郎岑文本敦促开导说“：为国尽忠和为母尽孝无法同时到，现在太等待人去教导约束，您勉复职吧，替我完成辅导他的任务。”于志宁这才复职。

太在农忙季节建造邃的密室，一连几个月不停工，还过度地好歌舞。

于志宁劝谏，认为：“现在的东是隋朝建造的，那时人们就说它奢侈豪华，哪能容许在这些东西上再行雕凿装饰？服役的工匠和没收官府的隶都是违犯法律禁令逃亡在外的人，他们带着钳凿锤木，来往，监门、宿卫、直长、千等警卫人员不能盘问。武士在外，隶在内，怎不令人担心呢？另外，东里多次响起鼓声，乐官乐工动不动就留在里不让去，前几年皇上的谕告诫，殿下能不想想吗？”太不听。他边的侍从多数由宦官充任，于志宁又劝谏说“：宦官，心都不健全，善于使用温顺阿谀逢迎，靠着受作威作福，凭借上传下达制造祸患。所以秋时宋国的太痤被伊戾陷害致死，齐桓公的臣易牙等人立无亏为太，使齐国大，赵杀死了秦始皇的长扶苏，秦二世胡亥使秦朝灭亡，灵帝时的宦官张让使东汉分崩离析。近代的北齐任命邓长。。为侍中，陈德信为开府仪同三司，在内参与皇家家宴，在外预朝廷政务，北齐终究被颠覆。现在殿下周围任用的全是宦官，轻慢级官员，欺压显贵朝臣，任官品级混，法度秩序废弛，连毫不相的人都觉得奇怪。”太更加不兴。东的车夫侍从依照惯例应该休假，但太不遵照执行，还私下引突厥人，和他们互相亲近纠缠。于志宁控制不住自己的情绪，呈递谏疏极力陈词说“：我见仆从车夫，直到兽医，从季到夏季，不能休息。有的人父母健在，没人伺候，有的人儿女幼小，没人抚养，大概不是宽厚仁的心。另外，突厥的达哥支等人，人面兽心，不能对礼仪教化指望，不能用仁真诚来对待。亲近他们，对名没有益，对大德会有损害。何况把他们引妇女居住的内室，让他们经常亲密接近，别人都震惊害怕，而殿下对这些都心安理得吗？”太大为恼怒，派张师政、纥承基去刺杀他。这两个人潜他的住宅，看到于志宁疲倦地枕着土块睡在草垫上，不忍心刺杀，就离开了。李承乾的太份被废除，太宗了解实际情况，说：“听说您多次劝谏，承乾不听您的，所以到了这个地步。”

这时东属吏都获罪免官，惟独于志宁因辛苦努力而得到宽待。

晋王李治立为皇太，又任命于志宁为太左庶，升任侍中，授予光禄大夫，提封号为燕国公，主持编撰本朝历史。宗永徽二年(651)，洛人李弘泰诬告太尉长孙无忌谋反，诏令可以即时斩首。于志宁认为“：正值天是少象数当令，不适宜执行死刑，再说诽谤言论不是十恶不赦的大罪，请法律等到秋分以后再判决。”宗同意。衡山公主在因公除去为太宗皇帝服丧的丧服后，准备嫁给长孙家。于志宁认为“：《周礼》规定，女十五岁举行成年簪礼，二十岁嫁，发生变故，二十三岁嫁，这就可知遇上服丧必须服满三年时间。《秋》记载，鲁庄公派人到齐国送聘礼，为母亲服丧不满两年就要求结婚，鲁、齐两国不谴责，是因为不合礼仪太明显了。下舆论说是‘因公除去丧服就可穿上吉服’，这是西汉文帝创立的规矩，只是替天下百姓着想而已。衡山公主是服重丧，丧服可以照先例去掉，孝心不能照先例改变。心中悼念太宗时结婚，不是人们的情能容忍的。”宗于是诏令衡山公主等服丧期满以后再结婚。授予于志宁尚书左仆官职、同中书门下三品衔。不久，兼任太少师。永徽四年(653)，有十八颗陨石坠落到同州，宗询问说“：这是什么征兆？我要以悔改以前的过失、修养以后的德行来警戒自己，怎么样？”于志宁回答“：《秋》记载‘：有五颗陨石坠落在宋国。’姓过的内史说：‘这是自然现象，不是产生吉凶的源。’事本来有自的规律，和人事没有一关系。虽是这样，陛下在没有灾害的情况下也警戒自己，对造福是没有妨害的。”很快升任太傅。曾和右仆张行成、中书令季辅一起得到宗赏赐的土地，于志宁禀奏：“我家从北周、北魏以来世代居住在关中，家产没有失去。张行成、季辅如今才开始经营田产，希望把赐给我的土地赐给不足的人。”宗赞赏他的德，把赐给他的土地分赐给了张行成、季辅。

显庆四年(659)，因为年老请求退休，诏令免去尚书左仆职务，改授太太师官职，保留同中书门下三品衔。

宗废除王皇后时，长孙无忌、褚遂良决劝阻不被采纳，于志宁不敢说话。武则天皇后认为他不替自己帮忙，心怀不满，后来因此杀掉长孙无忌时，于志宁获罪撤职，离京任荣州刺史，改任华州刺史，批准他退休。去世时，七十八岁，追认为幽州都督，谥号为“定”后来补救恢复左光禄大夫衔、太太师官职。