。不久东与齐王府兵三千人攻打玄武门，因门闭而不能内，战良久，箭达于内殿。秦王左右数百骑赶到，合力击，其众才溃散而逃。祖对裴寂等人说：“事到如今该怎么办呢？”萧蠫、陈叔达说：“臣等闻知内外没有界限，父之间不亲，当决断时不断，反会蒙受其。建成、元吉在义旗草创之际，并未预谋，既立之后，又无功德可言，常怀疑贰之心以济其恶，以致祸起萧墙。秦王功盖天下，内外归心，可立他为皇太，托付军国大事，陛下就能如释重负了。”祖说：“这正是我的夙愿！”便召秦王前来，抚他说：“我差有投杼而起受人迷惑的事啊！”秦王号泣而难以抑制。

建成死时年龄为三十八岁。其长承宗被封为太原王，早逝；次承为安陆王，承德为河东王，承训为武安王，承明为汝南王，承义为鹿王，全都坐罪诛死。下诏除去建成、元吉的唐室属籍。二人党羽猜疑恐惧，相互告发，庐江王李瑗由此起兵造反。朝廷便下诏宣布建成、元吉与李瑗枝党不得相互告讦，由此天下才安定下来。太宗即位后，追封建成为息王，谥为隐，王礼改葬，下诏东旧臣都来会集，太宗亲临宜秋门哭泣，命皇李福过继为建成之后。贞观十六年(642)，追赠为皇太。

宇文颖是代州人。从李密那里前来归降，担任农圃监，封为化政郡公。情贪婪昏庸，与元吉情甚厚，以故参预文逆谋。事败之后，祖责问他说：“我因文谋叛，所以派你前去召他，你怎能参预逆谋呢？”宇文颖无词应答，被斩首死。

巢剌王李元吉小字三胡，是祖的第四。祖起兵西行时，留守于太原，封为姑臧郡公，封为齐国公，总河东十五郡诸军事，加官为镇北将军、太原行军元帅。祖受禅即位之后，封为齐王，担任并州总。

起初，元吉生时，太穆皇后不喜其貌，不想养他，其侍媪陈善意私自养。长大成人之后，为人残忍好兵，居守边郡日久，愈益骄奢逸。常令仆、诸妾数百人披甲练习战，相互击刺，以致死伤甚众。后来元吉被刺伤，善意制止他这样胡作非为，元吉发怒，命壮士将她死，而私谥她为慈训夫人。

刘武周犯汾、晋地区，朝廷下诏派遣右卫将军宇文歆协助他防守并州。元吉喜好鹰狗，城常载猎网满三十余车，并说：“我宁可三天不吃饭，也不能一日不行猎。”夜里潜府门纵于民家，不闭府门。宇文歆多次劝谏，完全不听。宇文歆便上表于祖说：“齐王多次城与窦诞肆意游猎，蹂践民田，放纵左右公然劫夺，民间六畜殆尽。常常当而，观人避箭以为乐笑。百姓无比怨恨。不可与他共守此城。”有诏书召他还京。元吉暗示父老百姓赴京请留，才得以恢复其职。武周率五千骑兵驻于黄蛇岭，元吉派将军张达率步兵一百人试着与贼寇战，张达因兵少不愿战，元吉使他战，结果尽没于阵。张达大怒，便引导武周攻陷榆次县城。元吉退保祁县，贼众急攻其城，元吉随即逃回并州，贼寇气势甚张。元吉哄骗司刘德威说：“您带老弱守城，我率锐士战击贼。”因而携带妻妾宝夜，抛弃军队奔还京师，以致并州失陷。祖大怒，此后只让他随同秦王征讨，而不再让他独挡一面了。

不久，任职为侍中、襄州行台尚书令、稷州刺史。秦王围攻东都时，窦建德前来援救，秦王率领骑迎战，而留元吉与屈突通继续围困东都，世充小看他们，随即兵战，元吉设伏劫击，斩首八百级，生擒其战将。东都平定之后，拜为司空，赐予衮冕礼服、鼓两、执剑卫士二十人、黄金二千斤，与太、秦王各得三炉铸钱自用。累为司徒，兼领侍中、并州大都督。

当时秦王建有大功，而皇太不为朝廷内外所瞩目，元吉惟恐不，想一起除去两人。于是向太建成说：“秦王功业日隆，为皇上所，殿下虽为太，其位不安，不早为计，转就会受祸，请为殿下杀掉秦王。”太不忍心，元吉多次劝说不止，太方才答应。于是邀结中妃嫔，厚贿中书令封德彝，让他们游说祖，以致祖果然疏远秦王，亲近太。元吉还藏匿许多亡命壮士，厚赐他们以钱财，使之为己所用。元吉的记室参军荣九思诗讽喻他说：“用丹青装饰成庆，拿玉帛礼遇专诸。”元吉见后，不悟其意。其典签裴宣俨罢官后，前往侍奉于秦王府，元吉怀疑其事会被，因而毒杀宣俨。从此以后人莫敢言。秦王曾经随同祖前往元吉宅第，元吉命其护军宇文宝埋伏于寝室之内，准备刺杀秦王，太决制止这样，元吉发脾气说：“这是为兄考虑，他对我有什么危害呢？”