太宗看罢奏章说“：划分土地赐给功臣，是古今普遍适用的理，想请诸位的后代，保护我的孙，长保卫国家的重臣，让帝位永久传承下去。然而诸位把我山大河般庄重的誓言看得淡薄，发怨言，我还怎能勉诸位到封地去吗？”于是停止执行。贞观十二年(638)，太宗亲自到他家问，所有家属、亲戚，都级别行了赏赐。贞观十六年(642)颁发册书授予司徒官职。

贞观十七年(643)，命令为长孙无忌等二十四人绘制肖像陈列在专为表彰功臣而建造的凌烟阁，诏书写：

“自古的国君，嘉奖敬重功臣，既在钟鼎上刻铸铭文，又在史籍中绘制肖像。因此西汉宣帝甘三年(前51)为霍光等十一位功臣绘制肖像，陈列在麟麟阁表彰他们的德；东汉明帝为光武帝建武年间的三十二位中兴功臣绘制肖像，陈列在云台广德殿纪念他们的业绩。司徒、赵国公长孙无忌，已故司空、扬州都督、河间元王李孝恭，已故司空、莱国成公杜如晦，已故司空、相州都督、太太师、郑国文贞公魏征，司空、梁国公房玄龄，开府仪同三司、尚书右仆、申国公士廉，开府仪同三司、鄂国公尉迟敬德，特、卫国公李靖，特、宋国公萧王禹，已故辅国大将军、扬州都督、褒忠壮公段志玄，辅国大将军、夔国公刘弘基，已故尚书左仆、蒋忠公屈突通，已故陕东行台右仆、郧节公殷开山，已故荆州都督、谯襄公柴绍，已故荆州都督、邳襄公长孙顺德，洛州都督、郧国公张亮，光禄大夫、吏尚书、陈国公侯君集，已故左骁卫大将军、郯襄公张公谨，左领军大将军、卢国公程知节，已故吏尚书、永兴文懿公虞世南，已故尚书、渝襄公刘政会，光禄大夫、尚书、莒国公唐俭，光禄大夫、兵尚书、英国公李责力，已故徐州都督、胡壮公秦叔宝等，有的才堪称国家栋梁，智谋韬略远宏大，兢兢业业运筹帷幄，策划称霸天下的宏伟谋略；有的学问通晓经典书籍，德风范崇好，隐士犯人都受召而来，忠诚正直的名声一天天著称；有的为义军征战竭尽全力，对秦王府誓死效忠，一心一意守气节，经百战奇制胜；有的接受朝廷命令率军征，四面八方开拓疆土，现妖雾就可澄清，国土一直扩展到远方。他们都在危难之时结为生死之，在征战之中吃尽千辛万苦，在世帮助我开创帝王的基业，在盛世辅佐我实行敦厚的教化。伟大的业绩特殊的功勋，超过了众多王侯；直言不讳持真理，善于理官员属吏。应参照前代的典章制度，推行本朝的章程法令，为他们绘制肖像陈列在凌烟阁。以便怀念功臣的心意，不要逊于前朝记载；表彰贤良的礼仪，永远遗留给后代孙。”

那年，太承乾获罪被废，太宗想立晋王李治为太，但因不合正常的长幼顺序而受到阻碍，犹豫烦恼不能决定。在两仪殿坐朝，群臣退朝后，只留下长孙无忌和司空房玄龄、兵尚书李责力，说“：我有三个儿一个弟弟，立太的事成这个样，我心里烦得很。”说着就向床上扑去，佩刀要自杀。长孙无忌等人惊慌，抢上去抱住他，夺下佩刀给晋王。他们请问太宗想立谁，太宗答复说：“我想立晋王。”长孙无忌说：“我们听从您的诏令。有不同意的，就请斩首。”太宗对晋王说“：你舅舅答应你太了，应当拜谢。”晋王便跪下拜谢。太宗对长孙无忌等人说“：您们诸位已跟我的意见相同，还不知社会舆论怎么样。”长孙无忌说：“晋王仁德孝顺，天下臣民归心于他已很久了。请您召集百官询问，一定没有不同意见。如果不是真心同意，我就辜负了陛下，让我死一万次。”于是这事就决定了，接着提升长孙无忌为太太师。不久太宗又想立吴王李恪为太，长孙无忌暗中争辩，这事才作罢。

太宗曾对长孙无忌等人说“：我听说国君圣明臣就刚直，人们苦于不了解自己，您应当面讲话，批评我的过失。”长孙无忌禀奏说：“陛下的文治武功，超过古今帝王，发布号令，样样都对百姓有利。《孝经》说‘：遵循他的德。’我遵循陛下的德都来不及，实在没有发现陛下有什么过失。”太宗说“：我希望指我的过失，您却随便奉承让我兴。我现在可要当面评论您各位的优缺，作为警戒。说的人是没有过错的，听的人应该改正。”于是对长孙无忌说“：善于回避嫌疑，回答问题机迅速，在古人中，也没有比得上的；但是带兵打仗，不是你擅长的事。士廉博览古今书籍，心术聪，面对危难不改变气节，当官也不搞宗派活动；缺乏的是刚直的劝谏神。唐俭伶牙俐齿，善于调解矛盾，在酒杯转之中，说话惹人发笑；为我服务三十年，到底没有一句话评论国事的得失。杨师品行纯洁善良，自然不会有错误；但格实在懦弱，还不大能担担，碰到急情况不能靠他帮忙。岑文本情敦厚，写文章是他的长；并且谋划策很有远见，自应不比别人差。刘氵自秉最为正派，他的话都有益；而在他的心目中把对朋友许诺的事看得很重，能自己弥补不足，还有谁能超过他。周观察问题机迅速，秉非常正直，至于论人论事，以公心，我经常派他办事，都使我满意。褚遂良学识渊博，秉也很刚正，一腔真心诚意，对我非常亲近，像鸟绕着人飞，让我加倍喜。”