劲而枝叶减弱。灵太后打算听从他的建议，可是因后来在商议中有不同的意见，便没有实行。不久，元澄因为有病，上表请求免去职务，朝廷不答应。

元澄又觉得北方边境挑选任用镇将时过于轻率，恐怕敌人侵边境时，危及山陵，因此上奏朝廷请求认真选用北的镇将，以严密防守警戒。朝廷不肯听从。后来敌寇侵，直到旧都城，而镇将们大多不称职，各发生叛，皇家陵园，确实像元澄原先担心的那样。

元澄又上奏说“：如今都城中府寺都没有建筑完备，现在军事稍停，不要再征召民众，请调用各杂务人员以及司州郡县中犯罪应责打十大板以上、百鞭以下之人改为收取赎罪之，让纳绢一匹、送砖二百块，以便逐渐修建。”朝廷诏令听从办理。但太傅、清河王元怿上表反对这件事，因而未能实行。

元澄又奏说：“司州牧、王雍拷打奉朝请韩元昭、前门下录事姚敬贤致死，虽然是因公而办案，于理却不合。为什么呢？如果韩元昭等人罪恶昭彰，可定为死罪，就应当在都市中用刑，当众弃市；如果仅于怀疑有罪，情况尚未查清，不应让三清九之内的官员，死于杖下，草菅人命，伤理败法。往年他在州中任职时，在大集市上鞭打致死五人，可是检查这些人的赃，却没有一证据。如今又酷刑伤人，竟至于此。朝野议论纷纷，都觉得十分惊异。如果生杀之权在下面，为臣的可以专行暴，那么，国君的权力，又有什么用途？请将这件事付廷尉追究，检验他们迫的情形，追查他们被拷打致死的理由。”朝廷下诏听从。元澄当官，对各事情都不加回避。他又上奏有关垦田中分给人以及接受者之间的八条规定，很有条理。西域的厌哒、波斯各国，都通过他们的公使们送给元澄骏一匹。元澄请求给太仆，充实到国家的厩中。朝廷下诏：“任城王廉洁忠贞的品德，超过了楚相孙叔敖，可以让他付厩，以成就君之大。”

御史中尉、东平王元匡奏请朝廷，取景明元年(500)以来朝廷内外的考绩簿籍、吏的任命官员登记册、中兵功勋登记簿和各考官吏的资料，准备从中检查冒升官阶窃取官职的人员。灵太后应许了他的请求。元澄上表认为：“御史的职责，据传闻纠察。至于冒称功勋而得品级，各情况不同。如果传闻是某一有问题，就应当检查这一分的材料。如果差别很大，虚假的情形必然败，然后以典章刑法加以置，谁敢不服？岂能因为某一现问题就全追究已经隔代所发生的差错，这样追究过失，谁能承担罪责？这实在是圣朝所应慎重置的大事啊！”灵太后采纳了他的意见，停止查办。后来，又改任元澄为司徒公，侍中、尚书令依旧。

神元年(518)，朝廷下诏加赐女侍中们貂蝉，和廷外面的侍中服饰相同。元澄上表谏说：“祖、世宗时都有女侍中的官职，没有看见把金蝉连缀在象珥上，把鼠貂竖在鬓发上。江南伪晋时，穆何皇后曾经给女尚书的冠上加饰貂。。，这是衰的世，妖异的服饰。况且由妇人来穿男的服装，是盛到极而转化为，所以从穆、哀帝之后，国家很快就灭亡了。因此刘裕能够篡权叛。礼乐仪表，各变化，是风化的本原，请求仍依照过去的礼仪，收回原来颁发的诏书。”皇帝听从他的意见。

当时，灵太后非常喜大兴土木，在京城建起永宁、太上公等佛家寺庙，人力金钱耗费不少，在外地各州也都修建五层佛塔。又经常为各斋会施舍财，动则以万计。老百姓因修建各土木工程而疲惫不堪，金银的价格扶摇直上。削减和侵夺百官们的俸禄和人力，耗费国库中积蓄的钱财。同时，她又任意赏赐边的人员，每天多达数千。元澄上表极力说明这些事的得失。虽然最终没有被采纳，但灵太后经常很客气而有礼貌地加以答复。朝政事务，不论大小，都召他参与。元澄也尽心辅佐朝廷，凡是所办的事情于民众不利的，元澄必定竭力劝谏，十分认真，反复不断，朝廷内外人都敬重他并对他有所惧怕。

神二年(519)去世，追赠假黄钺、使持节、都督中外诸军事、太傅、领太尉公，给予特殊的礼遇，备有九锡，依照晋朝大司齐王攸的作法，谥号为文宣王。元澄安葬的时候，各丧都装饰得非常齐全，灵太后亲自送到郊外，停车悲伤地痛哭，悲哭之声动了左右侍从们。百官们前来参加丧礼的有一千多人，无不伤心地哭泣着，当时的人都认为这是丧礼中最为荣耀的一次了。元澄的第四位儿彝承袭了他的爵位。

元彝字，是元澄的后妻冯氏所生的，颇有他父亲的风度。被任命为通直散骑常侍。当元叉专权时，元彝耻于依附他，所以得不到显要的职位。庄帝初年，在河遇害。追赠他仪同三司、青州刺史，谥为“文”

元彝的庶长兄元顺，字和。九岁那年，拜乐安的陈丰为老师。起初让他写王羲之的《小学篇》几千字，元顺日夜诵读，十五天以后，全理解背诵得透彻。陈丰十分惊讶，对元澄说：“我十五岁跟从老师学习，至今已白了，耳目所见所闻，没有见到有人可和他相比，江夏的黄童不能无双啊！”元澄笑着说“：蓝田生玉，有什么不可以的！”十六岁时，便通《杜氏秋》，他关门读书，十分喜好古籍。情刚直，淡泊于名利荣誉，喜喝酒，会弹琴。他经常长咏叹，在空室中咏。宣武帝时，曾经献上《魏颂》，可是文字大多没有载录下来。