十三日，由尚书吏郎中邓元海主制定官制，确立爵级品位，审定音律，协和音乐；由仪曹郎中董谧撰写有关祭祀、社稷、朝见、宴飨的仪礼；由三公郎中王德制定法律条令、申明禁令；由太史令晁崇制作浑天仪，以考察天象；吏尚书崔宏总裁定。

闰十一月，左丞相卫王仪和王公大臣们到朝廷上书说“：臣等听说太极居于中天，则列宿齐其轨；帝王顺天，则群臣仰其度。陛下德二仪，隆于三皇五帝，仁风于四海，王化满天地，德泽及于昆虫，恩情沾至草木，民众讴歌，八表归心；而您躬行谦虚，退居后，帝王之仪未行，兖旒之服未用，这上不合皇天之意，下不符群臣推之心。臣等谨冒死奏闻。”皇帝再三谦让，这才应允了。

十二月初二，皇帝亲临天文殿，太尉、司徒上玉玺印绶，百官都呼万岁。大赦天下，改年号，追尊成帝以下以及皇后的封号和谥号，奏《皇始之舞》的乐曲。诏令百官议定五行三序，尚书崔宏等上奏说应从土德，服用黄，数用五，祖祭以未时，腊祭以辰时，祭祀的牲畜用白的，在五郊立气，宣布时令，敬授民时，使用夏历。迁徙六州二十二郡的守宰、地方豪杰、吏人两千家至代都。

二年(399)正月初七，首次在南郊祭祀上帝，并由始祖神元皇帝祀，皇帝下了祭坛后又观看了火燎的情况，礼成而回。初八，在京都实行大赦。开始设立帝王的“三驾”(帝王车乘的三车驾：“大驾”、“法驾”、“小驾”)之法。十三日，北巡。命令各大将分兵大举攻打车：常山王遵的三军从东路长川，凉王乐真等七军从西川，皇帝亲自统率的中路六军从驳髯西北兵。二月初一，各路军队会合，打败了车杂胡人三十多落。卫王仪指挥三位将军走另一条路由西北追沙漠一千多里，打败了车余下的七个落。回军川，到达薄山，并刻石记下这次战功。让所俘虏的车的众在南台北面建造鹿苑，北接长城，东包白登，连到西山，长宽各几十里。开凿渠引武川的注鹿苑中，又开挖三条沟，让分到城的内外。又开凿鸿雁池。三月初三，皇帝北伐归来。初八，首次下令《五经》群书都设立博士，增补国监中的太学生三千人。当月，氐人李辩反叛慕容德并向邺城方面求援。行台尚书和跋派轻骑前去接应，攻下了台，俘获慕容德的人和府库中储存的品。

秋七月，建造天华殿。初七，在鹿苑大阅兵。八月，增开京城的十二座城门，建造西武库，免除各州郡人民一半租赋。二十八日，诏令礼官员详细写好各礼仪规定，编成新的政令。范人卢溥在海边聚众叛，自称幽州刺史，攻掠各郡县，杀死幽州刺史封沓。

当月，秃发乌孤死去，他的弟弟利鹿孤继立，派使者来朝贡。

冬十月，建成太庙，把神元、平文、昭成、献明皇帝的牌位迁太庙。十二月，天华殿建成。吕光立他的儿绍为天王，自己称太上皇，当他死时，庶的儿纂杀了吕绍而自立。

三年(400)正月初七，材官将军和突在辽西击败了卢溥，俘虏了他，连同他的儿卢焕一并送到京城，被五分尸。十二日，在北郊祭祀。分别任命各官员到州郡中巡行，观察民风世俗，视察并检举违法纪者。二月初五，诏令有关门在东郊祭祀日神，并开始耕作天的籍田。二十日，皇聪去世。三月初六，立慕容氏为皇后。当月，挖开城南渠通城内，挖了东西鱼池。

夏四月，姚兴派使者前来朝贡。五月十七日，令谒者仆张济去见姚兴。十八日，东巡，到达涿鹿，派使者用太牢的礼节祭祀尧帝和舜帝的庙。又西行到达邑，观看了飈的源。六月初一，日。

