免除辖区以内升明二年(478)以前的拖欠赋税。后来调任侍中、尚书令、都督、扬州刺史、骠骑大将军、开府仪同三司，封豫章郡王。

正赶上魏朝军队行动，诏令以萧嶷为南蛮校尉、荆湘二州刺史，统领八州。不久赠给油络侠望车。建元二年，赠给仪仗二十人。这年夏天，在南蛮园东南开建楼馆成立学校，上表说明情况。招收学生三十人，录取旧家族中父亲、祖父位居正副台郎的年龄二十五岁以下、十五岁以上的人来补足。设置儒林参军一人，文学祭酒一人，劝学从事二人。对老师行释菜礼。因为谷价格过贱，允许学生拿米作为抵钱，优等的每斛抵一百钱。义的盗统率张群亡命多年，击鼓行路行抢劫，义、武陵、天门、南平四郡的边界被他们破坏，沈攸之连年讨伐，没有捉住，于是便以脚当地加以任用。沈攸之起事，张群随从开往郢都，在路上首先叛变，在三溪集结营寨，倚凭溪行拒守。萧嶷派遗中兵参军虞欣祖为义太守，让他放下架去引诱捉拿他，备下厚礼赠给他，于是在座位上把他斩首，他的党羽都逃散，四方各郡获得安宁。

后来京担任中书监、司空、扬州刺史，统率二州，侍中职务保留不变，增加兵卒，增置僚佐，以军队先锋临川王萧映府中的文武官员给司空。萧嶷因为将要返回都城，修建官舍和路，规定东归的下不许携带州府的东西城。他从江津发，前来送行的男女数千人都掉下泪。萧嶷从江陵发染了疾病，到了都城还没有痊愈，皇上忧虑，为此而实行大赦，建元三年(481)六月二十四日的赦令就是。病痊愈后，皇上驾临东府，给他金石药，让他乘坐车到中六门散心。

武帝即位后，晋升为太尉，增加兵士和辅佐官员，解去侍中职务，增加仪仗三十人。建元年间，因为武帝办事曾经不合旨意，帝很有另立太取代嫡长的意思。而萧嶷侍奉武帝恭谨尽礼，不曾违抗过他的意见，所以武帝对他重很。他的格十分孝顺，帝逝世，哭泣过度，睛耳朵都血了。

永明元年(483)，兼任太太傅，解去了中书监职务。宋武帝以来，州郡的俸禄和各供给，大多随着当地的产，没有一定的标准。萧嶷上表请求明文确立标准，分别下达到四方，永远作为固定的制度，被采纳了。萧嶷不参与朝中事务，而言事或者密谋，多被信任采纳。服丧期满，加封侍中。据宋朝元嘉时期的制度，诸王斋阁，可以穿白衣帽拜见君主，只有了太极殿的四面厢房，才改穿朝服。近世以来，这些规矩都中断了。皇上与萧嶷是同母所生，互相友和睦，内的私宴，准许依照元嘉时的规矩。萧嶷决推辞，不接受命令；只有皇帝的车驾到他的府第去，才穿白衣服、乌纱帽来陪宴。至于衣服制度，常常是一切请示，什么事都不自己独断专行，务求减省，都没有被批准。又请示说：“北面府第中的旧住所，本来是很豪华的，臣往年建了一个小眠斋，都是补接建成的，不违背规格。主要是红柳松柏华，一时清新净，东府中又有这样的斋房，也是豪华的房屋，这样臣就顿时有了两住址，自己心中到非常不安。听说东的玄圃中，有一座柏屋，结构十分古拙，臣就想拆毁拿来献给太，不过这样不但说明以前得不对，而且补接很多，不可移动，也怕外面有人会说闲话，不知可有允许赠送东府斋房的理么？”皇上答复说：“看到来信，你劳累有病，而且不能行动，为什么还要写那样长篇的文字！”终于没有答应。

永明三年(485)，文惠太讲《孝经》结束，萧嶷请求解除太傅的职务，没有批准。萧嶷常常忧虑事情过于满盈，又利用宴会的机会请求解除自己的扬州刺史职务授给竟陵王萧良，皇上终于没有答应，说：“你这整个一生，都不要再多说了。”

武帝即位以后，频繁的颁发诏书拜谒皇陵，都没有落实，就派萧嶷去拜陵。回来的时候路过延陵季庙，观看井涌，有一冲自己下属的人群中，值勤的兵士把抓住要行追查，萧嶷不许，拿了绢纱一疋，横系在角上，放回到它的家中。他为政宽厚，所以很得朝内外人们的心。

永明四年(486)，唐宇之贼兵起事，萧嶷启奏皇上说：“这些小贼寇，完全是于凶蛮愚蠢，天网宏大，理不需要讨论。只是圣明的皇帝可以侥幸不遇上这事情。近来传闻，都说是有原因而造成这结果的。所有大大小小的士黎民，常常以小利奉公，不顾所损失的十分重大。揭发纳税中的取巧行为，督察救济中的微小漏，隐藏人丁，所有这些条例制度，实在会增加怨气。这些都是前的利益，不是天下大计。一家当中，尚且不能确，宇宙之内，怎能全理清！公家何尝不知人间有许多欺诈伪巧，古今正因为不可细碎计较，所以不再费力去。这样去的人实际上并不违背情理，但是识大理的人这样的百人中没有一个。陛下的弟弟、儿、大臣们尚且不能完全接受治理，何况是天下悠悠万千品第呢！怨恨积累，聚集党徒，凶暴昏迷，结为一类。如果只有一，不怕不能剪除，如果又有很多，便成纷局面。”皇上回答说：“欺诈伪巧哪里可以容许！宋代社会混，不就是因为这么？蚊蚂蚁哪里值得忧虑，现在都应该消灭。我正恨他们不把事闹大哩，又什么时候没有亡命徒呢！”后来他又下诏书允许那些人恢复登记。