。孝武帝到了寻，沈庆之和柳元景等人都奉劝他即皇帝大位，没有答应。贼人刘劭派遣沈庆之的门生钱无忌送信，劝说沈庆之解甲退，沈庆之抓住钱无忌，报告了孝武帝。孝武帝登基后，任命沈庆之为领军将军，不久派担任南兖州刺史，加任都督，镇守盱眙，封为南昌县公。

孝建元年(454)，鲁反叛，派沈庆之和薛安都等前往讨伐。薛安都临阵斩了鲁，晋升沈庆之封号为镇北大将军。不久与柳元景一齐任开府仪同三司，他持推辞，改封为始兴县公。沈庆之因为年满七十，持要求辞职，便安排他侍中、左光禄大夫、开府仪同三司。又决推让，甚至于叩自述，说话就泪。皇上不能勉，答应以郡公的份罢职回府，每月供给钱十万，米一百斛，二卫史五十人。

大明三年(459)，司空竟陵王刘诞占据黄陵反叛，又以沈庆之为车骑大将军、开府仪同三司，他持辞让南兖州刺史，加任都督，率领军队讨伐。刘诞派遣门客沈愍带着书信去劝说沈庆之，赠给他玉环刀。沈庆之让沈愍回去，斥责了刘诞的罪恶。沈庆之到了城下，刘诞登楼对他说：“沈公，您白之年，为什么还到这里来？”沈庆之说：“朝廷认为您狂妄愚蠢，不值得麻烦少壮将军，所以就让我来了。”沈庆之堵了护城河，挖掘攻的通，建造行楼土山和各攻。当时夏季下雨不能攻城，皇上让御史中丞庾徽之奏表免除沈庆之的官职来激他，而诏令并不追究。刘诞赠给沈庆之，提送的有一百多人，沈庆之并不打开，而把它们全烧掉。刘诞在城上投下函表，让沈庆之为他转送。沈庆之说：“我奉命讨贼，不能为你送表。”每次攻城，沈庆之就先士卒。皇上告诫他说：“卿担任着统率，应当是指挥有方，何须自承受弓箭和石呢？”从四月到七月，终于杀城中，斩了刘诞。晋升沈庆之为司空，他又持推让爵位。于是和柳元景一齐依照晋朝的密陵侯郑袤的旧例，朝会时沈庆之位次于司空，柳元景位在群公之上，给恤吏五十人，门前备行。

起初，沈庆之曾经在梦中带领仪仗队厕所中，沈庆之很厌恶厕的鄙陋。当时有善于占梦的人为他破解，说：“您必定会大富贵，然而并不在旦夕之间。”问他是什么缘故，回答说：“仪仗队当然就是富贵的表征，厕所中则是所谓后帝。知您富贵不在当朝的人主时期。”到了中兴成功，从五校到现在而登上三公的位。

大明四年，西的五蛮又寇贼，沈庆之以郡公的份统率军队讨平了他们。

沈庆之住在清明门外，有宅院四所，房屋非常华丽。又有园林在娄湖，沈庆之一夜之间带领孙迁居到那里，把宅院还给了公家，把亲戚中表都迁到了娄湖，各家的门都开在同一个院墙上。他广开田园产业，常常指着土地对别人说：“钱都在这里呢！”中兴后他享受着大型的封国，家财一向丰厚，产业累计万金，仆数以千计。两次捐献钱一千万、谷一万斛，因为始兴郡的封地质量好距离近，请求改封为南海郡，没有批准。他有妾十几人，全都容貌丽、技艺工。沈庆之悠闲无事，尽情娱，除了行朝贺，其他时间都不门。常常随从皇帝游览视察和打猎，骑在上动作凌厉，无异于青壮年。太妃献给孝武帝镂金的调羹、筷以及汤盂、饭勺，皇上都拿来赐给沈庆之，说：“酒的赏赐，应该以大夫为先。”

皇上曾经饮酒饮得很兴，便让群臣普遍地作诗，沈庆之略地有表达能力，但是手不能写，每当要签署文件的时候，则恨不识字。皇上着让他作诗，沈庆之说：“臣不知书，请让我授给师伯。”皇上就让颜师伯执笔。沈庆之授说：“微生遇多幸，得逢时运昌。朽老力尽，徒步还南冈。辞荣此圣世，何愧张房！”皇上非常兴，众人都称赞他的辞意之。

孝武帝逝世，沈庆之与柳元景都接受了顾命。皇帝的遗诏中说：“如果有大的军事征讨，都要给庆之。”前废帝即位，赠给沈庆之几案和手杖，给三望车一乘。沈庆之每次朝贺，常常乘坐猪鼻无幔车，左右的随从不过三五个骑士。在田园中步行，常常在农忙的月份亲自劳动，没有人随从，遇到的人不知他就是三公。等给了他三望车，他对别人说：“从前我常常步行在田园中闲逛，有人时和合成三个，没人时则和合成两个。现在座了这个车，还能到哪里去呢？”等赐给了他几案和手杖，都持推让。柳元景、颜师伯曾经去看望沈庆之，和他一块去田间游玩，柳元景等鸣笳列卒满路，沈庆之独自与随从一人在田里，见到他们表情变得忧愁地说：“贫贱不能长居，富贵也难自守。我和诸公都是于贫贱，因为遇上了时代，荣华富贵到这个地步，只应当共同回想艰难时的情况。我这个老八十岁的年纪，见的成功失败已经很多，诸位炫耀这些车辆衣服，想要什么呢？”于是下手杖耘起地来，全不顾及他们。柳元景等撤去侍者、提着衣服来到他跟前，沈庆之才与他们相对笑。

沈庆之尊贵以后，同乡旧人中过去轻视沈庆之的人，后来见到后都跪行到他跟前。沈庆之叹息说：“还是从前的那个沈公。”当时沈姓而作盗贼首领的有几十个人，民众都很害怕这些祸害。沈庆之假装为他们设酒举行大型宴会，一下把他们全杀掉，于是整个境内都得到了肃清，人们都很喜悦。