珽于是借机上书，说：“陛下您虽然为天，与上天相比，还不是最尊贵的。据《秋》《元命苞》篇说‘：乙酉这一年，要除掉旧，刷新政治。’今年太岁星运行到乙酉的位置上，应传位给东太，让君臣之间的名分早日确定下来，以适应天的警示。”又奏上魏献文帝将皇位禅让给太的故事。武成帝同意了他的奏请。因此，他被授予秘书监，加仪同三司衔，很被武成帝亲近。

祖珽既已被皇帝和皇太重，便开始窥探宰相的位置。他原来与黄门侍郎刘逖关系密切，便列举侍中尚书令赵彦、侍中左仆元文遥、侍中和士开的罪状，让刘逖面弹劾他们。刘逖害怕，不敢写奏章给皇上，这件事便去。赵彦等人先到武成帝那里替自己辩解。武成帝雷霆大怒，抓住祖珽并问他：“为什么诋毁我的和士开？”他声说：“我依靠和士开才得以取，本没有心去诽谤他。陛下您现在既然问我，我不敢不把实话告诉您。和士开、元文遥、赵彦等人结伙专权作威，控制朝廷。与吏尚书尉瑾内外勾结，互为表里，卖官爵和刑狱，政治靠贿赂才能成功。天下有歌谣说：‘如果被有见识的人所了解，怎么能只听这四个人的？’陛下您不当成一回事，我却怕大齐的基业毁于一旦呀！”武成帝说：“你还敢诽谤我。”祖珽说“：不敢诽谤，陛下却要过人家的姑娘。”武成帝分辩“：我因为她家吃不饱饭，所以才收养她。”祖珽问：“为什么不打开仓库赈济，却钱将她买来放后呢？”武成帝更加恼怒，用刀环去堵他的嘴，鞭和也一齐打来，要将他打死，他大声喊叫说：“不杀我，陛下您能得到好的名声；杀了我，我却得到好的名声。您如果要获取好的名声，就不要杀我，我替陛下制造长生不老的金丹。”武成帝暂时宽释了他。他接着又说“：陛下放着一个范增却不用，您还知什么？”武帝又发怒，说：“你自比为范增，难把我当成了项羽吗？”他说“：项羽一般人怎么能赶得上，只不过是他的时运不好罢了。他原是一个布衣百姓，率领乌合之众，奋斗五年终成霸业。陛下您依靠父兄的资本，才会有今天，我认为项羽不可以轻易蔑视。我何止才比于范增呢？就是张良也不能赶得上我。张良为太的师傅，还只能依靠山中的四位白发老人，才确定了汉太的位置。我并不是辅弼朝廷的大臣，只是一个被朝廷疏远的人，却竭尽力气和智慧，奉劝陛下让位给太，使陛下您被尊为太上皇，使太坐上了皇帝的宝座，使您和太都保住了吉祥和福气。小小的张良，怎么可以和我相比呢？”武成帝愈加恼怒，命令用土堵住他的嘴，他一边吐一边说，没有一屈服的样。便打了他二百鞭，在街市里巷。不久，又将他放到光州。刺史李祖勋对他特别优待，别驾张奉礼迎合大臣们的意思，奏说祖珽虽然是一个被放的囚犯，却常常与刺史对坐谈话。武成帝下命令说“：投牢房监禁。”张奉礼解释说：“牢，是说的地牢。”便挖了一个坑，将祖珽放在里面，严加防范，枷锁时时不离他的上，家属和亲戚也不能探视。晚上把蔓菁籽着，熏他的睛，他的双目因此失明。

武成帝驾崩，后主纬忆起祖珽的功劳，便任他为海州刺史。这时，后主的母陆令萱预朝政。她的儿穆提婆受到朝廷重用，祖珽便送给陆媪的兄弟悉达一封信，说：“赵彦心腹众多而狡诈，想效法伊尹和霍光的故事，您们弟怎么会平安无事？为什么不早一任用智谋之士想办法对付呢？”和士开也因为祖珽能决断大事，想请他谋士，所以放弃前嫌和旧恶，虚心地对待他。他与陆媪一起对后主说“：文襄、文宣、孝昭三位皇帝的儿都不能继位，您却能当上皇帝，至大至尊，实在是祖珽的策划。有大功劳就应该报答，祖珽人格虽然卑薄，但智谋过人，遇到事情可依靠他谋划策。况且他已双目失明，必定不会再有反叛朝廷的意思，请将他唤来，向他询问计谋。”后主听从了他们的意见，任命祖珽为银青光禄大夫、秘书监，加封为开府仪同三司。

