军帅以往的惯例，总是一到任就从官府拿钱二百万作为私人财产，惟独令狐楚不私取这笔钱财，将它作为余财修建了官吏衙署和住所数百间。

太和二年(828)九月，令狐楚被征召任尚书。三年(829)三月，任检校兵尚书、东都留守、东畿汝州都防御使。同年十一月，晋升为检校右仆、郓州刺史、天平军节度使、郓曹濮诸州观察使。他奏请朝廷将原东平县改为天平县。这时许多地区连年旱歉收，乃至发生人吃人的事情，令狐楚采取调节富余救济贫困的办法，而使辖区内没有逃荒亡者。

太和六年(832)二月，令狐楚改任太原尹、北都留守、河东节度使等职。他长期在并州，熟悉当地民情风俗，顺随百姓认为有利的事因势利导，尽连年旱灾，百姓无人迁徙。令狐楚从一介书生起始，顺随考功绩而成名，都在太原，太原如同他的故乡。待到这时，他执掌兵权担任太原镇使，当地乡民父老对他非常迎。令狐楚安定、治理有方，军民尽皆悦。太和七年(833)六月，他朝任吏尚书，仍为检校右仆。旧例，加“检校”衔于一级官位的官员，即就列位班序。令狐楚以自己的正官为三品不应当从就二品班列，奏请从就三品本官班列，文宗下诏嘉奖他。

太和九年(835)六月，令狐楚转任太常卿。十月，代理尚书左仆，晋封为彭郡开国公。十一月，李训开始作，京都极其不安。李训肇的当夜，文宗将右仆郑覃与令狐楚召内住宿，商量拟制敕令；皇帝打算将他二人都任用为宰相。令狐楚觉得王涯、贾饣束遭冤而死，列叙他们的罪状浮泛糊。宦官仇士良等很不兴，因此将宰相的任命转移给了李石。令狐楚于是以本官职位兼任盐铁转运使。

在此之前，郑注曾上密奏设置榷茶使官额，由盐铁使兼领榷茶使之职，令狐楚奏请取消设置榷茶使这一法，奏文说：

“臣窃以为：江、淮数年以来，旱灾害、疫病行，百姓遭受摧残损伤十分严重，忧愁苦叹未平。今岁夏秋，略微丰收，正须宽厚恤，以使各各安。目前突然实行茶叶官府专营，这实在是败坏朝廷政事。因为王涯刚刚将茶叶官营破除殆尽，民间的怨怒之心尽都和顺，怎能又让百姓将茶树移至官营茶圃植，将茶叶摘去官营茶场制作？这法如同儿戏，不近人情。奏请者正在恩当权之际，有谁敢提阻止执行之议？朝廷大臣为此相顾失，平民百姓对此侧目吞声。如今神灵降福国家，贼凶徒除尽，圣君赐福百姓，黎民和顺安泰。微臣承蒙皇恩，兼任多项使臣，官衔之中，仍有此名。一举一动到惶恐，早早晚晚有忧惧。敬祈陛下破格改变圣明决策，明鉴愚臣一片恳诚，速派宰辅大臣，撤销榷茶使名。若因军国费用有所短缺，自然资源遗漏开发，敬请允许微臣上疏，继续条陈圣上知。采制茶叶季节即将到来，妨碍贻误采制令人忧虑。前月二十一日，在内殿奏对策问中间，郑覃与臣一同尽皆陈论。敬望圣上仁慈及早置，一概依从旧法，不用新的条令。只是在收缴茶税时，必须茶叶等级依次加价，商人转卖，必定稍贵，这就是钱万方，利在官家。既不损害茶商，又不扰茶农，上可显扬陛下民的仁德，下能竭尽微臣忧国的苦心。远近四方传播，必定悦。”

皇帝听从了他的意见。

起先，在宪宗元和十年(815)，拿皇府库的弓箭长刀赐给左右街使，供宰相朝时用作护卫，到建福门止。到这时，因李训、郑注作，全取消。令狐楚又奏：“各新任的方镇、节度使等，置备仪仗，携带兵，到尚书省参拜告别。窃以为：军队与朝堂仪容各不相同，从古到今已成定制，若不遵从历久的规范，这就叫作改变常态。从未听说禁门中，随意带弓刀兵。郑注蒙皇帝恩，心怀凶狂恶念，率先倡导邪谋议，蓄意发动作祸兆。致使王播、郭行余之辈，胆敢驱使军官，直抵廷朝堂。皇帝大受惊吓，京都动不安，血溅朝廷的路，尸横内的街市。史册所载，人神共愤，过去的事情不予追究，肇祸的源更将大开。前件所奏事宜，敬乞速令停止，新近授职的方镇、节度使如须参谒谢恩，即应穿著官吏礼服。”皇帝采纳了他的建议。令狐楚还奏请取消献修饰曲江亭的绢一万三千七百匹，改用为修理尚书省，皇帝同意。

开成元年(836)上巳节，文宗赏赐百官在曲江亭聚宴。令狐楚认为新近诛杀大臣，不宜赏赐宴，仅其一人称病不去赴宴，议论者都称赞他。由于权柄掌握在宦官、近臣手中，令狐楚接连上疏请求解除使臣职务。同年四月，令狐楚任检校左仆、兴元尹，担任山南西节度使。开成二年(837)十一月，在镇所去世，终年七十二岁，策封赠官为司空，谥号“文”

令狐楚风度仪态严肃庄重，俨然不可侵犯，但实际上待人宽厚有礼，家中没有闲杂外客。曾有一次他与佐吏聚宴谈兴致正，有不正派的人偶然到来，他立即让人撤去宴席，神情严厉然变。令狐楚长期官居要职，节贞如初。临终的前三天，仍然咏诗文不改常态。病情危重，其药，从不服用，说：“寿命长短的期限，命中早已注定了，何须这些药。”临终前一天，他召来佐吏李商隐说：“我的气息魂魄已到尽，才情文思俱都衰竭，但心中的思念未了，想勉自成文字奏禀天，又担心语无次，你一定要协助我写完它。”当即自己拿笔写：