责备了他，声俱厉。虽然僧辩克复了旧都，功盖天下，他母亲却总是谦虚恭谨，不因富贵而傲视别人，朝内外的人们都称颂她，说她是个明智的女人。等她死时，很被大家怀念哀悼，况且因为僧辩功，因此丧礼特别隆重。元帝命侍中、谒者监护丧事，赠谥为“贞敬太夫人”灵柩将要归葬建康时，又派谒者到码吊祭。

那年十月，西魏派兵与梁王萧鮞合兵要袭击江陵，元帝派人到建邺征调王僧辩，委任他为大都督、荆州刺史。僧辩救兵未到，而荆州已破，元帝被杀。等敬帝初即梁王位，僧辩因为拥立有功，受命晋位骠骑大将军、中书监、都督中外诸军事、录尚书。与陈武帝参与谋划讨伐之事。

当时齐文宣帝洋又收纳被俘的贞侯萧渊明作为梁朝嗣主，为此给僧辩去信，萧渊明也多次给僧辩写信，谈论回国继帝位的事，僧辩不接受。等萧渊明和齐上党王涣到了东关，梁散骑常侍裴之横军败，僧辩这才打算接纳萧渊明回国，于是写信定下君臣的名分。派遣第七个儿王显、王显的儿王刘和他弟弟的儿王珍到齐国充任人质，派左尚书周弘正到历迎接萧渊明，又派吏尚书王通送去信函，请求把敬帝作为皇太。渊明回信答应。僧辩派使者送人质到邺城。萧渊明要求有齐国三千卫士渡江护送，僧辩怕生变故，只许跟随散兵千人，并派龙舟和皇帝的车驾去迎接。萧渊明渡江那天，僧辩的船停在江心，不敢靠北岸，等都过江后才在江宁浦会合。渊明即帝位，委任僧辩为大司空，兼任太太傅、扬州牧，其他官职不变。