和士开去世以后，祖珽仍劝说陆媪排斥赵彦。他被任命为侍中，在晋给后主秘密送信，请求诛杀琅邪王俨。他的计谋实现，逐渐被朝廷重用。胡太后被幽禁时，他想让陆媪升为太后，撰写了魏帝晋升皇太后的故事替她说话，对别人说“陆媪虽说是位妇人家，实在是位英雄豪杰，女娲以来还没有过这样的人才。”陆媪也称他为“国师”、“国宝”因此，他又被授予尚书左仆，监修国史，又给予特殊的晋升，让他文林馆，任撰写诏书的总监。又封为燕郡公，领取太原郡的俸禄，给他派七十个兵卒负责守卫。他的住宅在义井坊，又向旁边的邻居家拓展，极力修建。陆媪又亲自到他家里去，他的权势使朝野倾倒。

斛律光对他十分厌恶，远远地看见他就偷声骂“：很多事他只同小人们商量，不知想什么！”斛律光曾经对各位将领说：“边境上的情况，如何调动兵，中书令赵彦常同我们这些人商议。这个瞎的掌国家军事机密以来，完全不跟我们说话，只恐怕要耽误了国家大事。”祖珽听到了他的这些牢，因为他的女儿斛律皇后失，因而制造谣言设法使后主听到。谣言说：“百升飞上天，明月照长安”(：明月是斛律光的字，意思是说斛律光要当皇帝)。祖珽让他的妻兄郑盖奏给后主。后主问祖珽，祖珽证实这是真的。祖珽等又传播谣言说“：山崩，槲树举，盲老背上下大斧，多事老母不得语。”他对后主说：“盲老公指的是我。”自称要与朝廷共担忧患，劝后主及早动手治斛律光。又说谣谚中的“多事老母”似乎是指的女侍中陆令萱。后主将这件事向韩长鸾、穆提婆询问，又命元海、殷士良秘密计议，大家都不同意祖珽的意见。由于斛律光府上的参军封士让报告斛律光谋反，朝廷便将斛律光以灭族的惩罚。

祖珽又依附陆媪，请求担任禁军领军，后主答应了他。诏命须由朝臣们复议，让侍中斛律孝卿在这个诏命上署名，斛律孝卿偷偷地告诉了元海，元海对侯吕芬、穆提婆说：“祖珽这个汉人，两又看不见东西，怎么能当领军呢？”第二天早朝当面向后主奏说，都陈述祖珽不适合任领军，并且书奏祖珽与广宁王孝珩往，没有大臣的样。祖珽也要求面见后主，后主命人将他引。他替自己分辩，并说：“我与元海素有积怨，一定是他诋毁我。”后主脸，不能隐瞒真象，回答说：“是这个样。”祖珽列举了元海与司农卿尹华、太府少卿李叔元、平准令张叔略等结为朋党的罪状，朝廷便调尹华任仁州刺史，李叔元任襄城郡太守，张叔略任南营州录事参军。陆媪与祖珽互相唱和，朝廷又将元海调任为郑州刺史。

从此，祖珽独霸朝廷，总领骑兵和外地军队的指挥；他所有的亲戚，都得到显赫的位置。后主也命数名太监服侍他的饮起居，他可以着只有天才能的纱帽一直来到皇，万门到后主的圣寿堂，两人同坐在御榻上讨论国家大事。朝廷对他的信任倚重，群臣们都无法相比。自从和士开执掌朝政以来，朝廷风气败坏。祖珽重用那些声望的，任用的人都很称职，内外都称颂他的政。他又准备对朝廷政务行整顿，裁减一些不必要的冗员。还奏请罢除京畿府，将它与领军合并，府内的百姓都归郡县辖；而宿卫、都督等将领仍然袭用旧的官名，文武官员的服饰印鉴，都照过去的式样。还想黜退宦官及朝廷内卑鄙肖小之徒，他认为开诚布公地延纳人才，才是长治久安的办法。