秋七月，姚兴大败乞伏乾归。初二，皇帝回，兴建中天殿和云母堂、金华室。

当时，太史多次陈奏说天象发生错，武帝亲自阅读有关经书和占卜术的书籍，大多数都说应当改换王位或变更朝政。于是，朝廷几次变革官职名称，想以此来防止和杜绝凶顽狡诈之徒的谋，消除和止息可能现的灾害与变故。不久又担心引起群臣的疑虑，便在冬十二月二十，下诏陈述成败的理，借鉴殷、周治政的失误教训，革除秦、汉的弊端，以晓喻群臣。

这一年，河西各郡都拥奉凉武昭王李玄盛为秦、凉二州刺史、凉公，以创建和兴盛霸业，建年号为庚。

四年(401)二月十二日，诏令乐师到太学合舞，以释莱(苹蘩之类祭品)之礼祭祀先圣先师。二十二日，分别派使者巡行各州郡，听理和检查各陈述和诉讼，纠正错误和弹劾不法之徒。这月，吕光的儿吕隆杀了吕纂而自立。三月，武帝亲自捕鱼，以祭祀太庙。

夏四月十七日，撤去邺城设置的行台。诏令有关门公开显扬隐逸之士。五月，建紫极殿、玄武楼、凉风观、石池、鹿苑台。六月，卢胡人沮渠蒙逊自封为凉州刺史、张掖公。

秋七月，诏令兖州刺史长孙南取许昌、彭城。诏令赏赐天下镇守国土的将士们布帛，数量不等。八月，段兴杀了慕容盛，慕容盛的叔叔慕容熙把段氏全家都杀光，自立为皇帝。

冬十二月，聚集了博士和儒生们比照群经的文字，以义类相从，共四万多字，号称《众文经》。

当年，凉武昭王、沮渠蒙逊都派使者来朝贡。

五年(402)正月，武帝听说姚兴准备犯边境，便大举挑选吏卒，诏令并州各军储藏粮放在平乾。

三月，秃发利鹿孤死去。

夏五月，姚兴派他的弟弟义公姚平来侵犯平，攻占了乾。秋七月初一，武帝西征。八月初九，到达柴。姚平守不，武帝军围城。姚兴全军动前来救援。二十八日，武帝越过蒙坑，击姚兴军，把他打得大败。冬十月，姚平而死，俘虏了他的剩余众三万多人，被俘的人中有姚兴的尚书左仆狄伯支以下四品将军以上官员四十多人。抓住了原从北魏逃跑的臣王次多、靳勒，把他们一齐斩首示众。姚兴多次派人前来请和，武帝不答应。群臣又请求乘胜攻蒲坂，武帝担心蠕蠕从中作梗，十三日，班师回朝。

十一月，武帝到达晋。召相州刺史庾岳为司空。十二月二十五日，西征回京。越勒莫弗领着众一万多家内附。

六年(403)正月初七，原居住在朔方的尉迟的别帅率领万人家内附，居于云中郡。

夏四月初一，日。五月，大举选吏卒，准备取江淮地区。

秋七月，镇西大将军、司隶校尉、毗陵王顺有罪，仍以王爵回府闲居。二十七日，武帝北巡，在豺山修筑离，让官兵们纵情狩猎，东北越过。。岭，参合、代谷。九月，到达南平城，规划在飈河南面的夏屋山，背靠黄瓜堆的地方，修建一座新城。十一日，车驾回。

冬十月，建西昭殿。二十五日，立皇嗣为齐王，加号车骑大将军，位居丞相；立绍为清河王，加封征南大将军；立熙为平王，立曜为河南王。封已故的秦愍王的儿夔为豫章王，陈留桓王的儿悦为朱提王。二十七日，晋派人来聘问。十一月十一日，将军伊谓大败车。十二月，晋桓玄废去晋帝司德宗，改称为平固王，自立为帝，国号为楚。

天赐元年(404)二月，晋将刘裕起兵杀了桓玄。三月，初次下令每县数不足一百的就撤去县级建制。