重李百药的才名，贞观元年(627)，李百药被太宗召回长安拜为中书舍人，赐爵安平县男。受诏修定《五礼》和刑律法令，编撰《北齐书》。贞观二年(628)，任命百药为礼侍郎。

朝廷议论准备分封诸侯，百药上《封建论》说：

“臣听说治理国家保佑人民，是君王永恒的职责；尊敬君主使朝廷安定，是人情的本义。考虑治国安的规划，用来弘扬永世的基业，是万古不变的规矩，尽有各各样的谋虑，但都是为同一个目的。然而天命历数有长短的差别，帝王之、大夫之家有治和的不同，纵观典籍上的记载，论述这些是够详尽的了。都说周朝超过了它的历数，秦朝没有达到应有的期限，存亡的理，在于周朝采用封国制，秦朝推行郡县制。周朝从夏朝、商朝的长久得到借鉴，遵循黄帝、唐尧建国的榜样，使诸侯如磐石拱城，朝廷从本上得到巩固，虽然国政荒废，由于枝与互相扶持，所以使得叛逆现象没有发生，宗庙祭祀没有断绝。秦朝背离了师法古人的训戒，抛弃了先王的法则，跨越华山恃仗险要，废除王侯设置郡守，弟没有尺土的封地，百姓缺乏共同平安的忧患，所以一人在大泽乡发反秦号召，秦朝的七庙就被毁断绝了祭祀。

“臣认为自古皇帝君王，坐位天下，没有不是受命于上天，扬名于皇帝注册的，建国遇到兴王的气数，遭难接着开启圣明的时代。虽然魏武帝于宦官养之家，汉祖于押运役徒的小吏，不是他们有称帝的非分想法，就是想推也推不掉啊。假如狱讼不归，华已完，即使像尧帝一样光照四方，像舜帝一样上齐日月五星，不是诚心让位，就是想守也守不住啊。凭着唐尧、虞舜的圣德，尚且不能使他们的后人昌盛。从这可以看帝位长短，肯定在于天时，国政的盛衰，与人的活动有关。昌盛的周朝占卜可传三十代、可传七百年，虽然相率沦丧到极，而文王武王传下的帝位依然存在，这说明长久的国运，已是在极早之前就事先确定了。以至于周昭王南巡不返，周平王躲避犬戎东迁，国家危机如线，国都附近不得安宁，这是衰败的过程，牵连到分封诸侯。残暴的秦朝国运短暂，多次遭到厄运。受命于天的秦始皇，德行比不上夏禹、商汤；继承皇位的秦二世，才比不上禹的儿启、武王的儿诵。假使李斯、王倌等人大大开拓了四方的领土；将闾、婴等人都建立起千乘之国，难就能阻挡君主的突然兴起，改变帝王的本来命运吗？

“然而得失成败，各有原因。而记载评述的人，多守常规，在情上没有不忘记古今的差异，在理上不明白治世世的风气厚薄不同，在百王的末世，实行夏商周的治国办法。天下王畿以外的地方，都封给诸侯；天与诸侯的领土之间，都是卿大夫的封邑。这是用上古结绳记事的一在虞、夏朝代推行，用上古穿不同颜服装为刑的法规来治理汉、魏，法纪与政纲已经紊，确实可以知。刻舟求剑，没有见过能达到目的的；胶鼓瑟，只会增加更多的迷惑。只知有人想图谋帝位，会害怕霸王的军队；国家将亡，再没有周围诸侯的援救。不明白秦二世在望夷被杀，没有超过后羿、寒浞的灾难；贵乡公曹髦被司昭所杀，难与申国、缯国的灭亡有什么不同。是君主自己察昏，转危为安，本不是守宰公侯等人，能造成兴亡。况且数世以后，王室渐渐衰弱，分封时当作屏障的诸侯，转化成仇敌。大夫之家习俗不同，诸侯之国政事各异，的欺凌弱的，人多的侵犯人少的，这里那里都是战场，战事日益增多。狐骀的一场战争，使妇女都梳上守丧的发髻，回师崤山的军队，连一只车也没回营。这只是略微举个例，其余的事数也数不清。陆士衡才小心地说‘：继承王位的人放弃一统天下，凶狠的诸侯占有自己领地，天下安乐，以治待。’这说法是多么的荒谬啊！而设置官吏分清职责，任用贤人能人，对依法办事的人才，委派他们承担治理的任务，分赴郡县，哪个朝代缺乏这样的人才。结果使得大地呈现丰收，上天赐降吉祥，百姓称官为父母，政事清明得如同神在治理。曹元首还得意地说‘：与人共享乐的人，别人一定会以他的忧患为自己的忧患；与人同享安乐的人，别人一定会拯救他的危难。’哪里能容忍分封为诸侯，才与君王同安共危；任命为州县的长官，就不与君王同忧共乐呢？这说法多么错误啊！