伯符在到彦之的率领下北侵。赵伯符生病归还，便隶属于檀济。檀济告诉文帝，沈庆之忠诚谨慎通晓军事，皇上让他担任领队，防守东掖门，逐渐得到提，。领军刘湛很欣赏他，准备行引荐，对他说：“你在台阁年月已经很久了，最近我一定要加以推荐。”沈庆之严肃地说：“下官在台省十年，自然应该有所调动，不再因此连累您。”不久转任正员将军。等刘湛被捕的那天晚上，皇上开门召见沈庆之，沈庆之披甲着靴而，皇上见了吃惊地说：“卿为什么要穿这样的急服装？”沈庆之说：“半夜里喊叫队主，来不及换宽绰的官服。”后来派他去把吴郡太守抓来杀掉了。

元嘉十九年(442)，雍州刺史刘产去世，各地蛮人大肆行动，征西司朱修之讨伐蛮人失利，任命沈庆之为建威将军，率领军队去帮助朱修之。朱修之兵败下狱，沈庆之独自率领军队讨，大破沔沿岸的各帮蛮人。

后来担任孝武帝的抚军中兵参军。孝武帝以本官号为雍州刺史，沈庆之随着军府西上，征讨蛮寇屡建军功。回到京城，又广陵王刘诞北中郎中兵参军，加任建威将军、南济太守。雍州蛮人又作，沈庆之以将军、太守的份重新与随王刘诞一起沔地区。等到达襄，率领后军中兵参军柳元景、随郡太守宗悫等讨伐沔北的各帮山蛮，把他们打得大败。威震诸山，群蛮都叩拜行礼。沈庆之患了风，好狐帽，群蛮很厌恶，称他作苍公。每当见到沈庆之的军队，就畏惧地说：“苍公又过来了。”

沈庆之引军发，前后破阵很多，又去讨伐犬羊各帮山蛮，借着山险建筑起多重城墙，设置的门楼十分险峻。沈庆之在山下扎起连营，营中开门互相连通。又命令诸军各自在营内挖池，早晚都不向外打。兼用它来防备蛮人放火。不久风刮得很大，蛮人夜间下山，每人提着一支火炬来烧营。火到后，沈庆之的军兵则用池把它灭。蛮人被围困的日久了，都是又饿又乏，自此以后渐渐来投降。沈庆之前后所俘获的蛮人，都迁移到京城，作为营。

元嘉二十七年(450)，调任太步兵校尉。这一年，文帝将要北侵，沈庆之劝谏说：“檀济两次兵无功，到彦之后又失利而返，现在预料王玄谟等人也不会超过前两位将军，恐怕要再次使皇上的大军受辱。”皇上说：“皇上大军两次受到挫折，另有原因。檀济纵养敌寇以保持自己的地位，到彦之中途疾病发作。敌人所凭靠的只有，夏天河浩大，乘船渡河，。。郂的守兵必然逃走，台这个小据，很容易就可以攻下。攻克了这两个地方，住那里的房，吃那里的粮，抚人民，虎牢和洛，自然就不巩固了。”沈庆之持说明不可以这样，当时丹尹徐湛之、吏尚书江湛都在坐，皇上让徐湛之等人和沈庆之行辩驳。沈庆之说：“治国好像是治家一样，耕田要问仆，织布要问婢女。陛下现在想要讨伐一个国家，却去和白面书生谋划，事情怎么会办得成？”皇上大笑。

后来军队发，沈庆之王玄谟的副将。王玄谟军包围台，沈庆之与萧斌留守。。郂，他仍然兼任萧斌的辅国司。王玄谟攻台，一连几十天不能攻下，魏太武帝的大军向南开，萧斌派沈庆之率领五千人去救王玄谟。沈庆之说：“少量军队轻率前往，必定没有好。”正赶上王玄谟退回，萧斌将要把他斩首，沈庆之行劝谏才算罢休。

萧斌因为前驱队战败，打算死守。。郂，沈庆之认为不可以。正遇上皇帝的使者到来，不许撤退，各位将领都应该留下。萧斌又向沈庆之询问计策，沈庆之说：“国门以外的事情，将领可以独自作主，皇上的命令是从远来的，形势已经不同了。您的帐下有一个范增而不能利用，空作议论有什么用？”萧斌和在座的人都笑着说：“沈公现在又有了学问了。”沈庆之大声地说：“众人虽然读过古今的书，却不如下官的耳学。”王玄谟自己因为退败，请求守卫。。郂。萧斌便返回历城。申坦、垣护之共同据守清，沈庆之乘驿返回。

元嘉二十九年(452)，军队又一次发，沈庆之持劝阻没有听从。因为主张不同，没有让他北。当时亡命徒司黑石、庐江叛吏夏侯方在西五煽动各帮蛮人，从淮河汝之间直到长江沔，都受到他们的祸害，于是便派遣沈庆之督率诸将前往讨伐，诏令江、豫、荆、雍几个州都要派兵接受沈庆之的指挥。

元嘉三十年，孝武帝京驻在五洲，总统各路将帅。沈庆之从赶到五洲请示军事策略。正好遇见孝武帝的典签董元嗣从建邺回来，叙说元凶劭弑君叛逆，孝武帝派沈庆之率领众军返回。沈庆之对心腹说：“萧斌是个妇人，不值得计较，其余的将帅都容易合作。现在辅佐顺主讨伐叛逆，不愁不能成功。”当时元凶劭秘密地给沈庆之写信，让他杀死孝武帝。沈庆之京求见，孝武帝假称有病不敢相见，沈庆之直闯到面前，把元凶劭的手书呈上，孝武帝哭着请求去和母亲告辞。沈庆之说：“下官蒙受了先帝的厚恩，常常希望报答恩德。今天的事情，只是要看力量如何，殿下为什么有这么的疑虑？”孝武帝起郑重参拜说：“家国的安危，就在于将军了。”沈庆之于是便统领内外的军队行署。